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楼主: imvivi001

评:中原仰韶至龙山时期古代人群基因组学研究

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发表于 2019-10-7 13:47 | 显示全部楼层
imvivi001 发表于 2019-10-7 13:26
感觉云老师对中原测出6千年的M120有一点感到惊骇是吗?

欧洲新石器时代也有R1b*,没什么意外的,我说的是,东亚M120与蒙古国青铜时代鹿石文化的M120,在青铜时代前后共祖,不是东亚人北上阿尔泰,就是阿尔泰的青铜文化族群南下进入中原.
 楼主| 发表于 2019-10-7 13:51 | 显示全部楼层
Yungsiyebu 发表于 2019-10-7 13:47
欧洲新石器时代也有R1b*,没什么意外的,我说的是,东亚M120与蒙古国青铜时代鹿石文化的M120,在青铜时代 ...


     6千年的晓坞古人的M120 与蒙古国青铜时代鹿石文化的M120怎么个共组? 共祖时间是....?
发表于 2019-10-7 14:04 | 显示全部楼层
imvivi001 发表于 2019-10-7 09:50
根据上面的ADM图,现代东亚大部分族系均可视为南方人群(以台湾土著为代表)为主,与部分类古东北人群 ...

我认为现代东亚人偏东是一种假象。假设深绿色成分是EAS,浅绿色成分是EAN,历史上EAS是从EAN分出的,后来又北上同化了大部分EAN,只剩下很少的EAN留在了东北亚,这样就形成了现代东亚人偏东的假象。我们要看到,即使是西部的藏族也是以深绿色成分加上部分浅绿色成分,并没有西部成分。剩下的蒙古利亚成分只有正北的尼格那森成分和正宗东北亚的楚科奇成分。
 楼主| 发表于 2019-10-7 14:07 | 显示全部楼层
wolfgang 发表于 2019-10-7 14:04
我认为现代东亚人偏东是一种假象。假设深绿色成分是EAS,浅绿色成分是EAN,历史上EAS是从EAN分出的,后来 ...


  “EAS是从EAN分出的”?  兄弟是不是笔误说反了吧,呵呵
发表于 2019-10-7 14:12 | 显示全部楼层
imvivi001 发表于 2019-10-7 14:07
“EAS是从EAN分出的”?  兄弟是不是笔误说反了吧,呵呵

没说错,我这里的EAN是指东亚北部人群,EAS是指东亚南部人群,东亚南部人群是东亚北部人群南下特化的一支。
 楼主| 发表于 2019-10-7 14:14 | 显示全部楼层

       让本文作者头痛欲裂的qpADM运行结果,如下,先不评论,让大家自己看,看看大家现在的理解力~~

qpADM-河南仰韶-龙山-李-周2019.jpg
发表于 2019-10-7 15:22 | 显示全部楼层
imvivi001 发表于 2019-10-7 13:51
6千年的晓坞古人的M120 与蒙古国青铜时代鹿石文化的M120怎么个共组? 共祖时间是....?

所以,更可能的情况就是,仰韶期的Q1a1a与现代东亚人的M120不直接相关,后者与蒙古国鹿石文化属于一支。
 楼主| 发表于 2019-10-7 16:21 | 显示全部楼层
Yungsiyebu 发表于 2019-10-7 15:22
所以,更可能的情况就是,仰韶期的Q1a1a与现代东亚人的M120不直接相关,后者与蒙古国鹿石文化属于一支。


     阁下的戎狄学院神逻辑太神啦,这种结论都能推导出来,不得不服,哈哈
发表于 2019-10-7 16:28 | 显示全部楼层
imvivi001 发表于 2019-10-7 16:21
阁下的戎狄学院神逻辑太神啦,这种结论都能推导出来,不得不服,哈哈


扯皮没用,东亚M120和蒙古国鹿石文化M120,共祖不超过4400年,这个年代上限,北方草原地带已经进入青铜时代,不是从北方草原到中原,就是倒过来,哪种最可能不言而喻.

 楼主| 发表于 2019-10-7 17:31 | 显示全部楼层
Yungsiyebu 发表于 2019-10-7 16:28
扯皮没用,东亚M120和蒙古国鹿石文化M120,共祖不超过4400年,这个年代上限,北方草原地带已经进入青 ...


    看来戎狄学院的神逻辑已经不可理喻,不得不用人类正常的逻辑还原一下。
     首先请看清楚下图,M120绝大部分后代都是中国人,即便是主流的Q-Y515,也是一边倒地以中国为主,而Q-Y515的诞生日期,恰好与现在发现的仰韶文化古人的年代一致。 因此最大的可能性是:
1、M120的爆发,明显与仰韶文化相关!
2、大多数M120的各个支系与其他中原地区古文化人群一道,共同参与了原始华夏人群的形成(特征是农业为主、兼有一定比例的畜牧,操一种混合型的原始汉语)。
     后期部分M120出于各种各样的原因(比如长城沿线的地理位置),与北上的y-O人群一样,分离出去,分阶段地与南下的草原石板墓人群混合,形成历史时期的“戎狄”。
      之后多数戎狄又重新融入后期的华夏或者更加后期的汉族,部分在汉族与北方民族之间多次转换身份,有些继而成为现在北方民族的一部分;

3、那个与大部分中国M120共祖在5kya(上限值的保守取值)的蒙古国的F1626亦毫不例外,极有可能如我上面第二点的推断,或者是仰韶文化爆发时遗留在北地的后代(例如石虎山遗址、王墓山遗址或者海生不浪遗址)。 也可能是更晚时期融入北地的产物(毕竟这个时期夏商文化已经明显渗入到这个地区)


Q-M120-YFULL201910.png
发表于 2019-10-7 17:38 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2019-10-7 17:44 编辑
imvivi001 发表于 2019-10-7 17:31
看来戎狄学院的神逻辑已经不可理喻,不得不用人类正常的逻辑还原一下。
     首先请看清楚下图,M ...


绝大多数的M269+都是西欧人,并不影响起起源于欧亚草原地带。

考古上,有大量证据可以支持北方青铜文化进入中原地带。即使仰韶文化期,黄铜,牛骨也暗示北方草原地带人群进入中原。相反,青铜时代早期,我们看不到任何中原青铜文化进入草原地带的确定案例。

当然,最重要的是,河南仰韶期样本中可以看到明显的高加索人种信号和西伯利亚信号,Q1a1a的出现并非没有北方和西北方的附加证据。西北地区的杨郎文化普遍以M120+标记的族群,也是北亚种系特征。到底是北人南下还是南人北上,一目了然。

Screenshot_2019-10-07-15-12-26-221_com.tencent.mtt.png
 楼主| 发表于 2019-10-7 18:13 | 显示全部楼层


    前面说到,本文f3分析的Z值严重过高。 剔除朝鲜族的数据,可以看到河南仰韶文化古人的f3结果,与之前的瓦店古人的f3结果大致一致,如下:

f3-仰韶龙山-李2019.jpg
 楼主| 发表于 2019-10-7 18:15 | 显示全部楼层

  总的来看,如我前面所说,这个古人还是偏东部的。  等一下看看龙山文化古人的情况~~~
 楼主| 发表于 2019-10-7 19:45 | 显示全部楼层

     看一下这批龙山文化古人的f3分析结果,主要方面差别不大,不过在某一个方面差异明显,请看图:

河南-龙山平粮台-李2019.jpg
 楼主| 发表于 2019-10-8 08:42 | 显示全部楼层
imvivi001 发表于 2019-10-7 09:41
本文的ADM通用算法跑出来的结果非常专业,值得好好看一下。

     从图中可以看到,无论是6千 ...


    这次作者做的ADMIXTURE运算非常专业。  不单是做了连锁不平衡snp去除,而且在运算中做了CV error控制,这方面比一般的专业团队做的仔细,更别提某些三流的业余爱好者了(绝非瞧不起业余爱好者跑的ADM,有些业余爱好者跑的ADM也是不错的,比如开发Harappa计算器的Razib Khan。因此爱好者也是分档次的,一流二流三流....)

     本文ADM结果显示的仰韶古人,真的没啥特殊的,西亚欧成分也不算多,与现在的西北汉族大致接近吧
   不过从本文f3分析来看,这些仰韶古人并不算偏西(参照楼上的图,以与尼泊尔F5古人高度类聚的夏巴人为参照),总体而言,还是偏东的,只能说明他们的第一主成分EAS在东亚地理位置分布上,是偏东的~


发表于 2019-10-8 10:52 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2019-10-8 11:03 编辑
imvivi001 发表于 2019-10-8 08:42
这次作者做的ADMIXTURE运算非常专业。  不单是做了连锁不平衡snp去除,而且在运算中做了CV error控 ...


你还是自己先学会这种简单的生信工具再说别的,LD只是对于近几代亲属关系的样本有必要过滤,但也不可能真正滤过干净,官网有描述。对于不相关样本,结果没有差异,这个我做过对比,回头我给你看下比对你就清楚了。
Screenshot_2019-10-08-11-01-06-712_com.tencent.mtt.png
发表于 2019-10-8 11:01 | 显示全部楼层
从图上看汉族中中也有少量的北亚和欧洲成份。
发表于 2019-10-8 12:12 | 显示全部楼层
本帖最后由 baiyueren 于 2019-10-8 12:56 编辑

简要说说我对这次河南仰韶和龙山人群母系线粒体检测的看法:

1.其中有3个D4b1a可能属于亲属关系的样本,所以从无关样本的角度只能算一个。

2.按无关样本算,共计11个有效样本,其中D占5个,比例高达45%,这个比例已经接近我在《试从母系遗传角度分析现代中原居民的源流》中统计出的古蒙古高原类型D4的比重56%.也大大超过现代河北人以及韩国人的D4比重(都在30%上下)。

3.从mt基本构成看,缺少古西北类型和古华北类型常见的M10,以及古西北与古蒙古常见的G,还有古中原与古东北常见的D5。所以与朱泓所划分的中国北方古代人种类型的母系构成均存在显著的差异。

4.从R系分支来看,B4d1、F1d、F2h都是现代东亚发生频率较低的非主流类型。显示其属于较早扩散到北方的南方母系类型(当然龙山瓦店的原N9a2也是如此)。这说明本次检测的河南古人群在遗传上不太可能是现代中原汉族的直系祖先,只能说有可能是母系祖先成分之一。

5. 按无关样本算,河南仰韶和龙山人群M系比例为72%,大大高于现代安阳人和山西横北村先民(均为56%),略高于二里头先民(64%),接近偃师商代先民(76.5%),低于现代河北人(82%)。所以河南仰韶和龙山人群的M系比例虽很高,但还在新石器晚期和现代华北人的变异范围内。

个人认为更有可能的情况,不是此次仰韶古DNA检测有什么异常或因样本数少有多少误差。应该就是真实情况的反应。再结合常染分析看,相较现代中原汉族而言河南仰韶和龙山人群的确是更偏北一些的。这个结论应该没有很大的问题。

PS:基本上仰韶和龙山人群在南北程度和南方母系成分的古老性上没有本质区别,区别只在于有无D5成分的存在

点评

客观描述,  发表于 2019-10-8 15:20
 楼主| 发表于 2019-10-8 13:25 | 显示全部楼层
Yungsiyebu 发表于 2019-10-8 10:52
你还是自己先学会这种简单的生信工具再说别的,LD只是对于近几代亲属关系的样本有必要过滤,但也不可能 ...


    对于阁下这种三脚猫功夫的爱好者,我的建议是,先把原理学好了,再动手跑程序,不然就会像你之前跑出来的各色各样乱七八糟的结果一样,永远不会有进步,呵呵
 楼主| 发表于 2019-10-8 13:31 | 显示全部楼层

    这次作者在运行ADM计算时,CVerror控制的非常好,加之较高的全基因组检测覆盖率,所以我们可以一目了然地看清楚东亚地区,尤其是中国地区,古往今来人群基因结构的变化情况。

    大致上,我们现在可以下结论了,至少自6千年前,中国核心地区的基因结构就已经大致稳定了,即便不敢说“万年一系”,六千年一系是绝对没问题的,呵呵

   

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