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楼主: imvivi001

评:中原仰韶至龙山时期古代人群基因组学研究

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发表于 2019-10-8 14:17 | 显示全部楼层
imvivi001 发表于 2019-10-8 13:31
这次作者在运行ADM计算时,CVerror控制的非常好,加之较高的全基因组检测覆盖率,所以我们可以一目了 ...

有几个人揣着明白装糊涂,本来简单的四个字“万世一系”就能下定义的事情
发表于 2019-10-8 14:20 | 显示全部楼层
本帖最后由 w_howard 于 2019-10-14 09:32 编辑

vvvvvvvvvvvvvvvvvvvvvvvvvvvvvvvvvvvvv
发表于 2019-10-8 15:25 | 显示全部楼层
这篇论文认为龙山比仰韶要南,虽然结论上可能正确,因为相比仰韶,中原龙山有更东更南大汶口和屈家岭石家河文化影响,但方法上可能存在问题,因为所采集的样本,中原龙山是最东最南的煤山和王油坊类型,和仰韶文化选取的遗址存在明显地域差别
发表于 2019-10-8 15:48 | 显示全部楼层
baiyueren 发表于 2019-10-8 12:12
简要说说我对这次河南仰韶和龙山人群母系线粒体检测的看法:

1.其中有3个D4b1a可能属于亲属关系的样本, ...

这是客观的分析,仰韶和龙山河南组的mtdna明显与现代中原人差异明显,PCA我还没跑,但基本上可以肯定与东北亚族群聚类,非常北的母系血统组成。
发表于 2019-10-8 15:50 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2019-10-8 15:51 编辑
imvivi001 发表于 2019-10-8 13:31
这次作者在运行ADM计算时,CVerror控制的非常好,加之较高的全基因组检测覆盖率,所以我们可以一目了 ...


你放心,用这种低分辨度计算器,我作为一个东蒙古人有更多理由比汉人宣布自己是中原仰韶人的后裔。

说仰韶万古一系得来东蒙,如果这种低分辨度计算器靠谱的话。
 楼主| 发表于 2019-10-8 17:52 | 显示全部楼层
Yungsiyebu 发表于 2019-10-8 15:50
你放心,用这种低分辨度计算器,我作为一个东蒙古人有更多理由比汉人宣布自己是中原仰韶人的后裔。

...


       一个0.003x的业余爱好者,质疑人家专业的6.7x的数据,这种宇宙罕见的勇气,可能只有东蒙某种类型的人才会有吧,难道真的是继承自俺们‘’贺南人‘’的老祖宗?
 楼主| 发表于 2019-10-8 18:01 | 显示全部楼层

   从今往后,在某个东蒙人宇宙超级无敌的勇气的鼓舞下,俺要宣布俺是火星人的直系后裔,谁要说不是,俺和他急!
发表于 2019-10-8 18:38 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2019-10-8 18:40 编辑
imvivi001 发表于 2019-10-8 17:52
一个0.003x的业余爱好者,质疑人家专业的6.7x的数据,这种宇宙罕见的勇气,可能只有东蒙某种类 ...


扯皮没用。

1.2x覆盖度的K2内蒙古夏家店组接近越南北部和湖南汉族,如几十年来,颅骨观察到的现象一致,事实上,中原新石器人骨非常北方,北亚南亚欧氏距离比例值介于北汉和达斡尔,而朱开沟等组古华北类型则反而接近华南组的水平。不是说,青铜期中原人越来越南相就一定来自长江流域的人群北上。

很多人总想当然的按地理纬度高低,来判断古人是南相还是北相,比如认定中原古人比北方戎狄更多南方血统,所以,当仰韶组的西伯利亚:马来比例接近东蒙古、朝鲜、土族、夏尔巴、藏族觉得不可思议。

事实上,如何呢?我们分别以蒙古和马来为标尺,计算欧式距离,并计算比值来判断南相还是北相,结果如下:

        马来-印尼合并组        蒙古组(杰别茲)        马来/蒙古
内蒙古朱开沟组        12.16347        21.753554        0.559148634
华南(福建)汉族组        11.103229        19.446558        0.570961144
陕西铜川瓦窑沟先周晚期        12.539617        20.389436        0.615005584
甘肃磨沟墓,齐家文化        14.866368        22.172975        0.670472411
华北组(山西河北等北方汉族合并组)        15.345582        21.986409        0.697957634
抚顺汉族组        15.041021        20.640896        0.728700004
河南陕州庙底沟二期        15.755932        20.490693        0.768931144
河南舞阳贾湖组        19.13409        19.550102        0.978720725
西藏B组(莫兰特)        19.748792        16.868097        1.170777711
清代达斡尔族        21.561512        12.661465        1.702923951


很多人意外了吧?

河南庙底沟、贾湖两组典型的古中原类型非常北相,介于华北汉族、东北汉族和藏族、达斡尔族之间,与全基因组所反映的位置非常接近。

相反,比他们地理位置更北方的古华北类型内蒙古朱开沟组和古西北类型齐家组,反而更偏向马来组,大体与华南组聚类,或者介于华南和华北组之间,非常南相。

与全基因组对比,吻合度如何? 大家自己观察。







另一篇文献的山戎古华北类型样本全基因组,也的确更接近越南北部和湖南人群。

上个帖子中的一些相关证据。

传统的体质人类学方面,华南新石器组,都很难讲是不是蒙古人种马来类型.而现代东亚各组,不管是华北组还是华南组,都更接近新石器时代长城沿线古人,而不是华南地区的新石器时代土著族群.



古Mtdna方面,陕北戎狄始祖五庄果梁组,更接近现代华南组.

Investigation on maternal lineage of a Neolithic group from northern Shaanxi based on ancient DNA

The multidimensional scaling (MDS) and analysis of molecular variance approach (AMOVA) revealed that ancient Wzhgl people bored a very high similarity to southern Han Chinese.

古DNA全基因组结果类似,山戎夏家店也是更接近华南和大陆东南亚组.

Ancient DNAs and the Neolithic Chinese super-grandfather Y haplotypes


当然,我还是要再次强调,不是说在低分辨度标尺下,贾湖文化等河南新石器古人接近朝鲜、东蒙古等东北亚族群,就意味着他们与这些族群有更近的亲缘关系,就像南戈壁的乱葬岗DA43/DA45,低分辨度下计算器接近华东汉族,但高分辨度下计算器,更似对东北亚族群有更多潜在血统贡献,只是东北亚族群融入更多西伯利亚因素造成低分辨度下的不聚类。

总之,数据放出来,一切就清楚了,只是吉大目前发了四五组古NGS数据了,一组也没有公开raw data,不清楚什么考虑。


发表于 2019-10-9 13:30 | 显示全部楼层
imvivi001 发表于 2019-10-7 09:26
考虑不提供原值-只提供降维失真的PCA图,会严重误导本坛的数理分析小白们,这里就不上图了,感兴趣 ...

你的原值指的是什么?
 楼主| 发表于 2019-10-10 15:37 | 显示全部楼层

        有一点非常令人欣慰,那就是本文作为天朝当下的一篇硕士生答辩论文,在其专业的导师的指导下,达到了很好的专业水平,比绝大部分欧美同类同级别的硕士论文的专业水平都高很多,令人欣慰,说明我们天朝的分子人类学界,还是后继有人,大有前途的! 呵呵
发表于 2019-10-13 21:28 | 显示全部楼层
imvivi001 发表于 2019-10-7 09:41
本文的ADM通用算法跑出来的结果非常专业,值得好好看一下。

     从图中可以看到,无论是6千 ...

这个仰韶文化人群祖源构成颜色柱里面包含的极少紫色和蓝色,以及红色混合中的所谓紫色代表的“欧洲祖源“有很大可能是未有细分情况下的ANE的成分,这应该显示这些人群中有来自贝加尔湖狩猎采集者群体的遗传输入,其中Q1a1应该就是这些移民群体中的一个父系谱系类型
发表于 2019-10-13 21:47 | 显示全部楼层
现代汉族祖源构成里也存在少量的北亚和欧洲祖源,普遍认为是在汉武帝派张骞开通西域之后丝绸之路沿线移民的输入影响,在这之前的历史时期中土原住民祖源构成里一般不会出现欧洲和北亚成分
 楼主| 发表于 2019-10-13 22:25 | 显示全部楼层
shuer 发表于 2019-10-13 21:28
这个仰韶文化人群祖源构成颜色柱里面包含的极少紫色和蓝色,以及红色混合中的所谓紫色代表的“欧洲祖源“ ...


   论文中加入了法国人的全基因组数据作为比对,不过没有加入ANE人群对比,是的,考虑到ANE是一种东西方成分的混合,因此不排除这里的“西亚欧成分”,其实就是一种ANE成分~
发表于 2019-10-13 23:25 | 显示全部楼层
中国缺乏ANE的神话看来也被破解了。这么看古代的中原华北人应该有一定比例的ANE成分(至少比现代中原华北人高),现代汉人ANE降低很可能是因为融合了大量南方民族。

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发表于 2019-10-14 11:02 | 显示全部楼层
shuer 发表于 2019-10-13 21:28
这个仰韶文化人群祖源构成颜色柱里面包含的极少紫色和蓝色,以及红色混合中的所谓紫色代表的“欧洲祖源“ ...

显然不是这样的,今天的西伯利亚人群诸如nganasan/chukchi之流并非没有ANE成分且比今天的东亚人群多,如果仰韶古人的西欧亚成分是由西伯利亚流入,和这些nganasan/chukchi身上所遗留的ANE成分一样,那么应该表现为更多的西伯利亚成分才对,不会专门的去标注french成分。
发表于 2019-10-15 00:33 | 显示全部楼层
本帖最后由 lll 于 2019-10-15 00:41 编辑
MNOPS 发表于 2019-10-13 23:25
中国缺乏ANE的神话看来也被破解了。这么看古代的中原华北人应该有一定比例的ANE成分(至少比现代中原华北人 ...


但龙山文化古人的紫色西欧亚成分比例也是极低,和那些现代汉族样品一样,只有仰韶文化显示出少量紫色西欧亚成分,仰韶文化的这种情况也有可能只是个例。另外西欧亚成分的降低不一定是南方民族民族北上的结果,也有可能是类龙山人群的壮大
发表于 2019-10-15 09:24 | 显示全部楼层
shuer 发表于 2019-10-13 21:28
这个仰韶文化人群祖源构成颜色柱里面包含的极少紫色和蓝色,以及红色混合中的所谓紫色代表的“欧洲祖源“ ...

那O1B1A2就被你选择性忽视了?

O1B1A2、Q1A1肯定是同源的,要么都是中国土著,要么都是西北来的
发表于 2019-10-15 23:03 | 显示全部楼层

9

本帖最后由 lll 于 2019-10-15 23:42 编辑

这个龙山文化人群的东北亚成分居然比土家族还低,整体和畲族,苗族差不多。而仰韶文化人群的东北亚成分平均比龙山文化人群高不少
 楼主| 发表于 2019-10-16 13:59 | 显示全部楼层
lll 发表于 2019-10-15 23:03
这个龙山文化人群的东北亚成分居然比土家族还低,整体和畲族,苗族差不多。而仰韶文化人群的东北亚成分平均 ...


    根据本文ADM图谱,3900~5500BP的龙山文化人群,与6000BP左右的仰韶文化人群的基因结构基本上是一脉相承的。但是也同时可以看出,前者的“类东北亚成分”与“类北亚成分”低于后者,提示这个地区南方农夫成分逐渐增加的事实,也与目前的考古学发现基本吻合~
发表于 2019-10-16 16:42 | 显示全部楼层
imvivi001 发表于 2019-10-16 13:59
根据本文ADM图谱,3900~5500BP的龙山文化人群,与6000BP左右的仰韶文化人群的基因结构基本上是一 ...

这么低精度计算器还敢说一脉相承,是不是我有更多理由宣布与他们更一脉相承,因为显然我比北汉更接近。仰韶和龙山组,ydna和mtdna都看不出明显的同源性,而夏商二里头古DNA也看不出与龙山组的同源性。
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