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对《应用Y染色体SNP对新疆三个隔离人群遗传多样性的研究》一文的思考

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发表于 2019-10-23 12:43 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 wolfgang 于 2019-11-22 13:27 编辑

     
  1. 克里雅人、罗布人、刀郎人是生活在我国西部边疆沙漠腹地、人口稀少的隔离人群。基于对这三个隔离人群179人Y染色体全序列的测序和分型,得到每个个体Y染色体所有突变的SNP位点和隶属的单倍群,并对各单倍群类型和频率进行了分析。以探知三个隔离人群的Y染色体遗传结构和遗传多样性。通过研究结果表明:克里雅人群检出12个单倍群,高频单倍群有J2a1b1(25.64%),R1a1a1b2a(20.51%),R2a(17.95%),R1a1a1b2a2(15-38%);罗布人群检出16个单倍群,高频单倍群有J2a1(43.75%),J2a2(14.06%),R2(9.38%),L1c(7.81%);刀郎人群检出40个单倍群,高频单倍群有R1b1a1aa1(9.21%),R1a1a1b2a1a(7.89%),R1a1a1b2a2b(6.58%),C3c1(6.58%).
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        克里雅人位于于田县,塔克拉玛干大漠深处,罗布人位于尉犁县,克里木河下游,刀郎人位于克里木河中游阿瓦提县。
       罗布人的高频单蓓群显示了从伊朗出发的到BMAC的原始农业人群的典型状态,就是J2a1,J2a2,R2,L1占优势,当然还有其他的单蓓群,说明也有过一点混合,但比例不大。克里雅人显示了初始南方农业人群(J2a1b1,R2a)和北方农业人群(R1a1a1b2a,R1a1a1b2a2)的混合。刀郎人群的混合力度就非常大了,连C3c1都出现了,已经很接近普遍意义上的维吾尔族样本了。
 楼主| 发表于 2019-10-23 13:10 | 显示全部楼层
克里雅人的J2a1b1,R2a暂时不提,R1a1a1b2a是Z94,R1a1a1b2a2是Z2124,Z94除了Z2124这个子类型外,还有Y3,Y40两个大的子类型。也就是说克里雅人的R1a都是Z94下的,这和小河墓地的结果是一致的。
刀郎人群检出40个单倍群,高频单倍群有R1b1a1aa1(9.21%),R1a1a1b2a1a(7.89%),R1a1a1b2a2b(6.58%),C3c1(6.58%)分别是M478,Y7,Z2122,Z2124,M86。M478也是现在维族的R1b类型,Y7的上游是Y9,Y9的上游是L657,L657的上游是Y2,Y3,Y7是个典型的印度次大陆类型。Z2122下游有个类型CTS6,Z2124(xZ2122)应该就是Z2125。
发表于 2019-10-23 15:57 | 显示全部楼层
wolfgang 发表于 2019-10-23 13:10
克里雅人的J2a1b1,R2a暂时不提,R1a1a1b2a是Z94,R1a1a1b2a2是Z2124,Z94除了Z2124这个子类型外,还有Y3, ...


    有原文链接吗?  测到了Z2122的下游了吗?
 楼主| 发表于 2019-10-23 16:00 | 显示全部楼层
http://www.doc88.com/p-0661743559259.html
原文在此,你可能挖掘出一些有用的消息。
 楼主| 发表于 2019-10-23 16:39 | 显示全部楼层
又发现了两例伊朗R1a样本,都来自呼罗珊省,此地受印度次大陆影响很大。一例是Y1,在L657下游,一例Y15121,在Z2123下游。
 楼主| 发表于 2019-10-23 16:55 | 显示全部楼层
哈萨克斯坦一例样本,吉尔吉斯3例样本,都在Z2125下游的YP1558,阿富汗一例样本,塔吉斯斯坦1例样本,都在Z2123下游的Y934,这倒是能和伊朗呼罗珊的样本联系起来。
 楼主| 发表于 2019-10-23 17:10 | 显示全部楼层
我现在怀疑,切尔木切克文化主要和Z94(xZ2124),尤其是L657相关,后续的安德罗诺沃文化才和Z2124相关。也就是说印度次大陆的R1a主体不是来自以前广泛认为的安德罗诺沃文化,而是更早的切尔木切克文化。安德罗诺沃文化人群主要是给印度次大陆带去了语言和文化,而不是血统。L657,Y4,Y9,Y7的年龄都在4100年左右,正好是赛伊玛-图尔宾诺文化开始扩张,切尔木切克文化人群开始四散而逃的时候。然而切尔木切克文化人群在小河的表现,Y清一色的R1a,Mt基本是C的表现,迅速扩张是很有可能的。
发表于 2019-10-23 18:25 | 显示全部楼层
wolfgang 发表于 2019-10-23 16:00
http://www.doc88.com/p-0661743559259.html
原文在此,你可能挖掘出一些有用的消息。


     粗看了一下,没有看到对R1-Z2212做更细致的分型。 不过从这几个人群的R1a类型多样性来看,估计新疆距离R1a的原发地不是很远吧
 楼主| 发表于 2019-10-23 22:23 | 显示全部楼层
新疆的R1a多样性并不高,基本都是Z94下面的。R1a的原发地,应该还是在东南高加索,后来主要迁徙到伏尔加河一带了。
 楼主| 发表于 2019-10-24 15:50 | 显示全部楼层
BMAC文化的核心区仅仅是在阿富汗北部,当然对周围文化影响很大,兴盛期只在2000-1750BC,而安德罗诺沃文化扩展到新疆是在距今3600年,也就是说,安德罗诺沃文化还没有到阿富汗北部,BMAC文化就衰败了。衰败后的BMAC文化退往伊朗高原和伊朗印度次大陆交界处,又延续了一段时间。
BMAC文化的人群,其实人数很有限,无论是面对印度河谷还是北方草原,人数都是绝对劣势。所以BMAC人群的常染在现代印度人群中不明显,大约只有5%不奇怪。能有5%就不错了,已经是明显参与的状态了。
 楼主| 发表于 2019-10-25 16:44 | 显示全部楼层
这篇文章用的snp对应的是2016 isogg y命名系统。R1a1a1b2a对应Z94,R1a1a1b2a1a对应Y7,R1a1a1b2a2对应Z2124,R1a1a1b2a2a对应Z2123,R1a1a1b2a2b对应Z2122。克里雅人占优势的R1a是Z94和Z2124,这里的Z94很可能是Y40,一个小支系,主要在印度和欧洲出现,z2124很可能也是稀有类型。刀郎人中占优势的是Z2124,Y7,Z2123,Z2122。Z2124可能是稀有类型,Y7是印度次大陆类型。克里雅人和刀郎人中都出现了Z2124的稀有类型,这可能代表了第一波进入新疆的草原人群,和小河人群有关。
 楼主| 发表于 2019-11-22 01:35 | 显示全部楼层
我们以前有个误解,以为BMAC主要是在阿富汗北部,其实主要是在土库曼斯坦,其次才是乌兹别克斯坦南部和阿富汗北部。BMAC文化对伊朗-印度文化的形成影响不小。伊朗系和印度系在中亚图兰的大战是两大集团的混战,当然两个集团的主要Y染色体会有很大区别。印度系主要是L657,伊朗系主要是Z2124。伊朗系胜利后控制了整个欧亚草原,后来又部分南下占领了伊朗,阿富汗。后来由于突厥人和斯拉夫人的兴起,整个东欧草原都丢光了,只留下后来才占据的伊朗和阿富汗,留下了伊朗语族有波斯,库尔德,普什图,俾路支,塔吉克。
8cedd09acf5e4b82a3a4639c6c716265.jpeg
 楼主| 发表于 2019-11-22 01:49 | 显示全部楼层
据说印度系不光包括印度人,还包括米坦尼人和乌孙人。
 楼主| 发表于 2019-11-26 10:58 | 显示全部楼层
查到和田维吾尔族Y数据,24个样本,R总体占38%,其中R1a1a-M17样本两个,R1-m173,R1a-M420,R1b-P297,R1b-L754,R1b-M269样本各一个。可见以前新疆维族的R1b都是M269的说法并不准确。L754这个样本很可能是Z2103。这样L754和M269两个样本可以喝阿凡那羡沃文化联系起来。R1b-M173这个样本可能是R1b-PH155,这个样本和R1b-P297代表着更早的原始牧业时期的迁徙。M17这个位点现在已经不用,所以整个R1a三个样本都无法细分。
发表于 2019-12-1 22:37 | 显示全部楼层
wolfgang 发表于 2019-10-25 16:44
这篇文章用的snp对应的是2016 isogg y命名系统。R1a1a1b2a对应Z94,R1a1a1b2a1a对应Y7,R1a1a1b2a2对应Z212 ...

                                                                                                                              R1a1a1b2a
   通过研究结果表明:克里雅人群检出12个单倍群,高频单倍群有J2a1b1(25.64%),R1a1a1b2a(20.51%),R2a(17.95%),R1a1a1b2a2(15-38%);罗布人群检出16个单倍群,高频单倍群有J2a1(43.75%),J2a2(14.06%),R2(9.38%),L1c(7.81%);刀郎人群检出40个单倍群,高频单倍群有R1b1a1aa1(9.21%),R1a1a1b2a1a(7.89%),R1a1a1b2a2b(6.58%),C3c1(6.58%).-----------------------------------------------------------------------------------------------

       看上去像是来自西北方的草原青铜人群的爆发吧~~

样品_ID测年BPClumped_labelLocationSexY类型
I04243675Steppe_MLBA_WestUvarovka I, Samara River, SamaraMR1a1a1b2a
I04324658Steppe_EMBASok I, Sok River, SamaraMR1a1a1b2a
I33943600Steppe_MLBA_EastOrak Ulus village near KrasnoyarskMR1a1a1b2a
I10183800Steppe_MLBA_WestKamennyi Ambar 5 CemeteryMR1a1a1b2a
I10553800Steppe_MLBA_WestKamennyi Ambar 5 CemeteryMR1a1a1b2a
I04194000Steppe_EMBAUtyevka, Samara River, SamaraMR1a1a1b2a2a
I04303675Steppe_MLBA_WestSpiridonovka II, Samara River, SamaraMR1a1a1b2a2a
I18563558Steppe_MLBA_EastMinusinsk Basin, Potroshilovo IIMR1a1a1b2a2a
I10193800Steppe_MLBA_WestKamennyi Ambar 5 CemeteryMR1a1a1b2a2a
I10113800Steppe_MLBA_WestKamennyi Ambar 5 CemeteryMR1a1a1b2a2a
I10643737Steppe_MLBA_WestKamennyi Ambar 5 CemeteryMR1a1a1b2a2a
I10533793Steppe_MLBA_WestKamennyi Ambar 5 CemeteryMR1a1a1b2a2a
I10273819Steppe_MLBA_WestKamennyi Ambar 5 CemeteryMR1a1a1b2a2a
I09843853Steppe_MLBA_WestKamennyi Ambar 5 CemeteryMR1a1a1b2a2a
I10573811Sintashta_MLBA_o2Kamennyi Ambar 5 CemeteryMR1a1a1b2a2a
I37703986Steppe_MLBA_EastZevakinskiy stone fenceMR1a1a1b2a2a
I37633476Zevakinskiy_MLBAZevakinskiy stone fenceMR1a1a1b2a2a
I37883558Steppe_MLBA_EastTwo sites: Oi-Zhaylau-III grave and Talapty-II stone fencing 2MR1a1a1b2a2a
I47873238Taldysay_MLBA1Taldysay, central KazakhstanMR1a1a1b2a2a
I67993732Satan_MLBA_AlakulSatanMR1a1a1b2a2a
I47903433Steppe_MLBA_EastOi-DzhailauMR1a1a1b2a2a
I38603626Oy_Dzhaylau_MLBA_o2Oi-DzhailauMR1a1a1b2a2a
I42623738Steppe_MLBA_WestKaragash 2MR1a1a1b2a2a
I42633700Steppe_MLBA_WestKaragash 2MR1a1a1b2a2a
I42673053Zevakinskiy_LBAEastern KazakhstanMR1a1a1b2a2a
I05073704Steppe_MLBA_EastDali, Byan ZherekMR1a1a1b2a2a
I10543769Sintashta_MLBA_brother.of.I1053Kamennyi Ambar 5 CemeteryMR1a1a1b2a2a
I47783587Steppe_MLBA_WestKaragash 2MR1a1a1b2a2a

        



 楼主| 发表于 2019-12-2 09:38 | 显示全部楼层

不对应,如果两篇文章用的是同样的或类似的系统树,你列出的样本主流是R1a1a1b2a2a,也就是Z2123,这和克里雅人是不同的。
发表于 2019-12-2 10:56 | 显示全部楼层
wolfgang 发表于 2019-12-2 09:38
不对应,如果两篇文章用的是同样的或类似的系统树,你列出的样本主流是R1a1a1b2a2a,也就是Z2123,这和克 ...



     有一些是他们的上游,不排除其中一部分支系东迁成为克雅人的Z2124
样品_ID测年BPClumped_labelLocationSexY类型
I04243675Steppe_MLBA_WestUvarovka I, Samara River, SamaraMR1a1a1b2a
I04324658Steppe_EMBASok I, Sok River, SamaraMR1a1a1b2a
I33943600Steppe_MLBA_EastOrak Ulus village near KrasnoyarskMR1a1a1b2a
I10183800Steppe_MLBA_WestKamennyi Ambar 5 CemeteryMR1a1a1b2a
I10553800Steppe_MLBA_WestKamennyi Ambar 5 CemeteryMR1a1a1b2a

 楼主| 发表于 2019-12-2 11:14 | 显示全部楼层
imvivi001 发表于 2019-12-2 10:56
有一些是他们的上游,不排除其中一部分支系东迁成为克雅人的Z2124

R1a1a1b2a这里是Z94,我觉得可能是在红铜时代扩散的一批人,后来被安德罗沃诺文化同化了。奇怪的是这里R1a1a1b2a2a,也就是Z2123,没有Z2122。所以我不知道你这里的样本到底用的是什么系统树?
发表于 2019-12-2 12:32 | 显示全部楼层

    是来自Reich团队最新关于南亚人群形成历史的论文,回头再查一下他们用的是什么系统树~
发表于 2019-12-2 13:04 | 显示全部楼层

   查到了,他们使用的是(ISOGG) database version 11.110.
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