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楼主: 无诸王

古今人群的pca和mds

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 楼主| 发表于 2018-6-16 18:30 | 显示全部楼层
之前我也弄过supervised,我在我那个帖子也说过,在只有一个样本的情况下,恐怕是不适合当做ref的。因此那个帖子我也说了,是纯娱乐帖

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发表于 2018-6-16 18:36 | 显示全部楼层
41# 无诸王
关键是,戎狄高级人类学学院的云老师居然把雅库特和苗族这两个现代民族设定为“pure ancestry pop”(尤其是选择众所周知的混血民族雅库特),勇气实在可嘉啊,呵呵

建议云老师把中华56朵金花一个个地设定为pure ancestry pop运算一次,一定会有不错的喜感~
发表于 2018-6-16 19:08 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2018-6-16 19:17 编辑

全世界没有任何一个民族一个样本是pure的。

道理非常简单,即使admixture unsupervised状态下,跑出pure成分,比如100%的日本血统,也没有pure的可能,不论什么模式下,admixture看的是相对值。所以,supervised状态,锁定一些样本,做参照,并无大问题。作为一种方法,将DA43这个古代样本锁定为100%,探讨其相对流向,没有任何问题。
发表于 2018-6-16 19:42 | 显示全部楼层
43# Yungsiyebu
答非所问。还是建议你把56朵金花逐一设定,一定会有不错的喜感
发表于 2018-6-16 19:57 | 显示全部楼层
结果是非常清晰的,DA43所代表的始祖族群,对阿尔泰语系族群的影响要强于南北汉族的影响。这种人群如果来自中原,是完全解释不同的,作为长城沿线种系的可能性仍然最大。
发表于 2018-6-16 20:01 | 显示全部楼层
黄汗真是一个比一个小肚鸡肠
MNOPS 发表于 2018-6-16 13:35
别人哪是皇汉了?冤枉啊。。
发表于 2018-6-16 20:09 | 显示全部楼层
之前我也弄过supervised,我在我那个帖子也说过,在只有一个样本的情况下,恐怕是不适合当做ref的。因此那个帖子我也说了,是纯娱乐帖
无诸王 发表于 2018-6-16 18:30


建议你单独跑一下数据,混跑结果和单独跑肯定差异很大,欢迎试试。
发表于 2018-12-16 14:48 | 显示全部楼层
无诸王 发表于 2018-6-16 11:09
永谢布pca里,另外一组han的pc1平均值是0.0305,我都知道hgdp的那组han,是以南岭以南的南方人占多数的...... ...

能不能请教一下无诸王1楼里用汉字写的是哪个朝代的古人?
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