Google

蓝海人类学在线 Ryan WEI's Forum of Anthropology

 找回密码
 注册
楼主: skyyrie

出乎意料,最早的进入欧洲的智人可能是类东欧亚体质的人

[复制链接]
发表于 2018-2-11 21:05 | 显示全部楼层
再补一个古代人群和现代亚洲,欧洲人群的关系。
豢龙氏 发表于 2018-2-11 09:58

仅从此图看,如果都以现代人为标杆,Ust-Ishim和Oase1与现代东亚人更近,如果都用古代人为标杆,还是田园洞与他们更近些
发表于 2018-2-11 21:24 | 显示全部楼层
本帖最后由 imvivi001 于 2018-2-11 21:27 编辑

39# skyyrie


不知道是原文作者英文表述有误,还是作者粗心大意,总之,他们的原文英语表述似乎出错了。
原文是:
We applied outgroup f3 statistics21 and f4 statistics17,34 to
assess ancient ancestral contributions to TIB by analyzing
available ancient genomes, including those of an Altai
Neanderthal,14 a Denisovan,15 and Ust’-Ishim, a 45,000-
year-old anatomically modern human from Siberia16 (see
Material and Methods). TIB(西藏藏族) was found to share slightly
more alleles with ancient genomes than many worldwide
populations, except for Oceanian populations, which
showed significantly higher shared archaic (both Denisovan-
and Neanderthal-like) ancestry than TIB, and East
Asian populations (especially those surrounding TIB: Yizu,
Tu, and Naxi), which had similar or even higher levels of
shared archaic ancestry than TIB (Tables S9, S10, S11, S12,
S13, S14, and S15 and Figures S12 – S26).

    In particular, no modern human populations shared more alleles with
Ust’-Ishim than TIB(西藏藏族) (Table S13 and Figure S14). Although the exact estimates varied and the absolute values are not
comparable, these genome-wide analyses indicate that
TIB shares consistently higher ancestry with ancient nonAMH
genomes than with HAN,

    从上面表述来看,似乎藏族与Ust’-Ishim乌斯季西姆关联性最大,但是不妨打开作者说的Table S13原来的计算结果看一下,居然是这样的:

Table S13. Estimating Ancient Gene Flow in Non-African Modern Human Populations on the Basis of Equation 2
alphastd.err.Z
Surui94.33%0.03764 25.061 America
Chane94.32%0.03783 24.933 America
She94.05%0.03587 26.223 EastAsia
Ami93.82%0.03610 25.985 EastAsia
Onge93.57%0.03589 26.071 SouthAsia
Japanese93.54%0.03600 25.985 EastAsia
Dai93.52%0.03579 26.134 EastAsia
Miaozu93.39%0.03635 25.694 EastAsia
Mongolas93.37%0.03582 26.070 CentralAsiaSiberia
Han93.37%0.03592 25.995 EastAsia
Itelmen93.35%0.03685 25.335 CentralAsiaSiberia
TIB藏族93.27%0.03584 26.025 EastAsia
Karitiana93.26%0.03716 25.094 America
Korean93.26%0.03596 25.932 EastAsia
Xibo93.20%0.03609 25.825 EastAsia
Ticuna93.19%0.03795 24.556 America
Cambodian93.17%0.03561 26.163 EastAsia
HAN93.15%0.03606 25.832 EastAsia
Naxi93.10%0.03600 25.864 EastAsia
Yizu93.10%0.03583 25.985 EastAsia


  很明显,作者的表述并不符合他们自己的运算结果。根本称不上‘最接近Ust’-Ishim’,甚至比排名后面的几个族群也高不了多少。

     因此,根据这个运算结果,正确的表述应该是:TIB remains among the modern human populations that shared more alleles with Ust’-Ishim (Table S13 and Figure S14).  Although the exact estimates varied and the absolute values are not comparable, these genome-wide analyses indicate that overall TIB shares consistently higher ancestry with ancient nonAMH genomes than with HAN.
 楼主| 发表于 2018-2-11 21:32 | 显示全部楼层
39# skyyrie


不知道是原文作者英文表述有误,还是作者粗心大意,总之,他们的原文英语表述似乎出错了。
原文是:
We applied outgroup f3 statistics21 and f4 statistics17,34 to
assess ancient ancestra ...
imvivi001 发表于 2018-2-11 21:24


不管怎么说也是和其他东亚现代人关系最亲密
发表于 2018-2-11 21:44 | 显示全部楼层
wikipedia编辑者估计也是一个不太懂pop genetics与auDNA的爱好者,结果以讹传讹,致使其他的业余爱好者也就稀里糊涂跟着错,看来都是那个什么什么的惹的祸,呵呵
发表于 2018-2-11 21:47 | 显示全部楼层
不管怎么说也是和其他东亚现代人关系最亲密
skyyrie 发表于 2018-2-11 21:32

你是说Ust’-Ishim古人与东亚人群最接近吗? 上面结果不是很清楚地显示与中南美人群最接近嘛,不知你为何一定要坚持是‘东亚人群’最接近呢?
发表于 2018-2-11 22:40 | 显示全部楼层
仅从此图看,如果都以现代人为标杆,Ust-Ishim和Oase1与现代东亚人更近,如果都用古代人为标杆,还是田园洞与他们更近些
Lep1dus 发表于 2018-2-11 21:05
这里有一个问题,以Kostenki和Goyet为代表的人群是不是西欧亚类型呢?无疑,他们是典型的西欧亚类型,不能因为他们与现代西欧亚有偏差就否定他们的西欧亚身份。所以Oase1和Ust-Ishem的位置无疑是在以田园洞为代表的东欧亚和以Kostenki、Goyet为代表的西欧亚之间的。
现代欧洲人群与Oase1和Ust-Ishenm的距离被拉远是因为融入了1.4万年后进入欧洲,来自中东的Basel Eurasia成分。Basel Eurasia可以看做是最早从Eurasia中分出的一种成分。
客观的说,我认为可以这命名,存在Eurasia A成分和Eurasia B成分。Eurasia A既是付文章中提到的Basel Eurasia,而Eurasia B则分化出了原始WHG、原始EA、原始ANE、及Oase1等成分。
 楼主| 发表于 2018-2-11 22:46 | 显示全部楼层
本帖最后由 skyyrie 于 2018-2-11 22:48 编辑
你是说Ust’-Ishim古人与东亚人群最接近吗? 上面结果不是很清楚地显示与中南美人群最接近嘛,不知你为何一定要坚持是‘东亚人群’最接近呢?
imvivi001 发表于 2018-2-11 21:47


我觉得这个论文作者能发表出来,不可能做出这么不靠谱的结论,应该还有别的数据支撑他们认为 Ust ishim人和藏人关系最近的结论,这个结论不是维基编辑者的,是这个论文自己说的

你光说了 S13,但是还有Figure S14


发表于 2018-2-11 23:33 | 显示全部楼层
本帖最后由 Lep1dus 于 2018-2-11 23:50 编辑
这里有一个问题,以Kostenki和Goyet为代表的人群是不是西欧亚类型呢?无疑,他们是典型的西欧亚类型,不能因为他们与现代西欧亚有偏差就否定他们的西欧亚身份。所以Oase1和Ust-Ishem的位置无疑是在以田园洞为代表的东 ...
豢龙氏 发表于 2018-2-11 22:40

付的原文进行比较时,认为与Oase1、Ust-Ishenm距离和Oase1、Ust-Ishenm与现代东亚人距离差不多远的并不是欧洲现代人,而是欧洲14K之前Basel Eurasia还没有大规模混进来的欧洲古代人,这是要分清的

反映在你转载的23楼图片,不难看出作者的模型是这样的,现代东亚人处在-0.1的位置,现代欧洲人处在0.1的位置,田园洞处在-0.075的位置,Oase1、Ust-Ishenm处在-0.025的位置上,Kostenki 14、GoyetQ116-1、Sunghir、Vestonice 16、Ostuni 1大概平均处在0.045的位置上

所以如果都用现代人作比较,Oase1、Ust-Ishenm和现代东亚人距离大概0.075,与现代西欧亚人距离大概0.125,显然与现代东亚人群更近。如果都用古代人作比较,Oase1、Ust-Ishenm与田园洞人距离大概0.05,与其他欧洲古人距离大概0.07,还是离田园洞人更近。所以从图上也能直观的看出他们就是与东亚更近的。

如果我们用付文中的论据,以Oase1、Ust-Ishenm和东亚人距离与他们和欧洲14K之前Basel Eurasia还没有大规模混进来的欧洲古代人距离差不多,说明Oase1、Ust-Ishenm处在东西欧亚之间,并不偏东欧亚,这样行不行,当然不行,因为4万年并不是一个短期的时间,现代东亚人肯定比田园洞人要更偏东欧亚,从而离Oase1、Ust-Ishenm更远,所以尺度要统一,要么都用古人比较,要么都用现代人比较。图上也能看出Kostenki 14、GoyetQ116-1是在Neither零值右边,而Oase1、Ust-Ishenm在Neither零值左边,所以如果认为Kostenki 14、GoyetQ116-1是西欧亚,我认为以同样标准也能认为Oase1、Ust-Ishenm是东欧亚
发表于 2018-2-11 23:38 | 显示全部楼层
你光说了 S13,但是还有Figure S14.
skyyrie 发表于 2018-2-11 22:46


   Figure S14更没有意义,因为这是一幅颜色标注图,凡比较接近Ust’-Ishim古人的现代人群一律标注为同一种颜色‘红色’。所以我提供了上面的S13元数据,免得你们这些小白摸不着头脑~
发表于 2018-2-11 23:49 | 显示全部楼层
这里有一个问题,以Kostenki和Goyet为代表的人群是不是西欧亚类型呢?无疑,他们是典型的西欧亚类型,不能因为他们与现代西欧亚有偏差就否定他们的西欧亚身份。所以Oase1和Ust-Ishem的位置无疑是在以田园洞为代表的东 ...
豢龙氏 发表于 2018-2-11 22:40


此外,我也相当怀疑你最后一段的结论,因为我们没有Basel Eurasia4万年的古遗骨,并不清楚这种古人和其他古人的遗传距离,如果使用你给出的模型,Basel Eurasia与这些你认为的WHG古人距离自然应该比这些WHG古人与其他古人群比如Oase1或者EA要远,但我个人相当怀疑这一点,两者有可能是差不多远的。
发表于 2018-2-11 23:56 | 显示全部楼层
本帖最后由 imvivi001 于 2018-2-12 00:04 编辑

另外一组作者提供的加入了outgroup的f3运算结果,几乎是与上面的运算结果一样:

族群Altai_NeanderthalUst’-Ishim.
组群f3std.err.Zf3std.err.Z地区
Chane0.0113 0.0017 6.73 0.1350 0.0024 56.39 America
Ticuna0.0132 0.0017 7.67 0.1344 0.0024 56.72 America
Surui0.0124 0.0016 7.90 0.1341 0.0021 64.94 America
Itelmen0.0121 0.0014 8.59 0.1338 0.0019 71.50 西伯利亚
Ami0.0120 0.0014 8.64 0.1338 0.0020 66.65 EastAsia
Cabecar0.0120 0.0016 7.62 0.1336 0.0022 62.14 America
She0.0114 0.0014 8.44 0.1335 0.0020 68.20 EastAsia
Onge0.0123 0.0014 8.92 0.1334 0.0019 68.66 SouthAsia
澳洲土著0.0242 0.0018 13.13 0.1333 0.0023 57.94 Oceania
Karitiana0.0119 0.0015 8.05 0.1332 0.0020 66.02 America
Chukchis0.0127 0.0014 9.40 0.1332 0.0018 72.15 西伯利亚
Koryaks0.0122 0.0014 8.68 0.1329 0.0018 72.54 西伯利亚
Mongolas0.0110 0.0013 8.31 0.1329 0.0019 68.53 西伯利亚
Dai0.0115 0.0013 8.64 0.1329 0.0019 69.55 EastAsia
Japanese0.0111 0.0013 8.32 0.1329 0.0019 70.75 EastAsia
Lahu0.0116 0.0013 8.66 0.1329 0.0019 71.21 EastAsia
TIB0.0118 0.0013 9.03 0.1329 0.0018 72.25 EastAsia
Miaozu0.0120 0.0014 8.70 0.1328 0.0019 71.05 EastAsia
Tujia0.0124 0.0014 8.98 0.1328 0.0019 69.38 EastAsia
Eskimo0.0124 0.0014 8.84 0.1327 0.0018 72.49 西伯利亚
Cambodian0.0114 0.0013 8.82 0.1327 0.0018 72.62 EastAsia
Xibo0.0117 0.0014 8.42 0.1326 0.0020 67.41 EastAsia
Yizu0.0119 0.0013 8.80 0.1326 0.0019 70.85 EastAsia
Ulchi0.0120 0.0013 9.09 0.1325 0.0019 71.38 西伯利亚
Korean0.0115 0.0014 8.23 0.1325 0.0020 67.51 EastAsia
Hezhens0.0111 0.0013 8.44 0.1324 0.0019 70.70 EastAsia
Oroqens0.0117 0.0014 8.45 0.1324 0.0019 71.38 EastAsia
Han_North0.0117 0.0014 8.56 0.1323 0.0019 69.94 EastAsia
Kinh0.0118 0.0014 8.56 0.1323 0.0019 71.32 EastAsia
Papuan0.0235 0.0018 13.41 0.1323 0.0022 59.82 Oceania


-------------------------------

事实上,作者团队在做论述时,似乎癔症发作,根本不看他们自己的运算结果(或者和小云一样,看不懂自己的运算结果?),目前还无法判断到底作者团队发生了什么...?
发表于 2018-2-12 00:04 | 显示全部楼层
本帖最后由 豢龙氏 于 2018-2-12 00:06 编辑
付的原文进行比较时,认为与Oase1、Ust-Ishenm距离和Oase1、Ust-Ishenm与现代东亚人距离差不多远的并不是欧洲现代人,而是欧洲14K之前Basel Eurasia还没有大规模混进来的欧洲古代人,这是要分清的

反映在你转载 ...
Lep1dus 发表于 2018-2-11 23:33
Genetic research on ancient modern humans in Eurasia shows that there were at least four distinct populations in Eurasia during the AMA (Table 1 and Figure 1). The oldest of the specimens is the  45 000-year-old Ust’-Ishim individual from Central Siberia [11] who shares more alleles with present-day East Asians than with present-day Europeans (Figure 2A).However, when present-day Europeans were replaced with Europeans older than 14 ka –Europeans without ‘Basal Eurasian’ ancestry (Box 1), the Ust’-Ishim individual is equally closely related to ancient Europeans and to present-day East Asians, suggesting he is from a population that did not contribute to any present-day Eurasian populations [11].

这是文章中的原话,在用早于1.4万年前不带有Basal Eurasia祖先的古欧洲人代替现代欧洲人后,Ust-Ishim和古代欧洲与现代东亚的遗传距离是相等。
如果你认为Basal Eurasia相对于古欧洲人和东亚人并没有有更远的遗传关系,其与古欧洲人混合后也并不会拉远与东亚人的遗传距离。
发表于 2018-2-12 00:12 | 显示全部楼层
39# skyyrie

不知道是原文作者英文表述有误,还是作者粗心大意,总之,他们的原文英语表述似乎出错了。
原文是:
...Although the exact estimates varied and the absolute values are not comparable, these genome-wide analyses indicate that
TIB(西藏藏族) shares consistently higher ancestry with ancient nonAMH genomes than with HAN.
imvivi001 发表于 2018-2-11 21:24
.
     作者团队的英语表述能力的确比较糟糕,可能这也是他们用英文所做的论述明显与自己的运算结果相违悖的主要原因吧?
发表于 2018-2-12 00:18 | 显示全部楼层
本帖最后由 Lep1dus 于 2018-2-12 00:21 编辑
Genetic research on ancient modern humans in Eurasia shows that there were at least four distinct populations in Eurasia during the AMA (Table 1 and Figure 1). The oldest of the specimens is the  45 0 ...
豢龙氏 发表于 2018-2-12 00:04

你所说的和我说的并没有两样,但是把Ust-Ishim和Oase1放中间,西边用西欧亚古人,东边确用东欧亚现代人,结果两边的距离还差不多,用这种手段来否认Ust-Ishim和Oase1的东欧亚性质,这种手段并不正确,因为古人之间的距离本来就比现代人近,就比如,Ust-Ishim和Oase1与田园洞人的距离比Ust-Ishim和Oase1与现代东亚人的距离要近一样。4万年过去,现代东欧亚人比田园洞人还要更偏东,从而离Ust-Ishim和Oase1更远,这有什么可质疑的吗?

如果你认为后来西欧亚被拉远是因为汇入Basel Eurasia的缘故,那么我们就把这种情况排除掉,两边都用古人来衡量,可以看到Ust-Ishim和Oase1与田园洞人的距离,还是比他们与14K之前的欧洲古人距离更近。所以假如欧洲后来没有Basel Eurasia的汇入,又有什么理由认为Ust-Ishim和Oase1与东亚现代人的距离不比他们与没有Basel Eurasia汇入的欧洲现代人的距离更近呢,就是说Basel Eurasia的汇入并没有起到你所想的改变整体性质的影响,原本Ust-Ishim和Oase1就是偏东欧亚的,只是Basel Eurasia汇入使得欧洲现代人与Ust-Ishim和Oase1的距离拉得更远了
发表于 2018-2-12 00:23 | 显示全部楼层
这里有一个问题,以Kostenki和Goyet为代表的人群是不是西欧亚类型呢?无疑,他们是典型的西欧亚类型,不能因为他们与现代西欧亚有偏差就否定他们的西欧亚身份。所以Oase1和Ust-Ishem的位置无疑是在以田园洞为代表的东 ...
豢龙氏 发表于 2018-2-11 22:40

  不知道你说的Goyet古人是指哪一个Goyet古人,因为现在已经检测了三个Goyet古人,其中Q116带有明显的东亚欧成分。 显然这一个以现在标准来看谈不上是‘典型的西亚欧’。至于在当时来说是不是‘典型的西亚欧’,可能算得上某种类型‘西亚欧’,因为我们现在知道,当时西亚欧中高纬度地区的确存在多种‘西亚欧类型’,其中一类就是Q116这一类的~
发表于 2018-2-12 00:29 | 显示全部楼层
此外,我也相当怀疑你最后一段的结论,因为我们没有Basel Eurasia4万年的古遗骨,并不清楚这种古人和其他古人的遗传距离,如果使用你给出的模型,Basel Eurasia与这些你认为的WHG古人距离自然应该比这些WHG古人与 ...
Lep1dus 发表于 2018-2-11 23:49

Basel Eurasian(即我说的basal亚非成分)的遗传距离可以理论上推导出来,不过这只是一个理论值,最好还是有古人检测数据才是最真实的
发表于 2018-2-12 00:33 | 显示全部楼层
你所说的和我说的并没有两样,但是把Ust-Ishim和Oase1放中间,西边用西欧亚古人,东边确用东欧亚现代人,结果两边的距离还差不多,用这种手段来否认Ust-Ishim和Oase1的东欧亚性质,这种手段并不正确,因为古人之间 ...
Lep1dus 发表于 2018-2-12 00:18
相比于Oase1和Ust-Ishem和田园洞人的遗传距离当然有可能比与现代东亚人的遗传距离更近,也可能比Kostenki14和Goyet所代表的古代欧洲人的遗传距离更近。但这并不代表可以忽视其与古代及现代东欧亚人群间的遗传距离,因为其差距之大并不能用同一种人群来进行概括。用东欧亚来对其进行形容是不确切,其代表了一种独立于古代欧洲和古代东亚的类型。三者之间很可能是一种准三叉结构,尽管其与古代东亚可能有更近一点的共同祖先。
发表于 2018-2-12 00:45 | 显示全部楼层
你所说的和我说的并没有两样,但是把Ust-Ishim和Oase1放中间,西边用西欧亚古人,东边确用东欧亚现代人,结果两边的距离还差不多,用这种手段来否认Ust-Ishim和Oase1的东欧亚性质,这种手段并不正确,因为古人之间 ...
Lep1dus 发表于 2018-2-12 00:18
我所说的模型当然也不是我创造的,付巧妹在其田园洞人的文章里就已经展示出来了。
QQ截图20180212004215.jpg
发表于 2018-2-12 00:49 | 显示全部楼层
  不知道你说的Goyet古人是指哪一个Goyet古人,因为现在已经检测了三个Goyet古人,其中Q116带有明显的东亚欧成分。 显然这一个以现在标准来看谈不上是‘典型的西亚欧’。至于在当时来说是不是‘典型的西亚欧’,可 ...
imvivi001 发表于 2018-2-12 00:23
我说的自然是付最近的论文里提到的Q116,虽然Q116带有与田园洞相似的信号,但这并不影响其属于西欧亚的范畴,付在文章中也提到Q116更接近欧洲人。而其与田园洞所共享的成分也未必直接来自东欧亚。
发表于 2018-2-12 08:02 | 显示全部楼层
我所说的模型当然也不是我创造的,付巧妹在其田园洞人的文章里就已经展示出来了。
豢龙氏 发表于 2018-2-12 00:45


     这个模型是一个简化模型,可能是作者为了应付编辑部做简述提供的。真实模型作者在原文与附表中提供了,远比这个复杂得多。
     另外,作者前不久刚发表的最新文章中,已经对上面的模型做了修正,即和我之前的推测一致,田园洞、乌斯季西姆、Q116古人主要是混合的结果,而不是之前学界部分人认为的‘分化’的结果。至今本坛仍然有不少老会员依然摆脱不了传统的‘分化’思维,这个,呜呜呜~~~
您需要登录后才可以回帖 登录 | 注册

本版积分规则

小黑屋|手机版|Archiver|人类生物学在线 ( 苏ICP备16053048号 )

GMT+8, 2020-7-8 08:35 , Processed in 0.104273 second(s), 16 queries .

Powered by Discuz! X3.4

© 2001-2017 Comsenz Inc.

快速回复 返回顶部 返回列表