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Y7080估年

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发表于 2018-4-3 10:46 | 显示全部楼层 |阅读模式
Y7080算是CTS1642乃至整个F5下的大支。但是直到近期,Yfull和Yquanxu都没有该支系的估年信息。
前段时间,Yfull Y7080下增添样本YF10571,来自Yquanxu。基于此样本,Yfull对Y7080共祖估计为5600年。由于总所周知的Yfull-Yquanxu之间的技术问题,这个估年显然属于高估。

Yfull刚升级到6.02,关于Yquanxu样本的技术问题似已解决。

Y7080共祖年代修正为3100年。但只是基于YF10571一个样本。几个月前就加入的另一个样本YF11377,不知为何没有加入计算。

随着Yfull对技术问题的修复,整个F5的年代又改回到7100年。
88.JPG
 楼主| 发表于 2018-4-3 11:03 | 显示全部楼层
感觉这次更新后还是有很多问题。而且近几个月添加的样本都没有参与计算。

后面应该还要大幅更新一次。
发表于 2018-4-3 11:20 | 显示全部楼层
很多新样本都没有参与年龄计算,尤其是全基因组的要不就是算错年龄,要不就是直接无视,看样子yfull是在敷衍了事。
发表于 2018-4-3 12:05 | 显示全部楼层
3# cwqjack

全基因组的,有bam文件吗?自己做的bam?
发表于 2018-4-3 12:34 | 显示全部楼层
4# 大凌河 有的,微基因测的有专门把Y分开的bam文件,其他机构应该也类似吧。全基因肯定是包含y在内的高通。
发表于 2018-4-3 12:44 | 显示全部楼层
4# 大凌河 有的,微基因测的有专门把Y分开的bam文件,其他机构应该也类似吧。全基因肯定是包含y在内的高通。
cwqjack 发表于 2018-4-3 12:34


明白了,谢谢兄弟
 楼主| 发表于 2018-4-16 13:04 | 显示全部楼层
本帖最后由 Tocharian_2 于 2018-4-16 13:08 编辑

似乎Yfull最近改变了估年算法。F5下面部分支系在没有新样本加入的情况下,共祖年龄变小。

F2188,之前好像是2000,现在是1800。

F155以及下游也略有下调。F155 2700;F813 2200; Y29861 1850年。

F402年龄从先前的5300年变成5000年以下。

整个F5的年代下调到了不到6800年。

同时,CTS4690下增加了两个样本算出CTS4960的年代比F5略小,为5800年。解析出一个较为年轻的下游CTS374,共祖2500年。

F5与CTS4690的共祖目前估计在11200年。
发表于 2018-6-5 16:12 | 显示全部楼层
期待早日把Yfull年代出错的问题搞清楚。
发表于 2019-1-1 12:26 | 显示全部楼层
本帖最后由 竹海聽聲 于 2019-1-1 12:35 编辑

YF11377、YF10571事實上為同一人在不同機構的測序結果。經過同一算法,算出來仍有260年的差別,這是否說明,要麼測序質量、要麼算法本身,對結果產生的影響,還是不小的。

後來加入了三個樣本之後,計算出來的年齡就拉低至2700年,YF11377、YF10571兩個樣本的snp數量都比其他三個新樣本要多得多,如果這兩個去掉一個snp少的,算出來的分化時間是2577年前。我覺得這個時間可能更貼近真實的分化時間。

目前yfull把HGDP00778也加入年齡的計算,其私有SNP數量為1,我就有點搞不懂狀況了。
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