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阿穆尔、北匈奴和南戈壁三类古样本对现代东方人群的潜在血统影响

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发表于 2018-6-27 10:22 | 显示全部楼层 |阅读模式
我之前谈过,在unsupersived模式下,古dna这种半人工数据,样本之间很容易彼此干扰,分开和合并跑admixture的结果往往偏差很大,最近尝试用supervised模式,将古人基因组设为参照系,这样,得到的结果似乎就没有明显的干扰。

这次跑数据,我也把我的23andme数据merge进来,还是便于肉眼观察,R做图时,小样本量的样本复制一下便于观察。

北匈奴DA39与之前分析的类似,对东亚人群的影响有限,包括东北亚地区的阿尔泰人,之前的分析加入外蒙古和贝加尔湖一代样本,信号强烈。相对而言,反而,西南西北的土族、彝族、纳西族还有略强一些的信号。

蒙古南戈壁两个样本,也与之前的分析类似的,对东北亚阿尔泰各民族血统影响强烈。

阿穆尔古人,对日本有很强的信号(加入jomon肯定就不单纯了),之前在没有阿穆尔组时,日本也表现出很强的类南戈壁,两个样本都加入,日本表现出与邻近阿穆尔古人表现出更强的聚类特征。

我(内蒙古东南赤峰)的结果,与日本类似的,类阿穆尔因素占大头,类雅库特因素跟东北亚阿尔泰各族相当,甚至还略高一点。但没有看到类南戈壁因素。
Yungsiyebu_DA39_DA43_Amur_compare.png

Bing_Wang_Mos4_Mos5_DA39_DA43_DA45_East_North.5.txt

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Bing_Wang_Mos4_Mos5_DA39_DA43_DA45_East_North.5.running

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 楼主| 发表于 2019-9-28 14:55 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2019-9-28 14:57 编辑

看文献中的计算器结果,与我的计算器结果非常接近.高分辨度计算器的结果应当是相似的.

红山人 发表于 2019-9-26 08:54
恕我才疏学浅 你所谓受降城古人 看不到汉人信号指的是什么? 如果真这样 那他们反驳你的又是什么?你的算 ...


你来看这篇文献的计算器设计分别率非常高,与我的分析结果基本一致,作者merge了韩国样本,果真与预期类似,类日本(也就是类DA43成分)是主成分,除了东北亚蒙古通古斯有更多类雅库特成分外,韩国几乎与东北亚族群没有明显差异,可见,类DA43应当是东北亚地区的底层血统,在距今2300年前日本米生人迁出前,应当是东北亚的主血统之一,可能与古华北类型的貘族有关.2000年以后,东北亚地区陆续进入北方的类雅哭特人和南方的类苗/汉血统,韩国进度同步,只是类雅库特微弱,主要是类苗/汉.





百越的这段描述非常客观,日韩的D4不太可能来自山东,而是至少河北起的北方.

baiyueren 发表于 2019-9-28 11:06你显然对D5的分布不够了解,山东也是D5较高发的地区,而且比河南要高发,所以D*也有可能是D5。山东史前分为不同经济带,但也没有绝对的地理阻隔与生殖隔离。所以向日本移民的结果只有D4而没有D5是根本不可能的。
另外山东临淄2500年前的两烯乙醇遗址B、F较高发,只有少量D4和D5,显示的山东古人母系结构与与现代日本人相去甚远,而这个年代与弥生人东渡的年代更为吻合。
当今D4最高发的地区应该就是在半岛,而从长城沿线到外蒙古都是D4高发区(D5少见),连河北的D4都比山东显著高发,所以D4山东迁出说基本上站不住脚,更大可能性还是直接来自半岛移民。而半岛的D4只可能来自比山东更北的地区。

这是客观描述.

蒙古国南戈壁两个来源不清楚的样本DA43和DA39,应当都是D4,日本的血统主要来自类南戈壁,而不是东亚的汉/苗/羌,这个东亚区域古DNA的特征,目前看,中原山东D5高频标记,关中地区B/F高频标记,而D4高频标记的族群主要在北方地区.mtdna与常染色体的初步证据吻合.

D4标记的南戈壁样本成分在华北明显高于华南,而东北亚地区各民族明显高于东亚,基本上与D4高频标记的族群地理分布特征吻合.

当然,也存在一些问题,比如merge了我的样本进来,可能存在一些问题,稍侯验证一下.

 楼主| 发表于 2018-6-27 11:07 | 显示全部楼层
当删除北匈奴DA39和阿穆尔古人样本后,南戈壁DA43样本的因素在我的样本中有所体现,但仍然不强。
Yungsiyebu_DA43_compare.png

Bing_Wang_DA43_East_North.3.txt

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Bing_Wang_DA43_East_North.3.running

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 楼主| 发表于 2018-6-27 11:27 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2018-6-27 11:31 编辑

这样,我想,南戈壁两个样本的潜在血统影响就越来越清晰了,其血统影响相当与其地理位置很吻合,主要影响到内外蒙古交界这个区域相当纬度的区域,在呼伦贝尔、黑龙江这个区域潜在血统影响强烈。到了内蒙古东南可能就非常弱了。但汉地就更微弱。另一方面,南戈壁样本没有今天东北亚族群普遍高频的类雅库特人成分,造成其pca整体偏华北。

类似的,DA39北匈奴样本,也与其地理位置吻合,处于蒙古与西伯利亚交界区,主要影响到这个区域的现代人群。

在同时加入阿穆尔和南戈壁两个样本时,日本的确与预估的那样,与相对地理相邻的阿穆尔河古人有更强烈的共享血统因素。
发表于 2018-6-27 16:50 | 显示全部楼层
德国马克斯·普朗克人类历史学研究所的宁超团队调查了来自俄罗斯阿姆河流域以及中国东北后套木嘎墓地的27个古人类样本的全组基因数据,通过分析认为东北亚人基因在当代的蒙古语、通古斯语和一些突厥语使用者的世系中是占据主导的,这些世系的祖先在东北亚的时间至少可以向前追溯11000年。现今中国境内的通古斯语使用者与其汉代祖先具有13-50%的相似血统,说明汉代的扩张在东北亚留下了重要的基因印记。
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https://mp.weixin.qq.com/s/5e-RuDJPcjkvc2l66ZVjlQ
发表于 2018-6-27 17:19 | 显示全部楼层
德国马克斯·普朗克人类历史学研究所的宁超团队调查了来自俄罗斯阿姆河流域以及中国东北后套木嘎墓地的27个古人类样本的全组基因数据,通过分析认为东北亚人基因在当代的蒙古语、通古斯语和一些突厥语使用者的世系中 ...
远方的云 发表于 2018-6-27 16:50
这些人的起源地或者C2的起源地很有可能就在东北一带。
发表于 2018-6-27 17:21 | 显示全部楼层
5# wanhuatong

精神分裂了吗,一会儿说有南方北上一会儿又说东北起源?
发表于 2018-6-27 17:25 | 显示全部楼层
5# wanhuatong  

精神分裂了吗,一会儿说有南方北上一会儿又说东北起源?
MNOPS 发表于 2018-6-27 17:21
你病又犯了吗?人群迁徙你不知道有个时间段吗?更早的古东北人群有南方来的成分,和这些人起源于东北有矛盾吗?你应该买几本训练逻辑思维能力的书看看,免得到这里来丢人。

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发表于 2018-6-27 17:26 | 显示全部楼层
汉族确实有部分来自中亚 最典型就是前段时间发的那个Q,西伯利亚 亚欧大陆分部文章,不就说了Q M120
,是来自西北的游牧民族,在新石器时代进入中原最后扩散到全东亚东南亚
发表于 2018-6-27 17:27 | 显示全部楼层
7# wanhuatong

别跟我扯什么逻辑,拿出证据来证明更早的东北人群有大量南方成分,我只相信实证。
发表于 2018-6-28 10:54 | 显示全部楼层
7# wanhuatong  

别跟我扯什么逻辑,拿出证据来证明更早的东北人群有大量南方成分,我只相信实证。
MNOPS 发表于 2018-6-27 17:27
任何证据对于你这种顽固不化的人而言都可以怀疑,现在的东亚考古人类学所出土的研究滞后给了你上窜下跳的空间,等以后的考古结果打脸吧
发表于 2018-6-28 16:07 | 显示全部楼层
10# wanhuatong

你就这么肯定以后的结果能打我的脸?从目前来说我看不到这种趋势,因为鬼门和后套的结果已经打了你的脸了
发表于 2019-9-28 22:48 | 显示全部楼层
本帖最后由 imvivi001 于 2019-9-28 23:28 编辑
Yungsiyebu 发表于 2019-9-28 14:55

建议单独跑一下,就清楚了。我举个例子:

merge hgdp的东亚(+玛雅)样本,三个样本一起跑,和单独跑,DA43结果完全倒置。



类雅库特类傣族类玛雅
DA39Xiongnu
period
0.5271820.000010.472808
DA43Xiongnu
period
0.000010.999980.00001
DA45Xiongnu
period
0.6374440.3625460.00001












类雅库特类傣族类玛雅
DA43Xiongnu
period
0.4045360.5954540.00001



Yungsiyebu 发表于 2019-9-28 14:55



        真是笑趴啦,冰冰大师懂不懂ADM算法的原理吖?   三个一起跑与一个单独跑当然是不一样的啊啊啊!              
 楼主| 发表于 2019-9-28 23:15 | 显示全部楼层
imvivi001 发表于 2019-9-28 22:48
当然,也存在一些问题,比如merge了我的样本进来,可能存在一些问题,稍侯验证一下.
Yungsiyebu 发 ...

merge后是可能出现这种问题的,比如这个典型的案例.尤其古人基因组.经验是,跑完基因频度数据,用Iadmix跑成分.

我做过实验.

建议单独跑一下,就清楚了。我举个例子:

merge hgdp的东亚(+玛雅)样本,三个样本一起跑,和单独跑,DA43结果完全倒置。



类雅库特类傣族类玛雅
DA39Xiongnu
period
0.5271820.000010.472808
DA43Xiongnu
period
0.000010.999980.00001
DA45Xiongnu
period
0.6374440.3625460.00001












类雅库特类傣族类玛雅
DA43Xiongnu
period
0.4045360.5954540.00001
发表于 2019-9-28 23:54 | 显示全部楼层
Yungsiyebu 发表于 2019-9-28 23:15
merge后是可能出现这种问题的,比如这个典型的案例.尤其古人基因组.经验是,跑完基因频度数据,用Iadmi ...


     想知道为什么会出现这种情景么?
发表于 2019-9-29 10:53 | 显示全部楼层
skyyrie 发表于 2018-6-27 17:26
汉族确实有部分来自中亚 最典型就是前段时间发的那个Q,西伯利亚 亚欧大陆分部文章,不就说了Q M120
,是来 ...


     y-Q不一定来自西北,七八千年前的贝加尔湖就有不少的Q,更早的旧石器时期,他们可能就HG于长城沿线一带~
发表于 2019-11-5 19:30 | 显示全部楼层
你认为自己的基因相比北汉更接近日韩?哈
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