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胡汉交融?k=12时,出现da43-da39共享pop?

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发表于 2018-6-15 19:53 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 无诸王 于 2018-6-15 20:10 编辑

今天,又有空用电脑,于是又跑了次admixture,发现k=12时,出现了da43-da39的共享pop,让人浮想联翩啊.
 楼主| 发表于 2018-6-15 19:58 | 显示全部楼层
本帖最后由 无诸王 于 2018-6-15 19:59 编辑

2018-06-15 19-27-46屏幕截图.png
k=12时分离出da43-da39成分,出现这种成分的,有da45,以及赫哲族
da43-da39成分降序:
2018-06-15 19-27-23屏幕截图.png
 楼主| 发表于 2018-6-15 20:00 | 显示全部楼层
这说明,da43\da39所代表的人群可能存在基因交流?
 楼主| 发表于 2018-6-15 20:03 | 显示全部楼层
个人认为有两种可能:
1、da39作为匈奴贵族,da39可能有da43所代表地域的汉人血统
2、da43是边地汉人,带有和匈奴人共享的成分?
 楼主| 发表于 2018-6-15 20:04 | 显示全部楼层
本帖最后由 无诸王 于 2018-6-15 20:06 编辑

ref_ancient.xls (58.5 KB, 下载次数: 134)
发表于 2018-6-15 20:09 | 显示全部楼层
我认为吻合史料的解释是,DA43代表鄂尔多斯地区的北狄血统,北狄一部分成为早期匈奴主体,其后北上建立漠北匈奴帝国。一部分汇入华夏。
发表于 2018-6-15 20:17 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2018-6-15 20:21 编辑

另外,古dna样本最好一个一个的跑,不清楚是不是因为多数位点的纯合子都是Artificial造成的问题,我的经验是,混一起跑,结果汪汪比较诡异,分别merge单独跑,和merge在一起混合跑,结果经常差很多。

疑点:

1、pca上,da43和da45聚类,da39略远,这个结果da43和da39近于100%相关,而Da45相差甚远。

2、类da43-da39成分除了在da45身上有~1/3外,其他样本几乎缺失。

都很反常,建议单独跑样本。
发表于 2018-6-15 20:33 | 显示全部楼层
本帖最后由 zzzz 于 2018-6-15 21:08 编辑
个人认为有两种可能:
1、da39作为匈奴贵族,da39可能有da43所代表地域的汉人血统
2、da43是边地汉人,带有和匈奴人共享的成分?
无诸王 发表于 2018-6-15 20:03
这位单于墓地有许多汉廷的器物,可见这位单于与汉室关系不错。考虑到当时经常和亲,1的可能性也可以解释。
发表于 2018-6-15 20:37 | 显示全部楼层
这位单于摹地有许多汉廷的器物,考虑到当时经常和亲,1的可能性也可以解释。
zzzz 发表于 2018-6-15 20:33

问题在于这个结果,根本与汉族没有任何明显的血统关联。
发表于 2018-6-15 20:44 | 显示全部楼层
问题在于这个结果,根本与汉族没有任何明显的血统关联。
Yungsiyebu 发表于 2018-6-15 20:37
古DNA的东西,许多杂质,不是随便电脑上跑跑就能说清楚的。实际上,古DNA相关人员的水平就在这方面体现。这个付巧妹有解释过。单纯的测试,无非是拿到样本,二个有精密仪器。后续的数据处理才是难点,水平高低就看这里了。
发表于 2018-6-15 20:49 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2018-6-15 20:51 编辑
古DNA的东西,许多杂质,不是随便电脑上跑跑就能说清楚的。实际上,古DNA相关人员的水平就在这方面体现。这个付巧妹有解释过。单纯的测试,无非是拿到样本,二个有精密仪器。后续的数据处理才是难点,水平高低就看这 ...
zzzz 发表于 2018-6-15 20:44

基本都是用通用工具admixture,付也是用的这个工具,还有一个最新发布的专门处理古dna的工具dystrut,以及较老的structure,没有那么神秘,不难学,试试便知。
发表于 2018-6-15 20:59 | 显示全部楼层
基本都是用通用工具admixture,付也是用的这个工具,还有一个最新发布的专门处理古dna的工具dystrut,以及较老的structure,没有那么神秘,不难学,试试便知。
Yungsiyebu 发表于 2018-6-15 20:49
哪有这么简单?会用电脑就行了?付有个访谈有过介绍,为了从两个候选者选出一个更优秀的学生,折磨的她一晚没睡觉。到专业层面,对人的素养自然是有很高的要求的,任何一个行业都不例外。
 楼主| 发表于 2018-6-15 21:02 | 显示全部楼层
本帖最后由 无诸王 于 2018-6-15 21:04 编辑
另外,古dna样本最好一个一个的跑,不清楚是不是因为多数位点的纯合子都是Artificial造成的问题,我的经验是,混一起跑,结果汪汪比较诡异,分别merge单独跑,和merge在一起混合跑,结果经常差很多。

疑点:

1 ...
Yungsiyebu 发表于 2018-6-15 20:17
根据admixture的经验,如果出现跨地区混血的家族样本时,是容易出现这种情况的.当然da43和da39肯定不是家族样本,但是因为是古人,可能da43所在地区的人和da39所在地区的人跨地区混血产生da39,也是可能出现这种情况的.
admixture产生pop的模式应当是,遗传距离相近,而与其他人都有一定遗传距离的人,就会产生pop,如果有些个体存在晚近的基因交流,遗传距离就会大大拉近.跨地区混血的人,容易出现pca相远,但是admixture却出现在同一pop的情况
发表于 2018-6-15 21:05 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2018-6-15 21:21 编辑
根据admixture的经验,如果出现跨地区混血的家族样本时,是容易出现这种情况的.当然da43和da39肯定不是家族样本,但是因为是古人,可能da43所在地区的人和da39所在地区的人跨地区混血产生da39,也是可能出现这种情况的.
无诸王 发表于 2018-6-15 21:02


建议单独跑一下,就清楚了。我举个例子:

merge hgdp的东亚(+玛雅)样本,三个样本一起跑,和单独跑,DA43结果完全倒置。



类雅库特类傣族类玛雅
DA39Xiongnu
period
0.5271820.000010.472808
DA43Xiongnu
period
0.000010.999980.00001
DA45Xiongnu
period
0.6374440.3625460.00001












类雅库特类傣族类玛雅
DA43Xiongnu
period
0.4045360.5954540.00001
发表于 2018-6-15 21:23 | 显示全部楼层
哪有这么简单?会用电脑就行了?付有个访谈有过介绍,为了从两个候选者选出一个更优秀的学生,折磨的她一晚没睡觉。到专业层面,对人的素养自然是有很高的要求的,任何一个行业都不例外。
zzzz 发表于 2018-6-15 20:59


不要迷信,admixture的基本操作,就一行命令,很好学,让你自己编一个admixture,难,运行一下,不是天书。
 楼主| 发表于 2018-6-16 07:38 | 显示全部楼层
加入一些目前手头上的网友的数据,看来争议可以休矣.极有可能是第一种情况,da39作为匈奴高级贵族,可能有和汉人和亲的情况
2018-06-16 07-33-08屏幕截图.png
发表于 2018-6-16 07:38 | 显示全部楼层
在纳西和蒙古里面都高频的,那应该类似于yayul图中的peak in tu。
发表于 2018-6-16 09:03 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2018-6-16 09:38 编辑
加入一些目前手头上的网友的数据,看来争议可以休矣.极有可能是第一种情况,da39作为匈奴高级贵族,可能有和汉人和亲的情况
无诸王 发表于 2018-6-16 07:38

建议你把三个样本拆分,重新跑。或者上传一下bed,大家跑。数据结果非常诡异,DA39-DA43的peak成分,在hgdp的汉族样本中全部信号微弱,而你加上的网友数据,却成了近于单纯的主成分。更不要说,明明pca的结果是DA39和DA43差距甚远,这里却表现为一致的单一成分。
另外,即使这个结果在分开跑时,与结果一致,也暗示这是一个与现有族群都不相关的人群,hgdp的汉族样本基本都没有明显的信号存在,可以肯定与汉族无关。
发表于 2018-6-16 12:22 | 显示全部楼层
加入一些目前手头上的网友的数据,看来争议可以休矣.极有可能是第一种情况,da39作为匈奴高级贵族,可能有和汉人和亲的情况
无诸王 发表于 2018-6-16 07:38

1 山东历史时期以后保留古成分较多
2 DA43和他的Y显示一样,可能是山东人
2 这个和亲的人选可能也是山东人,估计是山东某位藩王的公主
发表于 2018-6-16 19:39 | 显示全部楼层
19# Lep1dus
有可能是和亲的结果,因为一个疑似汉人DA45与一个steppe组最左边的北亚古人混合,正好可以得出这个DA39的常染结构~
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