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A9457+ F17158+ Z44918+ Z44922-

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发表于 2020-3-28 23:51 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2020-3-28 23:53 编辑

私有突变傻瓜式全自动比对器
https://www.myroots.top/index/calculator/paired_private_mutant

我父亲和我的低深度NGS数据合并跑了一下,以平遥李作为参照组,筛选出6个潜在的私有突变,列表如下。

16942751
20960543
3024369
8154480
16628495
16711789

在当前最下游O2a2b1a1a1c1b1-F17158这一级,

我的数据覆盖到其中两个位点,均为阳性结果。

读取次数        读取结果        测序质量        Hg38位置        单倍体群        基因标记
1        t        K        8639564        O2a2b1a1a1c1b1        F17158
1        c        K        8863794        O2a2b1a1a1c1b1        Z44918

我父亲的覆盖到其中一个,结果为阴性,且两个reads,结果较为可信。

读取次数        读取结果        测序质量        Hg38位置        单倍体群        基因标记
1        C        K        20351445        O2a2b1a1a1c1b        Z44921
2        ..        KK        21571393        O2a2b1a1a1c1b1        Z44922

所以,合并父子数据,应为F17158+,Z44918+,Z44922-,为O2a2b1a1a1c1b1-F17158的早期分化类型。

yfull当前对F17158+的四例样本估算,其最近共组年代是TMRCA 5200 ybp,这样估算,我父子应当是5300-5400年前分离的旁系。
F17158.png
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