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蓝海人类学在线 Ryan WEI's Forum of Anthropology

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楼主: Tocharian

重庆彭水县土家族彭姓 O3a3c1-M117+

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发表于 2011-3-24 12:07 | 显示全部楼层
以前的ID无法登录阿
发表于 2011-3-24 12:12 | 显示全部楼层
在YHRD给自己找到的matches。17 STR resolution下,有1个样本差一步,2个样本差两步,全部来自Wu WeiWei浙江样本。

包括我在内的4个样本,似乎形成了一个cluster,特点是385a/b为17/17的特殊值。1号样本似为这个cluster的中心值,2,3号样本和我各有一步变异。我的变异是389ii 28-->29。

哪位帮忙估计一下这个cluster的共祖年代?

888.jpg 1717cluster.jpg
发表于 2011-3-24 12:53 | 显示全部楼层
特点是385a/b为17/17的特殊值。
Tocharian_2 发表于 2011-3-24 12:12


可能是这样:13/17 -> 17/17,一步突变。385a和385b这两个同源序列发生重组时,绝大部分是385b拷贝385a的,但或许也有385a拷贝385b的情况,具体可能得请POLY确认一下?
发表于 2012-6-19 15:04 | 显示全部楼层
http://www.ranhaer.com/viewthread.php?tid=20041

Oα*、Oα1都有一定可能。前几天的帖子也见到了,此385a取高值非自然突变而得,是为385b拷贝所致。
发表于 2012-8-8 17:47 | 显示全部楼层
Fudan测的人真好啊,不用补测就能知道结果。

我这个,只能等到不知什么时候FT-DNA增加M117下新SNP了。
发表于 2012-8-8 22:50 | 显示全部楼层
46# Tocharian_2
Geno 2.0 有3500个复旦的新snps.
发表于 2014-10-11 14:42 | 显示全部楼层
在FT-DNA做了Big-Y。

目前只能确定是M133+(其实M133没有直接测到,测到了一个等价位点)。

不属于M133下的任何已知支系。

CTS5492没有测到,但是其在Yfull上等价于CTS5063,所以对我来说肯定也是negative。而且FT-DNA上没有,Yfull上列出的支系,如CTS1642,F2188等,我也是negative。
Peng_SNP.jpg
发表于 2014-10-11 14:50 | 显示全部楼层
CSV文件,有兴趣研究M117下游支系的朋友可以看看。发现了250个新SNP。
已经索要了.BAM文件,打算让YFull再分析分析。

167701_BigY_Data.rar

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发表于 2014-10-11 16:01 | 显示全部楼层
对比了一下复旦的位点,原来我是F666+,Oα2。

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发表于 2014-10-11 16:35 | 显示全部楼层
四川彭水大部分是少数民族,这个彭姓是三千年土著?
发表于 2014-10-11 17:08 | 显示全部楼层
对比了一下复旦的位点,原来我是F666+,Oα2。
Tocharian_2 发表于 2014-10-11 16:01

目前看来F666(*F310*F402*F624*F666*F692*F693*F695)+,Oα2在亚洲也是个大群,东起江苏汉族(目前2例,其中一例祖籍浙北余杭)、日本和族(目前1例)、江西汉族(目前1例)以及辽宁满族(目前1例),西至巴蜀土家族

只能说论坛漂变得太厉害,像Oα2这样的大群在现有数据中反映不出来。不过我想它应该至少已经跨出所谓“汉藏”语系了
发表于 2014-10-12 11:34 | 显示全部楼层
对国内三大簇测过BIG Y 的数据和国外R1a1a1b1a1b1-L1029进行对比。
BIG Y.png
发表于 2014-10-12 11:41 | 显示全部楼层
我的辈分好高啊,按照4代人产生一个突变速率算,我比Tocharian_2少了55个SNP,55*4=220代人
发表于 2014-10-12 11:48 | 显示全部楼层
和Tocharian_2的数据进行对比,其中我俩共有的位点(即M134及以上的位点)共有633个,我的F444及其以下游的位点共130个,Tocharian_2的M117及其下游位点168个,也就是说就是在M134以下,我还是比Tocharian_2少了38个位点。
发表于 2014-10-12 11:52 | 显示全部楼层
是因为测序的覆盖度不同吗?
发表于 2014-10-12 11:57 | 显示全部楼层
我们的测序条件、数据质量等都相同的,应该不是这个原因。
发表于 2014-10-12 12:14 | 显示全部楼层
一个新snp的产生至少意味着一次的父子传承,如果自己这一支系中直系祖先的父子更替比较慢(可以理解为老来得子或幺儿)这样积累下来还是很可观的。

从我的家族来说,我们家族600年间传承,现在在世的男性中,最远的传到了27世,我是20世,也就比我小了7代人。600年间差7代人,1万年内差上个一百多代人也不算离谱。
发表于 2014-10-12 15:07 | 显示全部楼层
我们的测序条件、数据质量等都相同的,应该不是这个原因。
风虎云龙 发表于 2014-10-12 11:57

可能还是要考虑这方面的差异的,FT-DNA官方的说法是55x-80x (这个说法不懂) average coverage,11.5-12.5 mbp。


我的结果出来比你晚,因为第一轮测序没有达到理想的coverage,又测了一次。会不会最终的覆盖度你还高了。
发表于 2014-10-12 21:15 | 显示全部楼层
可能还是要考虑这方面的差异的,FT-DNA官方的说法是55x-80x (这个说法不懂) average coverage,11.5-12.5 mbp。


我的结果出来比你晚,因为第一轮测序没有达到理想的coverage,又测了一次。会不会最终的覆盖度 ...
Tocharian_2 发表于 2014-10-12 15:07

55x-80x是指FT的BIG Y 测试的覆盖度,55x-80x 就是说BIG Y 测试对每碱基平均进行55-80 个阅读,覆盖度越大,准确界定一个 DNA 样本的完整序列的可能性越大。千人组的数据一般由 4-5x 覆盖度产生,BIG Y在覆盖度方面远比千人组好。
发表于 2014-10-12 21:20 | 显示全部楼层
FT对测试的质量要求很高,在你第一轮测序没有达到理想的coverage的时候,又测了一次就是为了保证覆盖度,从而保障数据的质量。而在长度方面我们都是在11.5-12.5 mbp,不存在特别大的差异。
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