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李辉新论文:欧亚遗传地势与维吾尔族的群体混合

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发表于 2009-12-11 21:44 | 显示全部楼层 |阅读模式
90[A49] Li Hui, Cho Kelly, Kidd Judith R, Kidd Kenneth K (2009) Genetic Landscape of Eurasia and “Admixture” in Uigurs. Am J Hum Genet 84(12):934-937. 李辉,赵艺憬,吉珠,吉坎(2009)欧亚遗传地势与维吾尔族的群体混合. 美国人类遗传学报 84(12):934-937.

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 楼主| 发表于 2009-12-11 21:46 | 显示全部楼层
本帖最后由 baiyueren 于 2009-12-11 21:50 编辑

91[A50] Li Hui, Cho Kelly, Kidd Judith R, Kidd Kenneth K (2009) Genetic Landscape of Eurasia Viewed from Large Allele Frequency Differences. The American Society of Human Genetics 59th Annual Meeting, Honolulu, Hawaii, October 20-24, 2009. No. 632/W, Poster 290. 李辉,赵艺憬,吉珠,吉坎(2009)等位基因频率高度差异体现的欧亚遗传地势. 美国人类遗传学会第59届年会.夏威夷, 檀香山, 2009年10月20-24日. No.630/W, 290.
          [PDF全文下载] [摘要]


Genetic Landscape of Eurasia Viewed from Large Allele Frequency Differences. H. Li, K. Cho, J. R. Kidd, K. K. Kidd Department of Genetics, School of Medicine, Yale University, New Haven, CT 06520.

   The diversification leading to modern human populations in Eurasia is one of the most important topics in the study of human expansions after leaving Africa. Most studies of Eurasia populations have used either limited markers or involved insufficient population coverage. We chose 68 markers based on large allele frequency differences among a few Eurasian populations and then typed them on 1766 individuals from 34 populations representing all subdivisions of Eurasia. Analyses using the STRUCTURE program showed a clinal east-west division when K=2, with a median border dividing Central Asia along the Ob River, the Kazakh highland, the western side of Pamir Mountains, and the southwestern side of the Himalayas. We fit curves to the STRUCTURE loadings using distances of the population coordinates from the median border. The genetic structure changed dramatically only within 2000km on each side of the border. At higher values of K the western populations of East Asia are the first to be distinguished (at K=3): Mongols, Tibetans, Qiang, and Baima, are most distinct from the more eastern populations. At K=4 Southwest and South Asians are distinguished from the Europeans; At K=5 Southeast Asians and at K=6 Central Asians are successively distinguished from eastern East Asians. Several more isolated populations such as Samaritans, Atayals, or Micronesians were distinguished in different independent runs when K=7 providing no clear anthropological information. South Asians were always clustered with Southwest Asians with pronounced similarity to Central Asians. The failure to distinguish South Asians maybe due to the selection of the markers with large allele frequency differences specifically between Europeans and East Asians. We also tested for statistical differences in the allele frequencies for all pairs of clusters when K=6. The results showed significant borders (P<0.0001) including those between western East Asians and eastern East Asians or Central Asians; however, insignificant borders were observed between Southwest Asians and Southeast Asians or western East Asians, neither was between Central Asians and eastern East Asians. This indicates substantial gene flow in North Asia between eastern East Asians and Central Asians, and in South Asia between South Asians and Southeast Asians. Using increased population and marker coverage, this study helps to understand the details of genetic diversity and landscape of Eurasians.
发表于 2009-12-12 12:56 | 显示全部楼层
这篇文献中,K=6时的分野比之前的研究大有细化啊。

1)南亚-马来人种(包括赤道人群)与远东人、北亚人种(蒙古和雅库特两个中亚细亚类型)出现了明显的分化,这一点在意料之中,但北亚人种和远东人种之间在K=6时,还没有出现彼此区分的独特成分有些意外。

2)以汉特人为中心的黄色独特区域和以康巴、羌等为中心的灰色独特成分再k-6时凸显,这是本文带来的最新亮点,以往的文献中都没有看到。羌藏的独特区域可以让我们较容易的联想到史前以D为标记的古亚洲人;至于汉特人为中心的区域,看似来自N为标记的史前乌拉尔人,如果这种假设成立,那么北亚人种雅库特人高频的N应当是漂移出来的,而他们的主要血统成分来自北亚人种。只是K=6时,如果不考虑南亚人种的话,北亚人种的C和远东人种O标记的史前人群还是无法区分。

3)欧洲人群和远东、印巴人群出现明显的分野,这一点并不意味,以往的文献中有所涉及,高加索人种的这种区分是否因为欧洲和中东的不同旧石器人群,我觉得还需要更多证据。

4)北极人种和千岛人种、澳大利亚人种没有再考察范围内,有些遗憾,很多问题还需要等待新的研究
发表于 2009-12-12 22:41 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2009-12-12 23:06 编辑

我仔细看了一下图中的分布特征,欧洲和中东的高加索人种虽然明显分化出两个类聚群,但对比其他种系,二者还是非常近的类聚在一起,所以我更倾向认为二者的区别反应的是新石器时代新移民进入欧洲之后所产生的新的突变标记。而不是来自欧洲的旧石器时代的原著族群克鲁马农人。我坚信克鲁马农人同中东人群的遗传差距远远不会这么小,应当不会亚于蒙古人种和高加索人种之间的差距。

The questionable contribution of the Neolithic and the Bronze Age to European craniofacial form,从传统人类学的证据来看,大多数欧洲人群的近代组都是和中东、北非近代组类聚,除希腊青铜组和希腊近代组、芬兰--萨米近代组组等少数特例,大多数欧洲人群和克鲁马农人的遗传距离还是非常大的,并不比他们同黑非洲人群的差距小多少。所以,深蓝区域来自克鲁马农人所代表的旧石器土著可能性不大,我认为主体成分还是新石器移民进入欧洲之后产生的遗传标记,他们同中东人群的亲缘关系依然很近。
http://konglong.5d6d.com/viewthread.php?tid=3919&highlight=
snp.jpg
 楼主| 发表于 2009-12-12 23:06 | 显示全部楼层
永谢布又在自作聪明了,这上面的遗传距离很可能是混血造成的。
你看看:图上的新亚洲成分和藏羌成分的距离如此近,而乌拉尔和新亚洲和藏羌都很远。
发表于 2009-12-12 23:13 | 显示全部楼层
占个位置观摩。。
发表于 2009-12-12 23:18 | 显示全部楼层
永谢布又在自作聪明了,这上面的遗传距离很可能是混血造成的。
你看看:图上的新亚洲成分和藏羌成分的距离如此近,而乌拉尔和新亚洲和藏羌都很远。
baiyueren 发表于 2009-12-12 23:06


aDNA的据定性证据还没有,大家无非都是探讨可能性而已,呵呵,和谈自作聪明?

氐羌人群的灰色区域和日本人群极少重叠,这样无法让人们简单的讲这个区域的特异性性突变归结到末次冰盛期以来的旧石器时代以D为标记的古亚洲人;同时,K=6也没有观察到远东人种和北亚人种相区分的特异性成分,南亚人种与远东-北亚的分野无法以旧石器时代以C和O为标记人群的种系差异来解释,因此,亚洲的情况也无法用旧石器以来的两个北系原著族群和古南亚人种族群新移民的种系差异来解释,这种分野我认为意识来自新石器时代以后。欧洲的情况我持类似看法。
发表于 2009-12-12 23:21 | 显示全部楼层
仁者见仁智者见智!:):handshake
发表于 2009-12-12 23:52 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2009-12-13 00:03 编辑

这篇文献还一个非常遗憾的是,远东人种方面,只取了台湾原著民组、日本组、韩国组,以及中国的华南组(如广东组等),而无华中组和华北组两个亚种系。这样,我们在中国组就看不到很多来自氐羌人群的灰色区域遗传标记,尽管这些成分再蒙古人所代表的北亚人种都有高频分布。

如果今后研究证明华北组也有高频的氐羌人群的灰色标记成分的话,我想问题就很清楚了,灰色区域的遗传标记应当代表黄河上游的古西北人种成分,他们在新石器晚期和青铜时代开始前后逐渐由黄河上游地区向黄河中游地区的古中原人种地域迁徙。逐渐使这里的种系由仰韶半坡时代的类南亚人种过渡到龙山陶寺文化人群和其后殷墟青铜时代中小幕二组的不同过渡水平上的古中原人种(类华南近代组),再到战国秦零口组的古中原和近代华北组的过渡类型,直到近代的远东华北组(一般指的是山西河北合并组),其中陕西西安组和西藏B组的类聚性最强,他们同时与古西北人种最为类聚。

如果灰色区域确实直接来自新石器时代的古西北人种,或者说中国华北组也有高比例的灰色成分的话,那么问题就较容易解释,北亚人种中亚细亚类型的两个分支蒙古人和雅库特,前者有高频灰色区域的遗传标记,二后者却非常低频,可能暗示古西北人种和古北亚人种在内蒙古西部和陕甘宁等西北地区的相互作用(当然更可能是通过内蒙古中南部的古华北人种间接的介导的);维吾尔和哈萨克两个中亚人群的低频灰色成分或许可以与新疆地区的古西北人种族群有关,因为他们后来受到高加索人种移民的挤压,对其后中亚地区人种结构影响有限,但还是很可能是他们低频的D和O的主要源流;中国华南组、日韩、台湾组都极少氐羌人群的灰色遗传标记,可能与他们较少直接接触古西北人种的历史有关。

日本和南亚人群的氐羌灰色区域遗传标记,前者低频或者缺失,如果这个区域来自旧石器时代的Y-D系和mt-M系古亚洲人群的话,日本人群和南亚马来人种族群都不太可能只有这么低频的灰色区域遗传标记,这样对比起来,我认为来自新石器晚期和青铜时代黄河上游和部分新疆地区的古西北人种更可能是灰色区域遗传标记的始祖人群。
发表于 2009-12-13 00:38 | 显示全部楼层
地图只是标记了其分布的核心地区,K=6时候的彩条图才有各个民族详细成分。细看的话,日韩汉的灰色成分都不少。我以为这反映了大陆蒙古人种和海洋蒙古人种的区别。
灰色区域的分化不可能是新石器时代以来的事,否则,它不会在K=3的时候就出现了。
发表于 2009-12-13 00:50 | 显示全部楼层
地图只是标记了其分布的核心地区,K=6时候的彩条图才有各个民族详细成分。细看的话,日韩汉的灰色成分都不少。我以为这反映了大陆蒙古人种和海洋蒙古人种的区别。
灰色区域的分化不可能是新石器时代以来的事,否则, ...
hercules 发表于 2009-12-13 00:38


K=6,乌拉尔人种,远东人种支系、北亚人种和远东华南组、日韩组,与南亚组都有非常明显的分野,这与传统人类学的观察基本相符,内陆蒙古人种和海洋蒙古人种的早期分类,显然太过粗糙。

另外,日、韩、华南组、台湾组的灰色遗传标记成分我认真看了,很少,只是韩国和日本略多,我认为前面几组的少量成分与华北、华南人群的迁徙有关,而日韩组来自古华北或者古中原人种的间接影响。
发表于 2009-12-13 00:55 | 显示全部楼层
可惜没有Ainu族的。我以为日韩不大可能来自古华北或者古中原人种的间接影响,因为它要穿过重重红色才能到达日韩。很可能是古老的底层。
发表于 2009-12-13 01:02 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2009-12-13 01:20 编辑
可惜没有Ainu族的。我以为日韩不大可能来自古华北或者古中原人种的间接影响,因为它要穿过重重红色才能到达日韩。很可能是古老的底层。
hercules 发表于 2009-12-13 00:55


没有远东人种华北组的数据,更没有古华北人种的数据,因此根本不能判断古华北人种不携有一定比例的灰色标记成分,因为地域上,古西北人种和古华北人种彼此比邻,而事实上的种系差别也不是特别大,近于黄河中下游的早期半坡类南亚人种和大汶口类波利尼西亚人种,和北方的北亚人种。

虽然没有千岛人种的对比组,但从日本的数据和韩国的数据对比来看,韩国高于日本,日本人如此高频的D系血统不可能出现这种相反的现象,因此,我认为这种关系是因为日本血统来自弥生组(类古中原人种或类华南组)的比例较多,而韩国来自古华北人种、北亚人种的成分更多一些造成的结果。

我们从其他常染色体类聚分析来看,日本明显偏离远东其他人种的区间,我认为这才是来自D系底层血统的影响,显然这种影响不是这里灰色遗传标记这样的相当微弱,而韩国组的偏离不及日本强。

而日本出现更为密集高频的红色标记,此标记也无法区分北亚和远东人种,如果灰色标记来自D系古亚洲人,怎么可能出现日本出现这么高的频度。如果O代表红色标记,那么怎么没有出现与北亚的分野?如果南亚人群蓝色标记代表O,如何解释远东人种的构成?

综上,我还是认为这些标记来自新石器以来人群的不同种系人群,比如古华南(类南亚近代组)、古中原(类华南近代组)、古西北(类西藏B组和华北西安祖)、日本弥生(类古中原或华南近代组)

http://konglong.5d6d.com/viewthread.php?tid=2385&highlight=
Analysis of East Asia Genetic Substructure Using Genome-Wide SNP Arrays

发表于 2009-12-13 01:41 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2009-12-13 01:43 编辑

常染色体研究和传统人类学的种系划分吻合程度相当好,而Y染色体所标记得人群分野从来都太容易同传统人类学或者常染色体的研究找到很好的吻合点。这篇文献也是同样如此。从传统人类学的情况来看,现代种系区分主要始于新石器时代,我想常染色体的区分也应当大体如此,人群间的遗传差异,这些特异于不同族群中的突变应当主要是新石器以后积累而来的。

其他方面的证据,看一下与新石器时代农业革命密切相关的遗传标记抑酒精中毒基因ADH1B反应的种系差异,显然与这篇研究的所反映出的种系差异吻合的更好。

苗、汉、日韩,以Hg AGA最为高频。我想应当对应此篇文献中红色区域遗传标记;阿尔泰语族,主要以Hg GTG最为高频,而Hg GGG、Hg AGA次之。他们和远东人种的重叠性很高,这可以同此文献中远东和北亚人种没有出现特异的区域相符合;乌拉尔语族,主要以Hg GTG和 Hg GGG高频,极少其他单倍体类型。这可以与乌拉尔人种独特的黄色区域匹配,而基本缺失远东人群的Hg AGA等,这与红色标记区域的缺失或者低频相吻合。东南亚和赤道人群类型更为丰富,也有其特征,与文献中的蓝色区域突变对应。

从两篇文献的对比来看,我依然倾向二者反映的种系差异都是主要来自于新石器农业革命之后人群的种系差异。

Ethnic Related Selection for an ADH Class I Variant within East Asia



 楼主| 发表于 2009-12-13 09:31 | 显示全部楼层
本帖最后由 baiyueren 于 2009-12-13 09:32 编辑
从两篇文献的对比来看,我依然倾向二者反映的种系差异都是主要来自于新石器农业革命之后人群的种系差异。
Yungsiyebu 发表于 2009-12-13 01:41

你这句话说得没错。
不过要注意一点,这种常染色体论文的标记和K值都是经过研究者选择的,而选择的依据就是能否和现有的人种地理分布很好地吻合,而史前的情况到现在为止还不是很清楚。当然就谈不到去找寻比较贴合的常染色体标记了。但这并不能说明史前就产生的常染色体变异标记就不存在,对吗?
就这一点来说,现在以常染色体来研究人类的起源迁徙还远不成熟,至少要等系统树建立之后再说了。
发表于 2009-12-13 10:58 | 显示全部楼层
你这句话说得没错。
不过要注意一点,这种常染色体论文的标记和K值都是经过研究者选择的,而选择的依据就是能否和现有的人种地理分布很好地吻合,而史前的情况到现在为止还不是很清楚。当然就谈不到去找寻比较贴合 ...
baiyueren 发表于 2009-12-13 09:31


这点我是认可的,我一直是旧石器时代人群具有种系延续请的支持者,新石器时代人群的种系结构奠定了今天种系结构的基础,但新石器人群种系结构的形成,也是旧石器时代人群相互左右的结果。比如这里谈的灰色区域,肯定也是有旧石器时代就积累的遗传标记,只不过目前的资料无法细化。
发表于 2009-12-13 15:58 | 显示全部楼层
你这句话说得没错。
不过要注意一点,这种常染色体论文的标记和K值都是经过研究者选择的,而选择的依据就是能否和现有的人种地理分布很好地吻合,而史前的情况到现在为止还不是很清楚。当然就谈不到去找寻比较贴合 ...
baiyueren 发表于 2009-12-13 09:31

选择的依据是如何最大化的体现现有人群的遗传差异。
发表于 2009-12-13 21:32 | 显示全部楼层
你这个解读不对吧,K=6时,灰色地带依次是蒙古、羌、康巴、白马,已知蒙古有50%以上的棕C,羌、康巴、白马都有大约40%以上的黑D,这个灰色就是代表棕C和黑D主成分,C、D聚类在一起,看来C、D确实是第一批老亚洲。 ...
反恐精英 发表于 2009-12-13 18:36


呵呵,棕色人种,那么为什么赤道人群以蓝色为标记呢?

还有日本呢?
发表于 2009-12-15 23:00 | 显示全部楼层
汉人主要取的是南方人,若取北方人,那么灰色成分会更多。
发表于 2009-12-16 13:49 | 显示全部楼层
搞科研的还是更关系自己的学术成就,显然如之前阐明非洲和欧亚族群关系更容易出大家的领域一样,现在的热点显然是南亚、东南亚、远东三者间的关系,所以,比华南组典型的多的远东人种华北组,以及华中组很少在考察的范围内,最多就是北京组,但从传统人类学的研究来看,北京组最多也就是和华中组类聚,还是非常南的。
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