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楼主: imvivi001

评:河南禹州瓦店遗址龙山时期古代居民DNA分析

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发表于 2019-9-22 16:16 | 显示全部楼层
imvivi001 发表于 2019-9-22 15:49
屁股主义者的确蛮无聊的。 明明已经有了最直接的DNA硬菜~f3分析报告,可是装睡的人偏要拿一些不着边 ...

禹州夏人的genotyoe在土家畲族看到更多的共享,和其PCA,admixture分析看到的其南北比例与东蒙、日韩、藏羌聚类,没有任何冲突。奥美人种有更多的类丹尼索瓦人血统,并不意味着奥美人与丹尼索瓦人聚类。
发表于 2019-9-22 20:07 | 显示全部楼层
MNOPS 发表于 2019-9-22 11:07
二里头偃师都是D5高频,这个瓦店也检测到了D5,D5高频才叫正常。

西周少陵原则是比较反常,考虑到历史 ...

西周少陵原的Mt主要是F1a和Z,但实际上F1a也有偏西的子类型,正如不能看到Mt-B就觉得这是偏南的类型,因为B其实是有偏北的子类型的。Z则是非常离散的一个类型,估计上古和C类似,西南-东北方向分布,但比C偏东南一些。所以简单的说少陵园的Mt偏南是不对的。
发表于 2019-9-22 20:26 | 显示全部楼层
再说一句,以六盘山为界,关中和陇右的血统在古代可能差异非常大。关中和陕北的差异也可能非常大。即使是在现在,甘肃汉族的D4比例都是汉族中最高的,而到了陕西,D4的比例就要猛降一个档次。
发表于 2019-9-22 20:34 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2019-9-22 20:50 编辑
wolfgang 发表于 2019-9-22 20:07
西周少陵原的Mt主要是F1a和Z,但实际上F1a也有偏西的子类型,正如不能看到Mt-B就觉得这是偏南的类型,因 ...


就那么两个点的数据,分B4/B5都费劲。你都能分出西支东支,服了。只有高通量测序才可以解决,比如很多人在测序之前估计会咬死禹州和D5是华南类型,测序结果是鄂伦春等高频的东北亚类型。

不扯皮,不管什么细分类型,少陵原和周原组,均缺失D,周人扩张后的山东汉代组也是很少D,而高频可见周人高频的B/F,可见周人崛起后,对中原和山东以D5高频的新石器土著有很强的替代现象,两周时代和其后的中原人骨更接近周人和华南现代组。

山东新石器组也是单纯的D5,但汉代山东两组都是接近少陵原和周原,D很少,而以B/F高频,这种变化与周人崛起后,山东人骨都变得更接近周人瓦窑沟组的现象吻合。可见以B/F为标记的周人取代了土著的D5标记的东夷始祖后裔。秦汉以后,华北地区的D4有逐渐攀升,北汉母系血统越来越接近匈奴和北狄。

关于山东种系的变迁,讨论时聊到这个话题,我重新跑了一下山东古代组的数据,有点仓促,西吴寺组录入重复。

新石器时代,目前报道的人骨,主要两个聚类群,广侥付家组和西吴寺组所代表,另一个为大汶口组、西夏侯组、呈子二期组、王因组所代表。两个聚类群均与青铜时代山东人骨有明显的种系差异。

进入青铜时代,尚无夏代山东人骨资料报道;

商代为滕州组,类似东北地区的古东北类型,与殷墟中小墓3组的贵族阶层基本属于同一种系。

周代至汉代,山东诸组既不同于新石器时代的两个土著类聚群,也不同于商代滕州组,而表现出更接近陕西瓦窑沟先周组的特征,然后与甘肃史前合并组聚类。

可见,青铜时代山东地区古人种系特征开始表现出更接近商人和周人的种系特征,而与此前山东新石器时代的两类种系均差距较大。而且,我上边陆续介绍了青铜时代河南和关中地区的种系变迁,三者均表现出在青铜时代开始与西北和长城沿线种系类似的特征,而与新石器时代三地的古中原类型相距较远的特征,尽管国内研究者通常习惯性的仍将青铜时代三地种系归入古中原类型。
 楼主| 发表于 2019-9-22 21:09 | 显示全部楼层

     其实瓦店古人并非PCA图显示的那么偏北,正如我一直在论坛上所说,PCA图还是存在明显失真的~

f3-瓦店-现代东亚-2019崔宁超.png
发表于 2019-9-22 21:14 | 显示全部楼层
imvivi001 发表于 2019-9-22 21:09
其实瓦店古人并非PCA图显示的那么偏北,正如我一直在论坛上所说,PCA图还是存在明显失真的~

拉倒吧,算法不同,你不用挑选择好的说其他的失真。如果PCA失真,为什么ADMIXTURE结果一致?

丹尼索瓦人与澳美人种共享更多genotype,只是说明丹尼索瓦人更多的流向澳美人种,但并不意味着其PCA分析丹尼索瓦人与澳美人种聚类在一起。禹州组更多的流向土家族,畲族,与其PCA接近日韩和东蒙,藏夏尔巴,没有任何冲突。
 楼主| 发表于 2019-9-22 21:15 | 显示全部楼层

    这个4kya的中国中心地区的古人,目前来看,的确是一个地地道道的“中国人”,居然正好位于所有东亚类型现代中国人的“中心”,堪称一个“中国人”的标杆,呵呵
发表于 2019-9-22 21:33 | 显示全部楼层
imvivi001 发表于 2019-9-22 21:15
这个4kya的中国中心地区的古人,目前来看,的确是一个地地道道的“中国人”,居然正好位于所有东亚类 ...

拉倒吧,你还是先看看这组禹州人的D5是不是东北亚鄂伦春等族的标记类型吧?
 楼主| 发表于 2019-9-22 22:41 | 显示全部楼层
本帖最后由 imvivi001 于 2019-9-22 22:46 编辑
Yungsiyebu 发表于 2019-9-22 21:14
拉倒吧,算法不同,你不用挑选择好的说其他的失真。如果PCA失真,为什么ADMIXTURE结果一致?

丹尼索瓦 ...



    教你一些看ADM结果的基础常识:1、要看多个层级,尤其是K3层级很重要;2、最主要的是,一定要看Fst数值表,不然你即便是一层一层的看,也不一定看得出遗传距离,呵呵

    同理,看PCA一定要看欧氏距离原值,光看图是没啥鸟用的,呵呵
发表于 2019-9-22 22:42 | 显示全部楼层
wolfgang 发表于 2019-9-22 20:07
西周少陵原的Mt主要是F1a和Z,但实际上F1a也有偏西的子类型,正如不能看到Mt-B就觉得这是偏南的类型,因 ...

确实不能片面说少陵原偏南,因为有高频的Z,显示出跟西北戎狄藏缅还是有很大关系的。但少陵原相比二里头偃师和瓦店应该还是要偏南一些的。
发表于 2019-9-22 23:13 | 显示全部楼层
Yungsiyebu 发表于 2019-9-22 21:33
拉倒吧,你还是先看看这组禹州人的D5是不是东北亚鄂伦春等族的标记类型吧?

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发表于 2019-9-22 23:23 | 显示全部楼层

D5主要就是在闽南沿海一带略高,但在南方其他地区并不高,显示出福建/闽南应该有一些从中原南下的成分。从这个单倍群富集在西藏,日本,吉尔吉斯,雅库特等地来看,我认为还是北方起源的可能性更大。
发表于 2019-9-22 23:25 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2019-9-22 23:28 编辑


D5a2a1a的TMRCA,没有几万年那么久,有文献估算是~4300年前。

A “Copernican” Reassessment of the Human Mitochondrial DNA Tree from its Root
发表于 2019-9-23 08:24 | 显示全部楼层
本帖最后由 拓扑维度 于 2019-9-23 08:25 编辑
Yungsiyebu 发表于 2019-9-22 20:34
就那么两个点的数据,分B4/B5都费劲。你都能分出西支东支,服了。只有高通量测序才可以解决,比如很多 ...


大汶口文化傅家遗址mtDNA全是D5'6,不知是下游支系D5还是D6,不能草率认定为中原同类型D5。D5有两大分支,D5a主要分布于东亚大陆,零散分布于西伯利亚;D5b是典型的南岛母系,广泛分布于台湾、东南亚马来语族。D6仅见于菲律宾。

新石器时代山东母系并非只有D,还有一定比例的R系。山东博山一例距今8200年的遗骸,mtDNA被测定为B4c1a。7000年前的山东烟台长岛北庄遗址(北辛文化)出土的人骨7例样本检测出的4例,分别为1例R9、1例HV和两例D*,R系和M系各占50%。不难看出,山东古代母系分布不均匀,有的鲁东R系偏多,有的鲁北M系偏多,由于标本量很小,远不足说明真相,不能一概而论,只能作为参考。

汉代山东母系多为B/F,绝非无源之水,与新石器时代必有渊源关系,需要更多的考古调查报告才能做出定论。要说明事实,汉代山东母系多为B4、B5a、F1b、F2、F3,均是典型的华东标志性基因,但根本没有周人高频的B5b、F1a、Z,这两者母系的下游分支不同,起源分布也不一样,根本不存在周人母系对山东母系的替代事件。
发表于 2019-9-23 08:52 | 显示全部楼层
拓扑维度 发表于 2019-9-23 08:24
大汶口文化傅家遗址mtDNA全是D5'6,不知是下游支系D5还是D6,不能草率认定为中原同类型D5。D5有两大分 ...

南岛人群整体来说母系D的比例都不高,很少有超过10%的,因此不能说D5在南岛人群中是广泛分布。

而另一个南岛人群的标志性母系E,在古代山东遗址中未见分布,而是在古代福建沿海的亮岛遗址被检测到。

F1b,F2,F3,都不能算是典型的华东母系。F1b貌似在西南西北比较多,在蒙古和西伯利亚也有一定比例,老永的母系就是F1b。F2分布地域我不是很了解,不过据说在古代斯基泰人样本中有检测到。至于F3则是典型的南岛东南亚单倍群,在华东的比例也很低频。
发表于 2019-9-23 09:12 | 显示全部楼层
MNOPS 发表于 2019-9-23 08:52
南岛人群整体来说母系D的比例都不高,很少有超过10%的,因此不能说D5在南岛人群中是广泛分布。

而另一 ...

你太无知了,看看国外维基mtDNA D分布情况
发表于 2019-9-23 09:16 | 显示全部楼层
MNOPS 发表于 2019-9-23 08:52
南岛人群整体来说母系D的比例都不高,很少有超过10%的,因此不能说D5在南岛人群中是广泛分布。

而另一 ...

周原遗址mtDNA主要有B5a,B5b、F1a、Z。B5a主要分布于华东、华南,B5b这一支多分布在菲律宾人、越南占人中,F1a是典型的东南亚母系,集中分布于华南、东南亚。Z偏北分布于中亚,北亚。周人窜于戎狄,无异于游牧民族,母系Z占主体,混入南方F1a、B5b,体质上属于类似东南亚人种。但汉代山东母系多为B4、B5a、F1b、F2,B4仅见于华东沿海,F1b广泛分布于北方,F2主要分布于华东华中,但在东南亚较为罕见,考古人骨研究表明汉代山东居民在体质人类学上接近东亚人种,从大汶口文化至先秦时期是基本延续的,不具人种取代的性质,但与周人存在明显的差别,简直就是不同的种族,根本不存在周人对山东的人种替代。
发表于 2019-9-23 09:57 | 显示全部楼层
D6分为D6a和D6c,都是数量很小的支系,D6a在鲜卑古墓中发现,D6c在菲律宾一个小族群中发现。傅家遗址mtDNAD5'6不出意外应该都是D5。无论是D5a还是D5b,都是主要分布于东亚大陆,其他地区少见,D5b有个下游支系D5b2b在印尼某个族群中富集,但就总体而言,南岛人中D5比例很低。
发表于 2019-9-23 09:58 | 显示全部楼层
拓扑维度 发表于 2019-9-23 09:12
你太无知了,看看国外维基mtDNA D分布情况

维基上关于东亚各个母系在各人群的分布频率我看了少说也不下十遍,正因为看过我才敢说南岛人母系D整体偏低这样的话。
发表于 2019-9-23 10:05 | 显示全部楼层
wolfgang 发表于 2019-9-23 09:57
D6分为D6a和D6c,都是数量很小的支系,D6a在鲜卑古墓中发现,D6c在菲律宾一个小族群中发现。傅家遗址mtDNAD5 ...

我刚查了维基百科,那上面列出的母系D人群分布频率表中,南岛人群最高的也只不过是11%,是苏拉维西人,237个样本检测出了26个D,其中D5有20个,DxD5有6个。这样的比例根本算不上富集。
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