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楼主: Tocharian_2

Characterizing the genetic history of admixture across inner Eurasia

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发表于 2019-1-8 22:00 | 显示全部楼层
Yungsiyebu 发表于 2019-1-8 21:32
我没有仔细看treemix的遗传距离算法是什么,但我们拿更通用的Fst值做比对,会发现,巴布新几内亚所代表 ...

你的这些重量级发现的价值完全可以发到国际期刊,在本论坛发言真是屈才了
发表于 2019-1-8 22:29 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2019-1-8 22:36 编辑
豢龙氏 发表于 2019-1-8 22:00
你的这些重量级发现的价值完全可以发到国际期刊,在本论坛发言真是屈才了


Fst十多年前就有了,最通用的算法,我从来没有听说,有哪个文献说,澳大利亚人种和蒙古人种的亲缘关系更近。这点Fst未必比族群内部的差异更大。我们只能说,澳大利亚人种,除了与尼格罗人种明显更远一些,与欧亚大陆其他两大人种根本没有明显的谁更近谁更远的关系。分离年代折算下来,差不了三两千年,根本形成不了种系差异,更无法支撑蒙古人种从南线跟澳大利亚人种的祖先一起东进。相反,南印度人种和美拉尼西亚人种,按Fst折算,大约3.5万年分离,与几何形细石器文化由印度经印尼进入澳洲的年代有吻合度,后者上限3万年,略晚一点。
发表于 2019-1-8 23:16 | 显示全部楼层
@豢龙氏
我看明白了,这种qpGraph源流图有误导性,主要是因为参考样本体系不健全,造成有些混合成分无法被成功组合,比如像Kostenki14这种混合成分,居然被当做孤立的节点挂在树上。如果参考样本体系健全的话,Kostenki14被成功组合,那么树的形状会发生巨变。等有时间再详细写写。

我对你说的“鬼门洞人比Mal'ta更接近Onge”无异议。
发表于 2019-1-9 00:38 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2019-1-9 00:41 编辑

根据Harappa计算器K=10时的Fst值,以设东非人为outgroup,N-J算法,得到的树如下图,澳大利亚人种、蒙古人种、高加索人种根本无法明确区分具体的演化关系。都似在大致相同的年代彼此分离,如果假设东非人群与美拉尼西亚人的分离年代是五万年,那么根据Fst值折算,三大人种彼此分离的年代也大约都在4.5万年前后,大体吻合M&S与P和NO的分离年代,即4.3-4.7万年前。
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发表于 2019-1-9 02:20 | 显示全部楼层
本帖最后由 lll 于 2019-1-9 05:40 编辑
Yungsiyebu 发表于 2019-1-8 13:23
请慎用西欧亚东欧亚,用流行标尺K7b分析,Mal'ta有超过22%的类南印度人种和近~14%的类西伯利亚因素,这 ...


Mal‘ta boy的南印度加西伯利亚成分也只占36%左右,还有64%的西欧亚成分,如果再加上南印度的西欧亚成分那Mal‘ta boy就有74%的西欧亚成分。这74%的西欧亚成分算很高了,现代外蒙古人的东欧亚成分也就80%左右,还混入了20%的西欧亚成分,外蒙古人因为这20%的西欧亚成分就不能算东欧亚人了?如果再加上外蒙古人8%的ANE的65%的西欧亚成分那么外蒙古人就有25%的西欧亚成分,外蒙古人也只剩下75%的东欧亚成分
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发表于 2019-1-9 08:27 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2019-1-9 08:45 编辑
lll 发表于 2019-1-9 02:20
Mal‘ta boy的南印度加西伯利亚成分也只占36%左右,还有64%的西欧亚成分,如果再加上南印度的西欧亚成 ...


如果套用上边的逻辑(西伯利亚旧石器晚期都有类高加索成分,不可能与现代蒙古人种相关),不管是是Mal,ta还是K14都有高比例的类南印度澳大利亚人种成分,而现代欧亚大陆北方,不管是高加索还是蒙古人种,都没有这种类南印度成分,因此不可能是现代欧亚北方人群的祖先。

你没有考虑一个核心问题是,不管是蒙古人种还是高加索人种还是澳大利亚人种,他们的分离年代在4-5万年前,而不管是K14还是Mal'ta都距离这个分离年代很近,进化时间进度表才走了一半或者一小半,二者都表现为同时有三大人种的共享成分太正常不过,没有才不正常。4.5万年前的Ust'Ishim放在现代人标尺上就更五花八门,与任何一个现代人种都有一定基因频度的相似成分。Ust'代表的4.5万年前石叶工业人群,就是一点没有任何外来混血情况下演化为不管是现代欧洲人和东亚人,都足够产生如此巨大的基因频度差异了。

要知道,4.5万年前,三大人种还没有分离,刚刚从西亚的石叶工业母体扩展到印度西伯利亚和欧洲,甚至还走在半路上,Ust'如果不是跟三大人种都有共享成分才不正常。Ust或者同时代的其他地区种系,具备在其后4-5万年的漫长演化历史中,变成任何一个现代人种的可能性。

另外,南印度这种始祖pop的peak出现在ongo,一个典型的澳大利亚人种。如果你用非洲计算标尺,你也被分为五花八门的非洲人,ongo用欧亚人做reference的标尺变得看起来像是欧亚混合,这只是表象,澳大利亚人种,高加索人种,蒙古人种的Fst彼此非常接近,这暗示三大人种都是在距今4-5万年前彼此分离的。

附图是我和和平文化样本La368样本的非洲计算器的计算结果,看起来了很接近吧?都是类北非和类东非2为主的混合吧?这没有任何意义。
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发表于 2019-1-10 15:34 | 显示全部楼层
Northeastern Siberia (the modern Russian Far East) is one of the most remote and extreme environments colonized by humans. Extending from the Taimyr Peninsula in the west to the Pacific Ocean in the east, and from the China/Russia border north to the Arctic Ocean, the region is home to dozens of diverse ethnolinguistic groups. Recent genetic studies of the indigenous peoples of this land have revealed complex patterns of admixture, which are argued to have occurred largely within the last 10 ky1–3. However, human populations have been in the region far longer4,5, raising the possibility of a deeper, yet unknown population history。
   ---------- It is made available under a CC-BY-NC-ND 4.0 International license. (which was not peer-reviewed)  is the author/funder, who has granted bioRxiv a license to display the preprint in perpetuity.
bioRxiv preprint first posted online Oct. 22, 2018; doi: http://dx.doi.org/10.1101/448829. The copyright holder for this preprint
Page 5
发表于 2019-1-11 00:02 | 显示全部楼层
某些人强词夺理的诡辩,可归纳为一个字---变!其自创理论无法自圆其说了,就干脆让A人群变成B人群。这种说法很容易迷惑一些人,因为它听起来有道理,符合进化论呀!

人与猩猩分离800万年了,基因相似度仍然有98%,应该相信我们的基因是非常稳定的。区分不同人群,依靠是极少量的基因突变,基因突变是小概率事件,如果某个位点发生了突变,再变回去的概率就更低。

比如古人C由A和B两种现代人的祖先混合而成。那么C就不可能再分化成A或B,因为那样就是让一批已经变异的位点再变回去,类似说法全是狡辩!

进化是随机的,向各个方向都有可能,如果进化是形成新人群的主因,那么我们现在看到的人群个数就太多了。实际上人类确实在进化,比如在东亚人群内部有很多小支系,但算法选择合理的参照物,就可以忽略掉这些细小差异。打个比方,我们站在北京内部可以看到很多大楼大路,但如果我们站在月亮上看北京,就只是一个小黑点,细节被忽略了。

最近五万年内,是混合,而不是进化,才是形成不同人群的主因!
发表于 2019-1-11 00:26 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2019-1-11 01:22 编辑
w_howard 发表于 2019-1-11 00:02
某些人强词夺理的诡辩,可归纳为一个字---变!其自创理论无法自圆其说了,就干脆让A人群变成B人群。这种说 ...


问题是,这种最大似然树算法精度有限。就像ystr多态性估算的问题一样。我们用更通用的遗传距离算法Fst值,得到数值可见澳大利亚人种和蒙古人种和高加索人种的距离相当,用通用算法N-J画树,如下。



The fixation index (FST) is a measure of population differentiation due to genetic structure. It is frequently estimated from genetic polymorphism data, such as single-nucleotide polymorphisms (SNP) or microsatellites. Developed as a special case of Wright's F-statistics, it is one of the most commonly used statistics in population genetics.


如果,大家觉得我画的树不靠谱,再请看下NATURE上的大咖论文结论。A genomic history of Aboriginal Australia



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发表于 2019-8-24 04:54 | 显示全部楼层
Yungsiyebu 发表于 2018-12-23 13:03
证据越来越清楚,不光光阿穆尔河新石器时代的细石器猎人Devil' gate与台湾原住民有高比例的共享成 ...
............
如今,东南亚那些被复旦等主流研究者认为是东亚人甚至北亚人始祖的类尼格利陀旧石器土著,已经被古DNA证明基本与蒙古人种无关,我相信古华南类型的新石器土著到底与马来人种有无关系,也不会太远了

         哎呀亲爱的戎狄学院高级讲师小云老师,复旦的新作已经在本坛上线了,您这次可是真真切切的被打脸了,呵呵
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