Google

蓝海人类学在线 Ryan WEI's Forum of Anthropology

 找回密码
 注册
查看: 1046|回复: 0

M1726+Y1726+:Y高通量/低深度全基因组数据分析

[复制链接]
发表于 2019-6-25 21:40 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2019-6-25 21:57 编辑

感谢广东林氏朋友的数据分享,授权把combBED区域内的private snp(筛选标准放宽到2个reads以上),与我和父亲的1.3x全基因组数据,和1KG的~5-6x全基因组数据进行比对.如附件.

链接: https://pan.baidu.com/s/1w7jHdrVg8yCS27lBRUSCxg 提取码: hzk3

方法:

hg19作为参照,选用yfull的8M+区间combBED,snp标准放宽到2个reads.得到696个潜在的SNP.以该组突变分别筛选NA19086和Yungsiyebu及其父亲的低覆盖度数据.

其中,Yungsiyebu的1.3x全基因组数据,覆盖到327个SNP,其中293个SNP阳性.

广东林氏与NA19086是一支,Yungsiyebu是另一支.与yungsiyebu相比,在覆盖到的区域内,NA19086与林多分享5个SNP.

NA19086                               
                                               
                                               
CM000686.1        2878113        c        3        gGg        FII        NA19086
CM000686.1        2903510        c        3        ...        IIF        NA19086
CM000686.1        6924268        A        6        ,....,        FFIIIF        NA19086
CM000686.1        7831420        c        5        ,,,,.        FBIIF        NA19086
CM000686.1        7959349        g        4        ..,.        FIFF        NA19086
CM000686.1        8017599        c        5        ..,..        II<0F        NA19086
CM000686.1        8407853        a        5        .,.,.        IFBFB        NA19086
CM000686.1        8427180        G        4        AAAA        6FFF        NA19086
CM000686.1        9424766        A        4        ggGG        FFIF        NA19086
CM000686.1        14463263        A        2        ..        FF        NA19086
CM000686.1        14523002        a        3        ,.,        FII        NA19086
CM000686.1        15611432        t        1        ,        F        NA19086
CM000686.1        15632379        a        4        ,,,,        IIII        NA19086
CM000686.1        15865850        A        6        ...,,^],        kkkFFE        NA19086
CM000686.1        16649324        C        6        ...,..        FFIIFB        NA19086
CM000686.1        16903672        A        5        ..,.,        IIBIF        NA19086
CM000686.1        17945636        A        5        GGGgg        qIFIB        NA19086
CM000686.1        18727149        g        8        ,..,....        FFFFFFFI        NA19086
CM000686.1        21499466        g        1        ,        I        NA19086
                                               
CM000686.1        23547924        T        5        GgGgg        BF<II        NA19086
CM000686.1        28765751        T        2        CC        IF        NA19086




您需要登录后才可以回帖 登录 | 注册

本版积分规则

小黑屋|手机版|Archiver|人类生物学在线 ( 苏ICP备16053048号 )

GMT+8, 2020-11-26 03:14 , Processed in 0.077334 second(s), 16 queries .

Powered by Discuz! X3.4

© 2001-2017 Comsenz Inc.

快速回复 返回顶部 返回列表