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仰韶其实与现代华北差异并不大,paper的pca的问题

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发表于 2019-10-8 06:32 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 无诸王 于 2019-10-8 06:46 编辑

仅仅看pca,仰韶看起来似乎非常偏北,甚至已经落在日韩的旁边。然而,有一点值得注意,就是在admixture里,仰韶的表现其实并不那么特殊,反而更像是当中参考集里的汉族,只是比现代汉族有更多的西欧亚。

那么两者,哪个更可信呢?个人倾向于信任admixture的结果。

因为,paper中的pca,加入了大量的西欧亚人群。我们知道pca这种降维的模式中,当数据集中加入与东亚人更远缘的西欧亚人以后。pc轴反应的其实已经不是传统意义上的东亚人的东西南北了,更多的反应的是人群在东西欧亚间的关系。而仰韶古人含有少量的西欧亚成分,其实会深刻影响其在这种加入西欧亚的参考系中的表现。

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发表于 2019-10-8 12:20 | 显示全部楼层
本帖最后由 baiyueren 于 2019-10-8 12:55 编辑

简要说说我对这次河南仰韶和龙山人群母系线粒体检测的看法:

1.其中有3个D4b1a可能属于亲属关系的样本,所以从无关样本的角度只能算一个。

2.按无关样本算,共计11个有效样本,其中D占5个,比例高达45%,这个比例已经接近我在《试从母系遗传角度分析现代中原居民的源流》中统计出的古蒙古高原类型D4的比重56%.也大大超过现代河北人以及韩国人的D4比重(都在30%上下)。

3.从mt基本构成看,缺少古西北类型和古华北类型常见的M10,以及古西北与古蒙古常见的G,还有古中原与古东北常见的D5。所以与朱泓所划分的中国北方古代人种类型的母系构成均存在显著的差异。

4.从R系分支来看,B4d1、F1d、F2h都是现代东亚发生频率较低的非主流类型。显示其属于较早扩散到北方的南方母系类型(当然龙山瓦店的原N9a2也是如此)。这说明本次检测的河南古人群l在遗传上不太可能是现代中原汉族的直系祖先,只能说有可能是母系祖先成分之一。

5. 按无关样本算,河南仰韶和龙山人群M系比例为72%,大大高于现代安阳人和山西横北村先民(均为56%),略高于二里头先民(64%),接近偃师商代先民(76.5%),低于现代河北人(82%)。所以河南仰韶和龙山人群的M系比例虽很高,但还在新石器晚期和现代华北人的变异范围内。

个人认为更有可能的情况,不是此次仰韶古DNA检测有什么异常或因样本数少有多少误差。应该就是真实情况的反应。再结合常染分析看,相较现代中原汉族而言河南仰韶和龙山人群的确是更偏北一些的。这个结论应该没有很大的问题。

PS:基本上仰韶和龙山人群在南北程度和南方母系成分的古老性上没有本质区别,区别只在于有无D5成分的存在
 楼主| 发表于 2019-10-8 06:35 | 显示全部楼层
其中一个旁证就是pca中的高棉人、泰国人,表现得比部分汉族要偏北,这显然是不符合东亚意义的定位的
发表于 2019-10-8 07:13 | 显示全部楼层

    我一再提醒大家,PCA图经过降纬处理,失真度很大,对初学者具有很大的误导性。
     换句话说,没有原值的PCA图就是耍流氓~
发表于 2019-10-8 07:14 | 显示全部楼层

   上面打错一个字,是降维不是降纬,呵呵
发表于 2019-10-8 07:52 | 显示全部楼层
仅看pca,仰韶看起来似乎非常偏北,甚至已经落在日韩的旁边。然而,有一点值得注意,就是在admixture里,仰韶的表现其实并不那么特殊,反而更像是当中参考集里的汉族,只是比现代汉族有更多的西欧亚。

那么两者,哪个更可信呢?个人倾向于信任admixture的结果。
      无诸王 发表于 2019-10-8 06:35

    是的,本次作者做的ADMIXTURE运算非常专业。  不单是做了连锁不平衡snp去除,而且在运算中做了CV error控制,这方面比一般的专业团队做的仔细,更别提那些三流的业余爱好者了,呵呵
发表于 2019-10-8 07:54 | 显示全部楼层

     本文ADM结果显示的仰韶古人,真的没啥特殊的,西亚欧成分也不算多,与现在的西北汉族大致接近吧
发表于 2019-10-8 09:41 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2019-10-8 10:04 编辑

西欧亚成分怎么会影响西伯利亚/东南亚比值呢?PCA,admixture和F3结果是一致的,都表明仰韶组龙山组相对汉族,更接近朝鲜族,如果不考虑东蒙古,藏族等的西欧亚信号,西伯利亚/东南亚比值更接近这些人群。



当然,Admixture跑这么低的K值,分辨率过低,不足以区分民族关系。等数据放出来就清楚了。蒙古国南戈壁DA43放在低分辨率计算器下,与华东无异,调高K值,放在你自己的结果里,也与汉族样本较少共享。一个华中汉族放在低分辨率计算器下,可能与苗族的距离远近于华北华南汉族,但在高K值高分辨率计算器下,可以明显发现汉族有共同的血统基础,可以显著区分于苗畲土家等民族。

老贴:

文献中的低分辨率计算结果,汉苗、畲、土家族无法区分。


我设计的高K值计算器,则可以清晰的识别上述族群,分别率足够高的计算下,即使一直被吐槽是汉人改少民的土家族,可以看到明显的类Hmong血统,可见其起源还是明显有别于汉族的。



同样的道理,我们加深K值,考察DA43到底与汉人有无关系,是不是很多一口要定的华东”汉军“?

因无其他古DNA,我们以华中地区的Hmong作为潜在的三苗人群的代表,雅库特作为北亚族群参照系,以DA43作为主要考察的参照系,比对与现代族群的关系。

结果如图,可见,与其说南戈壁受降城DA43样本是汉军,还不如说是“日军”,DA43所代表的古代族群血统,主要流向东北亚族群。汉族只有少量类DA43成分,大多数的血统成分与Hmong共享,彝族等情况与汉族类似。所以,DA43更可能是长城沿线地区的居民,参与汉匈之战的雇佣军,可能性更高。


发表于 2019-10-8 15:54 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2019-10-8 15:59 编辑
baiyueren 发表于 2019-10-8 12:20
简要说说我对这次河南仰韶和龙山人群母系线粒体检测的看法:

1.其中有3个D4b1a可能属于亲属关系的样本, ...


中原新石器人骨四不像,跟谁也不接近是客观的陈述。

线粒体大分型的结果是与全基因组非常接近,与颅骨特征也接近,即河南新石器组的北亚南亚比例,大体介北汉和东北达斡尔之间。该组样本的D4比例也大体介于北汉和草原地区人群之间。

老贴:

很多人总想当然的按地理纬度高低,来判断古人是南相还是北相,比如认定中原古人比北方戎狄更多南方血统,所以,当仰韶组的西伯利亚:马来比例接近东蒙古、朝鲜、土族、夏尔巴、藏族觉得不可思议。

事实上,如何呢?我们分别以蒙古和马来为标尺,计算欧式距离,并计算比值来判断南相还是北相,结果如下:

        马来-印尼合并组        蒙古组(杰别茲)        马来/蒙古
内蒙古朱开沟组        12.16347        21.753554        0.559148634
华南(福建)汉族组        11.103229        19.446558        0.570961144
陕西铜川瓦窑沟先周晚期        12.539617        20.389436        0.615005584
甘肃磨沟墓,齐家文化        14.866368        22.172975        0.670472411
华北组(山西河北等北方汉族合并组)        15.345582        21.986409        0.697957634
抚顺汉族组        15.041021        20.640896        0.728700004
河南陕州庙底沟二期        15.755932        20.490693        0.768931144
河南舞阳贾湖组        19.13409        19.550102        0.978720725
西藏B组(莫兰特)        19.748792        16.868097        1.170777711
清代达斡尔族        21.561512        12.661465        1.702923951


很多人意外了吧?

河南庙底沟、贾湖两组典型的古中原类型非常北相,介于华北汉族、东北汉族和藏族、达斡尔族之间,与全基因组所反映的位置非常接近。
发表于 2019-10-8 19:17 | 显示全部楼层

    让我们一起高呼:摸骨宇宙无敌! 摸骨必胜!
发表于 2019-10-21 14:39 | 显示全部楼层
仰韶除了一点西欧亚外还有一点北亚成份,也可能是被这个拉北的。
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