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蓝海人类学在线 Ryan WEI's Forum of Anthropology

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楼主: baiyueren

李辉新论文:欧亚遗传地势与维吾尔族的群体混合

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发表于 2009-12-17 21:46 | 显示全部楼层
好东西啊!
发表于 2009-12-19 20:17 | 显示全部楼层
搞科研的还是更关系自己的学术成就,显然如之前阐明非洲和欧亚族群关系更容易出大家的领域一样,现在的热点显然是南亚、东南亚、远东三者间的关系,所以,比华南组典型的多的远东人种华北组,以及华中组很少在考察的 ...
Yungsiyebu 发表于 2009-12-16 13:49


你搞错了. 不是要"更关注自己的学术成就",而是华中没有数据. HapMap和HGDP里,有华中人群的数据么?   CHB的数据被经常引用,为什么? 因为汉族只有这组数据.

况且,这篇文献的目的在于阐明 哈萨克人的东西方成分比例.而不是我们所想要了解的那些问题.
发表于 2009-12-19 20:27 | 显示全部楼层
这篇文献首先挑选了在欧亚人群中,Fst最大,也就是分化程度最大,最能代表欧亚东西部人群差异的标记,共68个.
发表于 2009-12-19 20:37 | 显示全部楼层
本帖最后由 ranhaer 于 2009-12-19 20:40 编辑

根据附件的原始数据,Fst最大的是rs16891982. 这是一个肤色控制位点. 原始类型在东亚达到100%的比例,而在西欧接近0.  故而可以说欧亚东西部人群的最大差异,在于肤色.

体质人类学可以告诉你,确实存在明显的肤色差异.但是分子人类学可以告诉你导致差异的突变位于什么位置,发生了什么突变.这就是差异的所在.
发表于 2009-12-19 21:25 | 显示全部楼层
本帖最后由 ranhaer 于 2009-12-19 21:42 编辑

在徐书华之前的两篇文献中,使用8150 ancestry-informative markers (AIMs,祖先信息位点)来进行计算,结果认为Uygur 分别有50%的东西方成分.  使用的软件是 STRUCTURE, 这个软件首先会计算每个标记的Fst,然后将它们分配到各个聚类中(assignment to different estimated clusters),在K=2开始往下计算,到某个K值时,群体间的差异最大,表明将分析的群体划分成K个群体最能体现群体差异,最合理.

就像Science那篇一样, 东南亚的尼格利陀人,由于他们本身差异很大,因此无法聚为1个cluster.

STRUCTURE分析的结果受所选择的标记点和所选择的人群的影响. 比如Science那篇,日韩的成分无法区分,如果加入更多的人群,则会得出更合理的分析结果.

徐的两篇文献,东亚人群只用到了Japanese,CHB和10个蒙古人. 欧洲人群有60 CEU, Russians, and Adygei.  后两个人群可能与Uygur 有一定的起源关系(虽然很少,比如乌拉尔的N和突厥人的影响).   对比的人群过少,结果可能会不够精确.
发表于 2009-12-19 21:44 | 显示全部楼层
本帖最后由 ranhaer 于 2009-12-19 22:12 编辑

同时,如果人群处在线性分布的中间位置,STRUCTURE 可能无法区分 晚近的人群混合 与 人群最初形成时的分布关系.

因此此文增加了人群进行比较: 34个人群1766个个体. 挑选了约300各在各人群中分化较大的AIMs. 然后随机挑选了68个AIMs:Fst 在0.028 to 0.681之间. Uygur 周围的人群有哈萨克人,蒙古人,康巴藏族,Hazaras哈扎拉人,Khanty汉特人.

用STRUCTURE 2.2 and SURFER 8.0 得到图1,很明显的东西变化趋势. 据此图,Uygur中有31.2%被归类为西方成分. 与其他的文献的结果接近.
发表于 2009-12-19 22:15 | 显示全部楼层
本帖最后由 ranhaer 于 2009-12-19 22:20 编辑

此文中Uygur的个体数比徐的文献多,由于群体内部的个体存在差异,这可能是此文与徐的文献的差异产生的原因. 但所设计的群体更可能是主要原因.  有证据表明,极少的AIMs就能够评估人群的关系,因此对于研究混合程度,大量的AIMs不一定是必须的.  此文用Fst最大的12个AIMs来进行计算,结果得到Uygur的西部欧亚成分是30.2%, 与31.2%几乎没有差异.
发表于 2009-12-19 22:31 | 显示全部楼层
本帖最后由 ranhaer 于 2009-12-19 22:37 编辑

直到K=6时, 中亚个人群也没有聚类为一个cluster.
K=3~5之间, 东亚东部人群(Japanese, Korean, Hakka, Minnamese, Cantonese )和西部人群(Kham, Baima,Qiang, Mongol)发生了分离.  这个界限在藏彝走廊上,是明显的生产方式的差异(游牧-狩猎 相对于农耕), 藏彝走廊同时也是早期东亚人群起源的一个走廊.

也可见东亚西部人群,南亚,西亚人群对Uygur都有遗传贡献,因此 只考虑欧洲人群和少量东亚人群的话,结果就可能是相等的,就像徐的文献得出的那样.
发表于 2009-12-19 22:43 | 显示全部楼层
本帖最后由 ranhaer 于 2009-12-19 22:46 编辑

这个界限与之前提出的早期东亚人群迁徙的两个路线相符: 其一是沿缅甸北上云南,黄河上游的北部路线,和经越南到广东的南部路线.


最后,PCA图的结果与前面的分析是一致的.
发表于 2010-1-6 20:08 | 显示全部楼层
本帖最后由 natsuya 于 2010-1-6 20:12 编辑

節自論文的一段話: STRUCTURE cannot distinguish recent admixture from a cline of other origin, and these analyses cannot prove admixture in the Uyghurs; however, historical records indicate that the present Uyghurs were formed by admixture between Tocharians from the west and Orkhon Uyghurs (Wugusi-Huihu, according to present Chinese pronunciation) from the east in the 8th century CE.

原文大概是說, STRUCTURE的分析無法分辨人群結構是否為晚近混血所造成
所以, Science那篇論文亞洲人群彼此的類聚, 不能排除就是長期族群融合的結果
发表于 2010-1-6 20:52 | 显示全部楼层
有人能通俗的讲讲文章和插图里面的 K 代表什么吗?
发表于 2010-10-19 20:07 | 显示全部楼层
不知道谁有李辉这篇文章,如有,能否上传一下?谢谢了。当时没有感觉到这篇文章的重要性。
发表于 2010-10-20 14:48 | 显示全部楼层
有人能通俗的讲讲文章和插图里面的 K 代表什么吗?
civbts319 发表于 2010-1-6 20:52

如果我没搞错的话,K值应该就是所谓的“环境最大承载量”(Carrying capacity),它是一个跟种群规模有关的系数,在对种群进行分化程度分析时作为参数使用。不过具体是否准确你还得问一下论坛上懂行的人。
发表于 2010-10-20 20:23 | 显示全部楼层
本帖最后由 wolfgang 于 2010-10-20 20:34 编辑

091212224158114a1d40d3849f.jpg
这幅图里的keralites指的是印度最南部的喀拉拉邦的人群,在K=6时,依旧没有形成印度独特的颜色,而是以来自中东的绿色为主,兼有标志欧洲的蓝色,蒙藏的灰色和乌拉尔的黄色。这说明现代印度人群的主体是来自中东的农民(这个中东包括现在的阿富汗),现代印度人群的主流Y染色体如R1a1,L,H,R2,J2b2很可能都来自中东,很多主流MtDNA也来自中东。
发表于 2010-10-20 20:48 | 显示全部楼层
一些印度人种的常见资料:
多数学者认为,印度有以下人种:

1.尼格利陀人(Negrito)。其特征是身材矮小,皮肤为深褐色,头发乌黑,鼻宽唇厚,肩窄腿短,胡须和体毛不多,臂长。据有关学者认为,这部分人是印度最早的居民。今天的安达曼人,印度沿海地区的卡达尔人和巴拉因人等以及比哈尔邦山区的一些土著人均为他们的后代。

2.原始澳大利亚人(Proto Austaloid),又称维达类型人。澳大利亚的土著人和原始澳大利亚人身体特征非常相似,由此而得名。有学者认为,这种人早于达罗毗荼人进入印度,所以也称他们为“前达罗毗荼人”。原始澳大利亚人的特征和身体特点是:长头型、身材矮小,头发乌黑而卷曲,鼻宽唇厚,肤色为褐色,中印度大多数土著部落民属于这类,南印度也有分布。例如比尔人,杰纠人、蒙达人、奥朗人、霍人、贡德人、孔德人等等。印度之外,斯里兰卡的维达人为典型代表。

3.达罗毗荼人,或叫地中海高加索人种(Mediterranean)。这一人种从西班牙和摩洛哥到印度都有分布。据有关人类学家研究,它分几支,早于雅利安人,从不同时期进入印度。这种人的特征是:长脸型,中等身材,卷发呈浅褐色,唇薄,皮肤为浅褐色。操达罗毗荼系语言,使用象形文字,是这一人种创造了印度河流域文明。

4.印度的雅利安人。他们原与欧洲的雅利安人属于同种,为与欧洲的雅利安人相区别,所以叫印度雅利安人。在公元前2500年左右,雅利安人一度趁世界人种移动的风潮,分东西两个方向移动,一支由中亚进入欧洲,成为今天欧洲人的祖先;另一支则由中亚向南,越过兴都库什和喀喇昆仑两高原,居留在伊朗高原与印度,成了伊朗人和印度人的祖先。雅利安人是好战的游牧民族,进入印度后,同在此居住的达罗毗荼人时常发生激烈争斗,后来逐渐征服他们。达罗毗荼人大部分被赶往南方,一部分则沦为奴隶。雅利安人便开始占据印度西北部印度河上游的旁遮普一带。后来,渐次向东发展,直至恒河上游地区。他们发现此处土地肥沃,资源丰富,因此迁入者日益增多,构成了印度的雅利安人种。雅利安人原为白种人,其长相明显具有欧洲人特征:身材高大,长头型,胡须多,鼻梁细高,头额宽及皮肤白晰等。今天不少印度人属于他们的后裔,或为他们的混血种,血统较纯的人现在亦可见到,例如拉其普特人、查特人等就是,主要分布在旁遮普和拉贾斯坦等地。

维达人
Vedda
南亚斯里兰卡的少数民族。又称吠陀人。人数极少。居住在斯里兰卡东南部低洼地带,以巴杜拉最为集中。属尼格罗-澳大利亚人种维达类型。原有语言已丧失,被称为维达语的僧伽罗语方言中只残留一些词语,无文字。迷信万物有灵,行祖先崇拜。佛教和印度教因素已渗入其原始信仰之中。相传维达人的祖先早在斯里兰卡岛尚未与南亚次大陆分离之前,就已生活在从印度中部直到斯里兰卡的土地上。公元前5世纪左右,来自次大陆北部的雅利安人(僧伽罗人的先民)进入斯里兰卡后,维达人被排挤到中部山区。16~17世纪后,葡萄牙、荷兰和英国殖民主义者相继入侵,推行种植园经济,破坏大片森林,维达人的采集渔猎生活受到干扰,生活极为困难,最后被迫迁至东南部贫瘠地带。历史上,维达人与僧伽罗人的先民已有相当程度的融合,对僧伽罗人的形成具有重大影响。维达人分若干外婚制母系氏族,以野猪、孔雀等图腾命名。物质文化和生活方式极为简单。按谋生方式,可分为农村维达人和森林维达人。前者定居务农,同时从事采集、狩猎,饲养牛和家禽。森林维达人多住山洞石穴,穿树皮纤维,主要从事射猎,善用弓箭,同时进行采集和养蜂。能粗制陶器。20世纪仍钻木取火,进行无言贸易。行一夫一妻制,婚后从妻居,交表亲也普遍。禁忌堂表亲和姨表亲,多有妻姊妹婚和夫兄弟婚现象存在。人死后留置所居山洞,他人迁走。

达罗毗荼人

Dravidians

南亚操达罗毗荼语系诸语言各民族的统称。又称德拉维达人。主要分布在印度、斯里兰卡和巴基斯坦。属不同人种类型: ① 欧罗巴人种与尼格罗 - 澳大利亚人种的混合类型,即达罗毗荼人种,包括泰卢固人、泰米尔人、马拉雅兰人以及坎纳拉人等。多信印度教,其中以湿婆派为主,经济、文化均较发达。②属尼格罗澳大利亚人种维达类型,包括托达人、科塔人、奥朗人、坎德人、贡德人等。③尼格利陀人种类型, 包括伊鲁拉尔人、帕尼安人、卡达尔人等,其经济、文化均较落后,许多人仍以采集和射猎为主要生计,有的依靠掘土棍生产,称为掘棍文化,许多方面都保留着氏族部落结构,其中有些仍处在原始公社后期,生活在深山密林中 ,保留万物有灵信仰。属尼格罗 - 澳大利亚人种各民族,是南亚现存最古老的居民 。 欧罗巴人种南欧 类型的人于公元前4000~前3000年到达印度,与当地人混合形成达罗毗荼人种,一部分滞留在次大陆西北部,保留较多欧罗巴人种的体质特征,成为现存的布拉灰人。欧罗巴人种的人来到后,部分土著被赶到山区林地,习惯上又称前达罗毗荼人。一般认为达罗毗荼人与哈拉巴文明有关。雅利安人来到后,达罗毗荼人被赶到次大陆南部,建立安度罗、潘地亚、朱罗、哲罗等王国,创造了高度发达的文化。17~18世纪英国殖民者入侵后,将达罗毗荼人切割开来,进行掠夺、压迫,破坏了经济文化的正常发展。印度独立后的1956年根据各民族要求建立泰米尔纳德邦(原马德拉斯邦,以泰米尔人为主)、安得拉邦(以泰卢固人为主)、迈索尔邦(今卡纳塔克邦,以坎纳拉人为主)和喀拉拉邦(以马拉亚兰人为主)。
发表于 2011-5-15 00:30 | 显示全部楼层
我仔细看了一下图中的分布特征,欧洲和中东的高加索人种虽然明显分化出两个类聚群,但对比其他种系,二者还是非常近的类聚在一起,所以我更倾向认为二者的区别反应的是新石器时代新移民进入欧洲之后所产生的新的突变 ...
Yungsiyebu 发表于 2009-12-12 22:41


更新一下PDF链接:http://comonca.org.cn/LH/Doc/A50.pdf,确实是好文。

这个图其实稍微想一下还是有几分意思的。东部远东与藏羌、南亚大体还是处在同一个分化支下,两两是平行关系。

觉得很多一定要分出个B是A和C的“混血”之类的说法暂时看不出什么道理。倒是觉得乌拉尔成分完全是独立于以这三者支撑起来的整个东欧亚体系之外的。说作为藏羌-北亚共同体一员的北亚人群是乌拉尔和东部远东成分混合影响的衍生物,或者说东部远东是南亚和藏羌-北亚之间的过渡,至少目前都不认为有什么合理的支持。

如果老盯着那副全局地势图看,就会被迷惑,甚至衍生出这些灰色与以D为标记的西部古亚洲人的扩张有关的无限遐想,但看图要仔细,看看那些更有细分意义的K值图就知道,灰色成分是藏羌-北亚及其周边的远东以及乌拉尔所独有的么?显然不是,其分布区从K3以后就一直广泛而低频存在于包括南岛、南太平洋人群乃至西欧人里,所以说K值等于3时日韩的灰色成分是来自古坟以及弥生(古中原)人群带入的西部远东-藏羌的影响,这些遐想就更不在考虑范围内了。倒觉得这些灰色成分更像是更古老的欧亚人群在藏区-南亚次大陆板块接合部所共同存留下来的早期底层,只不过在藏羌-北亚人群以及早期乌拉尔人群中得到了更大的表达而已。

而汉特人在K=6时才衍生出乌拉尔种系独有的年轻桔黄色成分,从这一点意义上讲,狼兄经常提到的北亚人群是远东和乌拉尔混出来的这样的观点恐怕也是很难得到支持的。即使存在marker选取的问题。当然永谢布所说的红色是灰-紫的简单加权混合目前也看不出什么道理。

每个人都彼此彼此,谁都不是谁的孙子,为什么大家都争着当爷爷呢?

其实最有意思的还是红、紫、灰三者结合部的区域,因此昆明所未来将要发表的缅甸数据恐怕对整个欧亚东部人群版图的重构都是具有重大意义的,值得期待。
发表于 2011-5-15 10:09 | 显示全部楼层
  1. 而汉特人在K=6时才衍生出乌拉尔种系独有的年轻桔黄色成分,从这一点意义上讲,狼兄经常提到的北亚人群是远东和乌拉尔混出来的这样的观点恐怕也是很难得到支持的。即使存在marker选取的问题。当然永谢布所说的红色是灰-紫的简单加权混合目前也看不出什么道理。
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你没看懂我的意思,此乌拉尔非彼乌拉尔。汉特人的黄色成分是由欧洲成分和亚洲成分混合而成,我说的乌拉尔成分就是指其中的亚洲成分,你说的乌拉尔成分是亚洲成分和欧洲成分混合后的成分。
发表于 2011-5-15 11:58 | 显示全部楼层
而汉特人在K=6时才衍生出乌拉尔种系独有的年轻桔黄色成分,从这一点意义上讲,狼兄经常提到的北亚人群是远东和乌拉尔混出来的这样的观点恐怕也是很难得到支持的。即使存在marker选取的问题。当然永谢布所说的红色是灰 ...
wolfgang 发表于 2011-5-15 10:09


如果这里的乌拉尔成分纯粹是一种欧洲和亚洲成分的简单混合,而不是汉特人在到其现有位置之后独立发展出的一种成分,那为什么还用新的桔黄色来标记,而不是直接用你认为的灰色来标记呢?这里新冒出来的桔黄色,本来就是为了表明与灰色的不同才设的吧我想。

简而言之,A、B可以共同产生自C,但你不能简单地把A、B从共祖C那里继承之后独立演化的部分也看作是A混了B的部分。举个简单的例子,难道,因为东北欧的M178和亚洲的M178甚至Tat*有共祖,而且N的根型极有可能产生于亚洲,于是就认为东北欧的M178也是“亚洲成分”了?这个思路似乎有问题。话说你我和欧洲人也同时共享CF(西欧人比如巴斯克人也还是有C的),难道因此就说巴斯克人的C是“东欧亚”因素,或者我们的F是属于“混了”“西欧亚”因素的结果?
发表于 2011-5-15 12:03 | 显示全部楼层
40# 雄镇散人
你看下遗传距离就知道了,黄色是在欧洲成分和亚洲成分的中间位置,三个亚洲成分和两个欧洲成分之间的距离远小于他们到汉特人之间的距离。如果汉特人的黄色成分是由灰色发展出来的,应该离灰色很近才对,然而事实并不是这样。
发表于 2011-5-15 22:28 | 显示全部楼层
40# 雄镇散人  
你看下遗传距离就知道了,黄色是在欧洲成分和亚洲成分的中间位置,三个亚洲成分和两个欧洲成分之间的距离远小于他们到汉特人之间的距离。如果汉特人的黄色成分是由灰色发展出来的,应该离灰色很近才 ...
wolfgang 发表于 2011-5-15 12:03


呵呵,但是你已经预定了这么一个假设,即:拿桔黄色作为一种独立的始祖成分、但这种始祖成分本身又是有来自亚洲成分的贡献的(读起来很拗口),亦即这种始祖成分本身却又是一种混合成分,你不觉得这有些矛盾?

按这种假设,桔黄色里的你说的“亚洲成分”,和红色成分一起参与构成了灰色成分,我觉得这种假设是不太合理的,由于灰色是由藏羌和北亚两个亚组分构成的,那么细分一下,

1、若说桔色里的“亚洲成分”和红色共同参与了灰色的里的藏羌部分,那么桔黄色的这部分亚洲成分如何与藏羌发生了关系,接合点在何处?(我没有彻底否定,只是目前还没有看到相关的讨论,并且我觉得这可能会是个很有意思的话题,比如藏人里的Q1a3-M346从何而来的问题)

2、如果两者共同参与了灰色里的“北亚”组分,那么就有另一个问题,从图中的遗传距离来看,即使你从桔色里分离出其中的“原始东欧亚”组分,那么仍然无法想像这部分组分--即使真参与了灰色成分的构成--对灰色的贡献度是与红色相当的,因为图中太明显了,红、灰在同一个相对相近的分化支上,但又互不相属;你连灰色离桔色中的亚洲成分是否比红色更近都不好说,又何谈灰色是红色和桔色中部分成分的简单加权混合呢?

所以,我仍然认为灰就是灰,与红不同,但也不能轻易判定灰色是一种其他成分的复合成分。这跟我反对把红色成分简单称为其他成分的复合的道理是一样的。
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