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楼主: Yungsiyebu

7700年前俄远东滨海Devil’s Gate低覆盖度样本尝试Y染色体分型

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 楼主| 发表于 2018-1-25 13:23 | 显示全部楼层
LBK文化人群的主要成分现在消失了?或者沦为次要成分?
imvivi001 发表于 2018-1-25 13:19

再看一遍。现代人群找不到接近尼安德特人的种系类型,但不影响你的血液里有2-3%来自尼人的混血,能理解吗?

不要编,看聚类图,我阐述过多次,古中原类型那种比现代东亚类型大出一大圈的颅骨,但又有别于北亚、北极种系的上古类型,目前已经找不到非常接近的现代继承者了,与欧洲的LBK文化人骨类似的,现代很少接近的种系。
 楼主| 发表于 2018-1-25 13:27 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2018-1-25 13:43 编辑



看看颅骨数据就不难理解为什么后套木嘎、鬼门洞这个区域的细石器猎人会有这么高比例的常染色体pop成分与现代东亚人群共享了。同样基于颅骨数据,我推测绝大多数上古华夏族古中原类型的古dna,与现代东亚人的共享pop,不及鬼门洞后套木嘎,大家可以拭目以待。


我做了一个简化版的数据分析,方便有兴趣的朋友录入数据验证。
古东北类型波伊斯曼和后套木嘎 简化版PCA.png
古东北类型波伊斯曼和后套木嘎 简化版PCoA.png
古东北类型波伊斯曼和后套木嘎 简化版MDS.png
古东北类型波伊斯曼和后套木嘎 简化版clasical cluster.png
发表于 2018-1-25 13:55 | 显示全部楼层
本帖最后由 豢龙氏 于 2018-1-25 14:05 编辑

鬼门洞的常染分析中,明显现代东亚与现代东南亚的遗传关系更为接近。而且应当注意,这篇文章中的东亚人群还包括了蒙古族和土族的样本。
1F5D9053-84E2-4A92-AC70-C7E46F09903F.png
 楼主| 发表于 2018-1-25 14:18 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2018-1-25 14:25 编辑
鬼门洞的常染分析中,明显现代东亚与现代东南亚的遗传关系更为接近。
豢龙氏 发表于 2018-1-25 13:55

鬼门洞第一主成分(紫色)在东亚peak,其他为西伯利亚高频的peak(绿色),而东南亚分两类,一例peak在部分东南亚人群(红色),一类介于东亚(紫色)和东南亚(红色)。这个要具体看什么样本。

我录入现代组数据,进行人骨比较,很显然,后套木嘎和鬼门洞并不象文献把他们归入东北亚类型那样,与现代东亚组(爱斯基摩)等那么聚类,而很接近现代东亚类型,尽管相对后者与西伯利亚也很接近。

可见,颅骨数据与常染色体数据的可比性非常强,鬼门洞和后套木嘎样本不同程度介于现代西伯利亚和东亚(含北亚草原地带)之间,且整体更偏向后者。这具有重要的意义,即说明至少部分北方细石器文化猎人土著(未见任何南方磨制石器和原始农业因素影响)对现代东亚种系血统贡献强烈,尽管真正直接的血统输入者可能是他们的南部紧邻,比如满洲南部和内蒙古东南部。

古东北PCA.png
古东北MDS.png
 楼主| 发表于 2018-1-25 14:33 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2018-1-25 14:36 编辑

有一定说明一下,当使用通常文献报道的数据做颅骨欧式距离比对时,数值过低时,也就是遗传距离太近时,比如东亚中日韩各组之间,也就是区分东亚种系内部差异时,精度非常低,原因就是变异参数太少。类似的,当genotype的snp位点数目过低时,也很难区分一个细分种系族群。但几千个snp可能就能把大种系区分的很好。

但这并不影响上述结论,即,哪怕远在天边的俄远东滨海鬼门洞组,与古中原类型的新石器时代中原土著农夫相比,也要相对更接近一些,这一点为初步的古dna证据同时印证。
发表于 2018-1-25 14:34 | 显示全部楼层
本帖最后由 baiyueren 于 2018-1-25 14:39 编辑


从这张图来看,浅紫色严格来说不是东亚成分,而是泛东亚大陆(东北亚-东亚-南陆)成分。再仔细
对比一下,可以发现K=8中的土黄色鬼门洞特征成分,其实主要出自浅紫色泛东亚大陆成分。
所以我认为鬼门洞人主要是从南方北上的,而且从一些远东常见的mt单倍群(M7、N9b、Y)来推断,北上的时间不可能早于2.6万年前。
发表于 2018-1-25 14:37 | 显示全部楼层
鬼门洞第一主成分(紫色)在东亚peak,其他为西伯利亚高频的peak(绿色),而东南亚分两类,一例peak在部分东南亚人群(红色),一类介于东亚(紫色)和东南亚(红色)。这个要具体看什么样本。

我录入现代组数 ...
Yungsiyebu 发表于 2018-1-25 14:18
你可以说鬼门洞和东亚人群之间有共享的成分,但这一共享是何时产生的,恐怕难以通过这个成分分析进行判断,实际上这一共享成分的年龄可能长达两三万年以上。从类聚关系和成分分析来看,鬼门洞人群对现代东亚人群在遗传上的共享是非常有限的,K=5时鬼门洞人身上三分之一以上的绿色成分在现代东亚人群中几乎看不到。
 楼主| 发表于 2018-1-25 14:37 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2018-1-25 14:49 编辑
http://www.ranhaer.com/attachments/forumid_28/171020141121fa7c7222f77f7f.jpg.thumb.jpg
从这张图来看,浅紫色严格来说不是东亚成分,而是泛东亚大陆(东北亚-东亚-南陆)成分。再仔细
对比一下,可以发现K=8中 ...
baiyueren 发表于 2018-1-25 14:34

不光光东北亚,还有北亚草原地带。常染色体遗传多态性最高的是西伯利亚,这里有最具种系区分度的蒙古人种亚型。

基因组水平:布里亚特与中亚-西伯利亚突厥人的结构分析
http://www.ranhaer.com/viewthread.php?tid=37529&highlight=

相对雅库特等西伯利亚地区人群,即使贝加尔湖畔的图瓦、布里亚特,也是与东亚(华东汉族)的共享pop始祖成分比例更高。这还没有比一些更加单纯的古西伯利亚人,毕竟雅库特的文史源流也是北亚草原地带的。

 楼主| 发表于 2018-1-25 14:41 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2018-1-25 14:47 编辑
你可以说鬼门洞和东亚人群之间有共享的成分,但这一共享是何时产生的,恐怕难以通过这个成分分析进行判断,实际上这一共享成分的年龄可能长达两三万年以上。从类聚关系和成分分析来看,鬼门洞人群对现代东亚人群在遗 ...
豢龙氏 发表于 2018-1-25 14:37

年代可以用Fst值粗略估算。稍候,我会merge一下evil gate的数据,与HGDP等数据运算一下admixture。
我的经验是不可能这么久,如果不存在混血因素干扰的话,雅库特-华东汉之间才只有1.5万的距离,而亚美人种区分度最高的印第安人,也不过才分离2万年前后。
另外,我已经说了,我不认为古东北类型这种在青铜时代被扩张的种系,是直接的血统贡献者。但这个问题说明了,北方细石器猎人血统的影响。
发表于 2018-1-25 14:45 | 显示全部楼层
本帖最后由 baiyueren 于 2018-1-25 14:47 编辑

49# 豢龙氏
这种共享成分可能是双向的,虽然鬼门洞到山海关有1000公里。但是对于沿海迁徙的人群来说快速移动不是难事。气温上升则向北扩张,气温降低则向南迁徙。既然他们是细石器人群,就应该是渔猎采集者的迁徙模式。
发表于 2018-1-25 14:51 | 显示全部楼层
如果不存在混血因素干扰的话,雅库特-华东汉之间才只有1.5万的距离
Yungsiyebu 发表于 2018-1-25 14:41

问题是肯定存在双向的混血,华东甚至越南都有Y-Q出现,所以从理论上来说雅库特-华东汉的遗传距离肯定大于1.5万年。
 楼主| 发表于 2018-1-25 16:04 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2018-1-25 16:10 编辑

Mos2和Mos6的Bam文件,经bamtools切割后,得到的YBam分别为900+和800+字节,不到1K。同样的方法,samtool导出txt,然后比对1000G的6万+个变异位点。

其中,Mos2没有覆盖到任何一个1000G变异位点。

Mos6覆盖到一个1000G变异位点,但也没有突变。

chrY        22021564        t        1        ,        ]

这个位点是HG02895携带的一个私有突变,所有也就没有参考价值的点。
发表于 2018-1-25 16:30 | 显示全部楼层
这是非常撤的逻辑,通古斯成分再鬼门洞身上特别多?仔细看看,是ulchi相比本地古代土著种系,更多了一些类西伯利亚(含通古斯)(绿色)和类北极(橘黄)。其他阿穆尔河流域人群则多了一些与日韩东亚等人群共享的( ...
Yungsiyebu 发表于 2018-1-25 13:15


您的语文水平堪忧,请看清楚,绿色成分peak值出现在不包括通古斯人群在内的蒙古与西伯利亚人群之中,你却要挂一个‘通古斯’的羊头,想混淆视听嘚厶嘎?
     认真建议您提高一下ADM分析法贴标签的能力好吗?
发表于 2018-1-25 16:46 | 显示全部楼层
ulchi乌尔奇通古斯人出现少量的绿色,说明他们相比鬼门古人,后期西伯利亚人群东进,对他们有一定的影响,不过影响不大
 楼主| 发表于 2018-1-25 18:23 | 显示全部楼层
您的语文水平堪忧,请看清楚,绿色成分peak值出现在不包括通古斯人群在内的蒙古与西伯利亚人群之中,你却要挂一个‘通古斯’的羊头,想混淆视听嘚厶嘎?
     认真建议您提高一下ADM分析法贴标签的能力好吗?
imvivi001 发表于 2018-1-25 16:30


仔细看文献,典型的通古斯族群在siberia类别,还是amur basis。请注意,阿穆尔通古斯=\=西伯利亚通古斯,ulchi=\=evenks,前者是后者东进与土著的融合。
发表于 2018-1-25 18:50 | 显示全部楼层
阿穆尔通古斯接近阿依努人群
发表于 2018-1-25 22:12 | 显示全部楼层
本帖最后由 MNOPS 于 2018-1-25 22:17 编辑
鬼门洞的常染分析中,明显现代东亚与现代东南亚的遗传关系更为接近。而且应当注意,这篇文章中的东亚人群还包括了蒙古族和土族的样本。
豢龙氏 发表于 2018-1-25 13:55

从哪里看出鬼门洞接近东亚东南亚的?从图上看鬼门洞还是最接近现代的通古斯族群,离东亚还有一段距离呢,离东南亚就更远了。而且正如你所说,这篇文章中的东亚人群还包括了蒙古族和土族这两个相对来说比较偏北的族群,如果不包括他们的话鬼门洞会距离东亚更远。
鬼门洞和后套木嘎的研究在我看来最大的意义就是粉碎了一些人的南方北上论。从这两者仍然最接近现代通古斯人群可以看出从新石器时期至今此地遗传成分变化不大,不支持有大量南方人群沿海北上。
发表于 2018-1-25 23:36 | 显示全部楼层
仔细看文献,典型的通古斯族群在siberia类别,还是amur basis。请注意,阿穆尔通古斯=\=西伯利亚通古斯,ulchi=\=evenks,前者是后者东进与土著的融合。
Yungsiyebu 发表于 2018-1-25 18:23

看来你还是没有搞明白问题所在,请仔细阅读如下剖析(更多内容请看我在原帖刚刚发表的分析):


仔细回看了一下,发现美女博士团队这篇文章的瑕疵还是挺明显的,特别是在ADMIXTURE分析方面又犯了老毛病,简单说明如下:

1、使用的pop数目太少。如果是小云那样玩票性质玩一下,那选取左右附近十几个族群做比对分析,K值从3到8,也可以看出一个非常模糊的轮廓,倒也无妨,反正是玩票而已。但是,如果是专业分析,这远远不够。
     具体来说,比如在本文中,当K值打到8,而pop数目只有周边十几个族群,那就会让算法出现‘不知所措’的情况,有一些混合成分因为含有远方的成分较多(比如图中的西伯利亚族群,因为普遍含有较多的万里之外的WHG与小亚农夫成分),因此导致Fst差距虚高,故而导致算法会把这种西伯利亚族群中的‘外来混合成分’误判为一种独特的‘本地成分’(...
imvivi001 发表于 2018-1-25 23:19
发表于 2018-1-26 00:13 | 显示全部楼层
从哪里看出鬼门洞接近东亚东南亚的?从图上看鬼门洞还是最接近现代的通古斯族群,离东亚还有一段距离呢,离东南亚就更远了。而且正如你所说,这篇文章中的东亚人群还包括了蒙古族和土族这两个相对来说比较偏北的族 ...
MNOPS 发表于 2018-1-25 22:12
你能仔细看一下我说的话再回复吗?
 楼主| 发表于 2018-1-26 00:34 | 显示全部楼层
看来你还是没有搞明白问题所在,请仔细阅读如下剖析(更多内容请看我在原帖刚刚发表的分析):

imvivi001 发表于 2018-1-25 23:36


花点时间,会学基础工具,自己跑跑数据,比扯这种不沾板的话有意义得多。
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