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楼主: 无诸王

结果有些出乎意料,三省客家及临近地区常染对比

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发表于 2018-2-9 07:41 | 显示全部楼层
广东比广西海南偏北很正常,用不着这些新移民也应该偏北一点,因为在南北的定义上,越是接近北方人越偏北,越是接近东南亚人(越南)越偏南 ...
cwqjack 发表于 2018-2-9 00:22

  建议不要以越南代表‘东南亚’,越南人(如果你是指其主体民族京族)与其他大部分‘东南亚’族群在基因结构上还是差别很明显的。她的西部邻居如缅甸人混有较多的南亚成分,而大部分岛屿东南亚族群,尽管以华南成分为主,但是却混有很明显的巴布亚成分以及少量的南亚成分(有的族群如菲律宾小矮黑则巴布亚成分快到一半了)。其实东南亚(中南半岛+岛屿东南亚)内部的差异是很大的,你们初学者要谨慎对待之~
发表于 2018-2-9 08:04 | 显示全部楼层
20# 无诸王 我修正我的说法,广州以及深圳比他们周边还是略微北了一点点,平均北汉多了大概2%吧,但是这个效应显然弱于民系地理上的差距,梅州可以比河源多近10%的北汉还是同民系呢。
发表于 2018-2-9 08:19 | 显示全部楼层
21# imvivi001 这里说越南,是因为广西就是接壤越南,基因上显然有交流。而且我也认为越南是最接近东亚人种的东南亚国家,京族基本没混入所谓的矮黑人,甚至KHV表现得比CDX还北一点呢。
发表于 2018-2-9 12:20 | 显示全部楼层
本帖最后由 大昊 于 2018-2-9 12:25 编辑
看来你还是没明白什么是ADMIXTURE算法,同一个低K值下,两个由大致相同的成分组成的相邻族群,在K值逐次升高时是不可能变成完全不同的成分组成的。

另外,最好不要用类似K7b或K12b这种个性化的算法来说明,每一个机构或个人会有不同的定义,无法进行客观的讨论,除非这家机构完全公开他们的panel来源与定义方法。
最好还是用原装的ADMITURE算法结果进行讨论,这个结果是直接和客观的。实在没有,也可以用早期的STRUCTURE算法结果或唐美女算法结果进行讨论,

imvivi001 发表于 2018-2-8 22:00

这种情况再正常不过了。
原因很简单,因为用的是日本东京一个日本地点,对比汉族内部天南地北的无数地点的汉族。
整个汉族的内部差异(或多样性)当然远大于日本东京的内部差异(多样性)。当K值正增加时,第三种成分的peak值在汉族内部,这不是很正常吗?

反过来操作,也会出现类似的情况。
比如,用北京汉族做对比,和日本各地和族,琉球人,阿依努人,一起弄个ADMIXTURE,最后也是北京汉族成分单一,而日本列岛五颜六色。
在低K值时(如K=2时),和族和北京汉族成分类似(阿依努人应该会是另一种成分);
在K值提高后,北京汉族会依然成分单一,和族原本单一的成分则会分化成不同的成分,甚至和族不同地区也会各种成分比例迥异。

K7b到K12b的演变,类似于5楼的情况,原因就是弄K7bK12b时一样是大陆取样的民族多和范围大(而日本列岛的取样少而集中),两种现象形成的机制是一样的。
发表于 2018-2-9 13:17 | 显示全部楼层
这种情况再正常不过了。
原因很简单,因为用的是日本东京一个日本地点,对比汉族内部天南地北的无数地点的汉族。
整个汉族的内部差异(或多样性)当然远大于日本东京的内部差异(多样性)。当K值正增加时,第三种成分的peak值在汉族内部,这不是很正常吗...
大昊 发表于 2018-2-9 12:20

    你的理解还是不正确。即便是日本取样是东京一个地方也不会有很大区别,因为东京日本人与其他地方日本和族(暂不计冲绳人群)不会有明显区别。
   另外,你的图中,K值增加到3,黄色peak是出现在日本样品而不是汉族,你要看清楚。这可能吗?
发表于 2018-2-9 14:02 | 显示全部楼层
  你的理解还是不正确。即便是日本取样是东京一个地方也不会有很大区别,因为东京日本人与其他地方日本和族(暂不计冲绳人群)不会有明显区别。
   另外,你的图中,K值增加到3,黄色peak是出现在日本样品而不是汉族,你要看清楚。这可能吗?
imvivi001 发表于 2018-2-9 13:17
你看清楚啊,K=3时,新的成分(墨绿色成分)的peak值不是在北方汉族里?
发表于 2018-2-9 14:06 | 显示全部楼层
    你的理解还是不正确。即便是日本取样是东京一个地方也不会有很大区别,因为东京日本人与其他地方日本和族(暂不计冲绳人群)不会有明显区别。
   
imvivi001 发表于 2018-2-9 13:17

怎么可能不计冲绳人群,你以为汉族长城内外大江南北的差异(或多样性)会小于各地和族和琉球人的总集合?
以东京和族和各地汉族做ADMIXTURE,和以北京汉族和各地和族琉球人阿依努人做ADMIXTURE,本质没有差别。
发表于 2018-2-9 14:12 | 显示全部楼层
4# cwqjack

中山和湛江都有闽语区。从百越人陈x勇所作的新亚洲母系分布图来看,珠三角广府是橙色新亚洲母系,福建是深蓝色古亚洲母系
发表于 2018-2-9 14:20 | 显示全部楼层
本帖最后由 大昊 于 2018-2-9 14:33 编辑

下面的绿色成分就是高山族成分(或南岛成分)。
南岛成分,也是客家比广府少。

initpintu_副本_副本.jpg

南岛.png
和以往的常染数据类似,上海和北京的接近。
上海的南岛成分极少,北京会比一般的华北地区更南些(另外,很多北京数据是包括外地人,有些北京数据是北京某大学的数据)
在华南一线,闽南—客家—广府—广西壮族,从东向西高山族成分(南岛成分)一路开始增加。

和K=17一样,菲律宾某些族群的主成份和其他成分非常南,但有微量的北方成分(也就是黄色成分,比壮族还多些),成因未知。当然,他们高频的南岛成分,还有特南的紫色红色墨绿色成分,还是使得这些菲律宾人比中国境内的民族要偏南许多。
发表于 2018-2-9 14:31 | 显示全部楼层
所谓的高山族成分(南岛成分)常染对应的Y染是O1。与华南西南内陆第一大单倍群O2a无关,广府比客家更沿海,客家比广府更内陆,这个很好理解。广西比广东高有些费解
发表于 2018-2-9 14:42 | 显示全部楼层
你看清楚啊,K=3时,新的成分(墨绿色成分)的peak值不是在北方汉族里?
大昊 发表于 2018-2-9 14:02

你说的是另外一件事,我是问你,为何你这张图在K值增加时日本样品的成分会变成单一的黄色?
发表于 2018-2-9 14:44 | 显示全部楼层
下面的绿色成分就是高山族成分(或南岛成分)。
南岛成分,也是客家比广府少。

56006

56007
和以往的常染数据类似,上海和北京的接近。
上海的南岛成分极少,北京会比一般的华北地区更南些(另外,很多北京 ...
大昊 发表于 2018-2-9 14:20

  此图非彼图,两张图的颜色所表示的意思根本就不搭界,根本扯不到一块~
发表于 2018-2-9 14:48 | 显示全部楼层
本帖最后由 大昊 于 2018-2-9 14:51 编辑
你说的是另外一件事,我是问你,为何你这张图在K值增加时日本样品的成分会变成单一的黄色?
imvivi001 发表于 2018-2-9 14:42

第一,K值增加变成第一成分的例子多了,数不胜数,举不胜举。因为很多高K值的单一成分本来就是更早的不同成分合成的。
第二,5楼K=3时,日本是单一的黄色?你看清楚了,难道不是3种颜色?
发表于 2018-2-9 15:15 | 显示全部楼层
第一,K值增加变成第一成分的例子多了,数不胜数,举不胜举。因为很多高K值的单一成分本来就是更早的不同成分合成的。
第二,5楼K=3时,日本是单一的黄色?你看清楚了,难道不是3种颜色?
大昊 发表于 2018-2-9 14:48

   算了,看来你对ADMixture算法以及日本人的常染成分结构知之甚少,无法和你讨论了,就此打住吧
发表于 2018-2-9 15:39 | 显示全部楼层
本帖最后由 大昊 于 2018-2-9 15:53 编辑
  此图非彼图,两张图的颜色所表示的意思根本就不搭界,根本扯不到一块~
imvivi001 发表于 2018-2-9 14:44

像K7b,K12b,K=17,或29楼那图,本质上没什么差别。
K7b和K12b算一类,没分离出高山族成分或南岛成分。
K=17和29楼那图算一类,分离出了高山族成分和南岛成分。
这些算法,和东亚人相关的成分就那么几个,折算后的本质都是一样的。

举个例子,
甲有20元(类比于总的常染性质)
乙有16元(类比于总的常染性质)
两人都只有硬币,没纸币。(类比于,没西亚欧成分和黑非洲成分或棕种人成分)
且两人身上都只有1元硬币和5角硬币(类比于,两人的蒙古人种下的亚成分类型也相似,但不同亚成分的比例待推测),
且两人的硬币绝对数量一样(比如都只有26枚。这个类比于两种成分相加,都占甲乙两人的100%),
通过上面的已知条件,可以判定,甲的1元硬币肯定比乙多,乙的5角硬币肯定比甲多。
事实上,通过上面的已知条件,可以计算出甲乙两人每种硬币的百分比,哪怕出现小数点。
发表于 2018-2-9 15:40 | 显示全部楼层
   算了,看来你对ADMixture算法以及日本人的常染成分结构知之甚少,无法和你讨论了,就此打住吧
imvivi001 发表于 2018-2-9 15:15
好吧,就此打住吧
发表于 2018-2-9 16:22 | 显示全部楼层
下面的数值,越小的表示越相似,距离越接近。
比如和North的距离,潮州大概0.0025,梅州大概0.0029,广府大概0.0039。
比如和Central的距离,潮州大概0.0019,梅州大概0.0021,广府大概0.0030。
广府和前二者的差异,明显更大。
另外,广府离North、Central和South的距离都是最远。
大昊 发表于 2018-2-8 16:03

South似乎是广东450个样本的均值(也就是潮州150,客家150,广府150,三者的均值)。
这样以来,“客家最接近这个South,广府离North、Central和South的距离都是最远”也就好理解了。
发表于 2018-2-9 16:35 | 显示全部楼层
本帖最后由 大昊 于 2018-2-9 16:53 编辑
下面的绿色成分就是高山族成分(或南岛成分)。
南岛成分,也是客家比广府少。




和以往的常染数据类似,上海和北京的接近。
上海的南岛成分极少,北京会比一般的华北地区更南些(另外,很多北京 ...
大昊 发表于 2018-2-9 14:20

需要纠正一下。
上海的南岛成分不会比北京少,因为上海的淡蓝色成分里包含了一半左右的南岛成分。
淡蓝色成分,其实就是绿色南岛成分和深蓝色东亚成分以及一些黄色北方成分的混合而成的。
折算下来,上海的南岛成分会比北京多些,但折算后北京和上海的成分比例依然是极其接近的。
发表于 2018-2-9 23:06 | 显示全部楼层
30# Manaus
华南西部的高山族成分反而要比华南东部的高山族成分高说明这种常染跟某个父系单倍群基本没有对应关系。华南西部要比华南东部更偏南,说明历史上北人南下主要是沿海从江浙福建一带进入广东,而不是直接翻过南岭。这完全否认了你经常念叨的什么广西都是苗瑶都是北亚的歪理邪说。
发表于 2018-2-10 16:10 | 显示全部楼层
是的,梅州客家(Hakka)和潮州(Teochew)的相似度,大于梅州客家(Hakka)和广府(Cantonese)的相似度。
汉族内部K=3时,梅州客家的成分比例,明显和潮州的接近,和广府更远。
广东一个省的内部差异,比河南山 ...
大昊 发表于 2018-2-8 16:03

最后一个表里的 South是什么呀
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