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古今人群的pca和mds

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发表于 2018-6-16 09:54 | 显示全部楼层 |阅读模式
2018-06-16 09-51-34屏幕截图.png
2018-06-16 09-37-15屏幕截图.png

情况类似,da45类北汉,da43偏东\偏南,da39介于游牧和汉之间

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发表于 2018-6-16 14:11 | 显示全部楼层
23# 无诸王  

小肚鸡肠的男人,怎么比女人还小心眼还记仇?我回复你又怎么了?回复你难道你就会掉块肉就会死?
MNOPS 发表于 2018-6-16 13:34

君子交绝不出恶声,人家不想和你交流,你自己也同意了,最后还是死皮赖脸凑上来,被人指出后破口大骂,真是无敌了

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发表于 2018-6-16 10:06 | 显示全部楼层
真是巧了,和相关样本的Y现今高发地常染水平相呼应。da43父系山东,江淮高发。da45父系豫北晋南高发。
 楼主| 发表于 2018-6-16 10:19 | 显示全部楼层
两条趋势线.png
mds发现有两条趋势线:
之前的paper里我们会发现,江苏以南的汉族,在逐渐偏北的同时,也逐渐偏东,这次mds,我们仍然能看到这种趋势。同时这个趋势线继续往东北方向,正是da45.
同时还有另一条趋势线,从da43到土族往西北方向是另一条趋势线,中间是da45到现代北汉,再到土族。
发表于 2018-6-16 10:41 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2018-6-16 10:51 编辑

GCTA跑出的结果,第一主成分,DA39最北呼伦贝尔蒙古水平;DA43&DA45相当,DA43略南一点。详见附件文本文档。

R作图,PCA,黑色双正反三角是DA39-DA43-DA45,上方北亚族群,下方东南亚族群。

PCA是将复杂数据降维处理到2-3维数据,无法细分。比如无法区分苗族土家族汉族,但在admixture,K值拉深,就可以很容易区分族群。所以,并不是说PCA接近,就一定同源。目前看到的,不管是我的还是无诸王跑的较深的K值,DA43和DA45都与hgdp汉族样本没有明显的相关性。




D43_PCA.jpg

DA39_DA45_DA43_eastAsian.eigenvec

9.69 KB, 下载次数: 130

 楼主| 发表于 2018-6-16 10:54 | 显示全部楼层
GCTA跑出的结果,第一主成分,DA39最北呼伦贝尔蒙古水平;DA43&DA45相当,DA43略南一点。详见附件文本文档。

R作图,PCA,黑色双正反三角是DA39-DA43-DA45,上方北亚族群,下方东南亚族群。

PCA是将复杂数据降 ...
Yungsiyebu 发表于 2018-6-16 10:41
从你的pca来看,da43、da45和da39也是明显差别,落入东亚区间了,不过为什么不把hgdp的北汉也加到一块,进行pca呢?
发表于 2018-6-16 10:58 | 显示全部楼层
从你的pca来看,da43、da45和da39也是明显差别,落入东亚区间了,不过为什么不把hgdp的北汉也加到一块,进行pca呢?
无诸王 发表于 2018-6-16 10:54


都在里头,没有单独标记南北。看附件的表格,DA43和DA45的PC1非常接近,差异很微弱,但DA43略略偏南。

Dai    HGDP01307    0.0313387
Mongoliaancient    DA43    0.028823
Mongoliaancient    DA45    0.0281393
Mongoliaancient    DA39    0.0165601
Mongola    HGDP01223    0.0148049
Yakut    HGDP00945    -0.0107576
 楼主| 发表于 2018-6-16 11:06 | 显示全部楼层
都在里头,没有单独标记南北。看附件的表格,DA43和DA45的PC1非常接近,差异很微弱,但DA43略略偏南。

Dai    HGDP01307    0.0313387
Mongoliaancient    DA43    0.028823
Mongoliaancient    DA45    ...
Yungsiyebu 发表于 2018-6-16 10:58
算了下你pca的pc1的平均值,几个北汉的平均值是0.0248,也就是说在你的pca里,两个汉军比现代北汉都要南不少,又怎么会是匈奴呢....

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 楼主| 发表于 2018-6-16 11:09 | 显示全部楼层
永谢布pca里,另外一组han的pc1平均值是0.0305,我都知道hgdp的那组han,是以南岭以南的南方人占多数的......而两个汉军则是0.0288和0.0281

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发表于 2018-6-16 11:11 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2018-6-16 11:24 编辑
算了下你pca的pc1的平均值,几个北汉的平均值是0.0248,也就是说在你的pca里,两个汉军比现代北汉都要南不少,又怎么会是匈奴呢....
无诸王 发表于 2018-6-16 11:06


第一,早期匈奴是北亚类型没有任何考古证据支持的,最早出现在鄂尔多斯的匈奴遗存,目前全部表现为东亚北部人群的体质特征,而同时代的中原人骨,几乎全部变现为类华南体质特征。其后,匈奴北上进入漠北,北匈奴体质特征基本继承与本地石板墓文化,北亚类型。所以,鄂尔多斯的早期匈奴与鼎盛时代的漠北匈奴并不同种,分别继承于本地青铜文化种系。换句话说,与今天北方汉族最接近的,不是2000年前的本地汉族人,而其北方鄂尔多斯高原上的早期匈奴人。

第二,PCA是2-3维数据,无法细分人群,PCA上,无法区分纳西汉,但在admixture跑深时则相当明显,比如,你的da43和da39出现一种单一成分,且在现代族群都很微弱的信号(我建议你单独跑,古dna彼此干扰,fake结果),DA45扣除与前二者共享的成分后,是单纯的类纳西族成分,与汉族并不相关。



目前所见的中原古DNA证据,基本吻合人骨特征,秦汉或者更早的中原人,其母系线粒体遗传特征与现代北方汉族相差甚远,还不及额金河匈奴近。

发表于 2018-6-16 11:26 | 显示全部楼层
另外,这两个南戈壁样本mtdna都是D4,而这个母系群,在目前测到的中原古DNA种比例是非常低的,但在鄂尔多斯一线却非常普遍。而南戈壁正是早期匈奴活动的中心区域或者在中心区域边缘。
 楼主| 发表于 2018-6-16 11:30 | 显示全部楼层
另外,这两个南戈壁样本mtdna都是D4,而这个母系群,在目前测到的中原古DNA种比例是非常低的,但在鄂尔多斯一线却非常普遍。而南戈壁正是早期匈奴活动的中心区域或者在中心区域边缘。
Yungsiyebu 发表于 2018-6-16 11:26
两个人的父系,一个是n6、一个是伽玛5,都是现代北部、东部汉族常见的父系类型。如你的pca所见,两个个体的pc1值都接近现代北汉的南极值,比现代北汉平均值还要显著偏南。匈奴比现代北汉还要偏南?

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发表于 2018-6-16 11:35 | 显示全部楼层
两个人的父系,一个是n6、一个是伽玛5,都是现代北部、东部汉族常见的父系类型。如你的pca所见,两个个体的pc1值都接近现代北汉的南极值,比现代北汉平均值还要显著偏南。匈奴比现代北汉还要偏南?
无诸王 发表于 2018-6-16 11:30
匈奴人主流父系是n6,伽玛5等靠中原,东部的单倍群的概率应该不大。虽然赵国的确向那个方向扩张过。
发表于 2018-6-16 11:36 | 显示全部楼层
两个人的父系,一个是n6、一个是伽玛5,都是现代北部、东部汉族常见的父系类型。如你的pca所见,两个个体的pc1值都接近现代北汉的南极值,比现代北汉平均值还要显著偏南。匈奴比现代北汉还要偏南?
无诸王 发表于 2018-6-16 11:30


鄂尔多斯的北狄始祖新石器时代的庙子沟组,就是更接近华南汉族的。你看一下人骨特征就很清楚了,生活在新石器时代的鄂尔多斯、甘宁青地区的人群,多数更像今年的南方汉族,青铜时代才开始接近北方汉族,同时,中原新石器时代人群跟现代任何一个族群都不像,青铜时代开始接近华南汉族。
发表于 2018-6-16 11:48 | 显示全部楼层
换句话说,这两个汉军就算是本地人参军,本质上他们还是中原文化圈的人。就好比近几百年向内蒙,东北迁移的汉族人。
发表于 2018-6-16 11:54 | 显示全部楼层
换句话说,这两个汉军就算是本地人参军,本质上他们还是中原文化圈的人。就好比近几百年向内蒙,东北迁移的汉族人。
zzzz 发表于 2018-6-16 11:48


我的看法是,南戈壁基本上在鄂尔多斯北狄文化圈周边,这两例样本应当代表2000年前鄂尔多斯本地人群种系特征,即北狄,至于这些人群是匈奴化的北狄(鄂尔多斯的匈奴人)还是华夏化的北狄,有赖于更多证据,三两件零星器物解决不了问题。
 楼主| 发表于 2018-6-16 11:59 | 显示全部楼层
从考古证据来看,两人应当是汉朝士兵无疑。至于是就近征召的士兵,还是跨区域征召的士兵,则存疑。但是从两者常染水平比现代北汉还要偏南的情况来看,应该不大可能是就近征召的士兵

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发表于 2018-6-16 12:05 | 显示全部楼层
从考古证据来看,两人应当是汉朝士兵无疑。至于是就近征召的士兵,还是跨区域征召的士兵,则存疑。但是从两者常染水平比现代北汉还要偏南的情况来看,应该不大可能是就近征召的士兵
无诸王 发表于 2018-6-16 11:59
你别的帖子有说过,和现代人比较,这两个样本北方民族成分与南方民族成分都比现代人少。看来来自东部山东周边的概率为大。
发表于 2018-6-16 12:11 | 显示全部楼层
至于这些人群是匈奴化的北狄(鄂尔多斯的匈奴人)还是华夏化的北狄,有赖于更多证据,三两件零星器物解决不了问题。
Yungsiyebu 发表于 2018-6-16 11:54

乱葬坑有器物证明是汉朝人,没有一个器物证明是匈奴。
发表于 2018-6-16 12:20 | 显示全部楼层
乱葬坑有器物证明是汉朝人,没有一个器物证明是匈奴。
geoanth 发表于 2018-6-16 12:11


问题在于,一群被缴械屠杀的士兵,如果是匈奴人,他们身上到底有没有什么可以不腐化的配饰,比如青铜挂件?
发表于 2018-6-16 12:58 | 显示全部楼层
PCA图作为二维图,虽然不能根据平面距离远近做定量分析,但根据相对位置关系做定性分析是没有问题的,结果和K12b显示的一样。也说明之前分析出的西南藏缅高频成分其实是一种南方成分,在某些分析中出现一个方向的成分就会相对出现另一个方向成分作为补偿。在若干次分析中,零可能会被拆成-20+20,-30+30,或者其他什么,但本质上还是一回事,如果不是这样,而是真的像显示一样,某些天南海北的雅库特和拉祜族加上杂七杂八其他各种成分,最后凑出一个K12b和鲁南差不多的样本,Y还是当地高频的,可能性微乎其微
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