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楼主: Yungsiyebu

基因组水平:布里亚特与中亚-西伯利亚突厥人的结构分析

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发表于 2018-1-15 06:53 | 显示全部楼层
两个样本跑不了,所以说,耍嘴皮子,不如学学工具,用结果讲话。如果是两个族群的混合样本,放在一起,一种情况是两个族群有明显的种系差异,另一种,是两个peak值出现在同一个民族内部。总之,即使只有两个族群, ...
Yungsiyebu 发表于 2018-1-14 22:56
别逗了,你的分析方法分析出西伯利亚和北美的ANE了么?分析出东南亚的ASE什么性质了么?分析出汉和傣分离七千多年现在还敢坚持了么?
发表于 2018-1-15 06:58 | 显示全部楼层
OCA2的树,用N-J做了一个tree,选取了一个非洲样本做为outgroup。

1000G数据,其中有27条基因链携带rs74653330 (Ala481Thr)突变,用绿色标记;另一个浅肤色突变rs1800414 (His615Arg)样本用粉色标记,两个突变都不 ...
Yungsiyebu 发表于 2018-1-14 23:11
呵呵,你能看出它们都起源于北亚?
发表于 2018-1-15 07:50 | 显示全部楼层
同样是日本人,
20人的样本量和500人的样本量有冲突,哪个有参考价值?
难道20人样本量用来定性分析足够,500人样本量用来定性分析反而不够?
大昊 发表于 2018-1-15 03:01

还有一个重要原因,这篇新论文基本就是在炒冷饭,了无新意。之前2011年之前日本的多篇论文早已经论述了OCA2上的这两个变异与东亚人的肤色色素调节密切相关,以及Ala481Thr起源于东北亚的观点,而这篇2015‘新’论文基本就没有什么新观点,更没有提供更有说服力的数据,基本上就是炒冷饭,根本不知道nature这帮蠢货是如何审稿的?!
发表于 2018-1-15 08:17 | 显示全部楼层
这个HGDP-CEPH的样本来源基本就是一个笑话。欧洲这么大的内部差异性的地方居然只选取4个族群。亚洲最有观察价值的勘察加族群、安达曼族群一个都没有。作为主要研究对象的日本,居然不分阿伊努冲绳与本岛。还有其他州族群的取样缺陷就吐槽无力了,呵呵~
 楼主| 发表于 2018-1-15 08:55 | 显示全部楼层
别逗了,你的分析方法分析出西伯利亚和北美的ANE了么?分析出东南亚的ASE什么性质了么?分析出汉和傣分离七千多年现在还敢坚持了么?
hercules 发表于 2018-1-15 06:53

不会有基本工具,又胡扯不粘版的话,admixture是基于基因频度的相似性分析,现代样本之间比对,根本无法分析出古dna的情况。我说的是,现代人基因多态性。
 楼主| 发表于 2018-1-15 08:56 | 显示全部楼层
呵呵,你能看出它们都起源于北亚?
hercules 发表于 2018-1-15 06:58

还是一样,看数据分析数据,不要胡说,有北亚样本吗?
发表于 2018-1-15 08:58 | 显示全部楼层
还是一样,看数据分析数据,不要胡说,有北亚样本吗?
Yungsiyebu 发表于 2018-1-15 08:56
所以你无任何证据,然后用所谓推理,双标得一比。
发表于 2018-1-15 09:01 | 显示全部楼层
不会有基本工具,又胡扯不粘版的话,admixture是基于基因频度的相似性分析,现代样本之间比对,根本无法分析出古dna的情况。我说的是,现代人基因多态性。
Yungsiyebu 发表于 2018-1-15 08:55
所以你只知道北亚多样性高,却不知道多样性高是因为分化时间长,还是因为混了其它人种血统?然后你就可以说东南亚多样性高是因为混血。这双标精神,会多少种生信工具都没救。
 楼主| 发表于 2018-1-15 09:02 | 显示全部楼层
所以你无任何证据,然后用所谓推理,双标得一比。
hercules 发表于 2018-1-15 08:58

你好好看帖,admixture运算的多态性不用多说,这个肤色基因,两个突变也是北亚间距,越往南越单一。
发表于 2018-1-15 09:20 | 显示全部楼层
我也怀疑你是在故意误导别人,肤色基因的扩张要比人种的扩张要晚,并不能说明什么问题,如果说东南亚人比印度要白能够证明他们的北方起源,同样的道理,印第安人比欧洲人黑是不是能够证明东亚人群的南方起源?
 楼主| 发表于 2018-1-15 09:22 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2018-1-15 09:30 编辑
所以你只知道北亚多样性高,却不知道多样性高是因为分化时间长,还是因为混了其它人种血统?然后你就可以说东南亚多样性高是因为混血。这双标精神,会多少种生信工具都没救。
hercules 发表于 2018-1-15 09:01

要不然,这快十年了,让你时间胡说的空,花1/10时间学会一两个生信工具呢,最简单的即可。admixture最基本的功能就是把有没有“混了其它人种血统”的问题分析清楚。我已经说的很清楚,是扣除了高加索和尼格利陀后,比对蒙古人种内部的遗传多态性,谁高谁低,非常清楚。早年文献,得出东南亚遗传多态性结论的文献,从来都是把尼格利陀人种一起加进来计算的。
当然,遗传多态性高低是否一定与奠基人效应相关,是另一回事,这里不多论,我指出的是,以往根据遗传多态性得出人群由南向北传播的证据都是错误的,不管是y-str多态性,还是把尼格利陀混合进来计算genotype基因频度。
 楼主| 发表于 2018-1-15 09:32 | 显示全部楼层
我也怀疑你是在故意误导别人,肤色基因的扩张要比人种的扩张要晚,并不能说明什么问题,如果说东南亚人比印度要白能够证明他们的北方起源,同样的道理,印第安人比欧洲人黑是不是能够证明东亚人群的南方起源?
wanhuatong 发表于 2018-1-15 09:20

请不要信口胡说,你拿什么工具算过相关肤色基因的扩张年代?
发表于 2018-1-15 10:39 | 显示全部楼层
估测亚欧人群的肤色基因变异扩散年代,目前最直接的工具就是比对aDNA数据, 同时结合现代人的alleles频度分布数据。这样才有较强的说服力。这篇最新的论文就是一个典范:
史前人群从两个方向进入斯堪的纳维亚半岛 - 分子人类学讨论区 Molecular Anthropology - 人类生物学在线 Biological Anthropology online - Powered by Discuz!  http://www.ranhaer.com/thread-37521-1-1.html
发表于 2018-1-15 11:42 | 显示全部楼层
请不要信口胡说,你拿什么工具算过相关肤色基因的扩张年代?
Yungsiyebu 发表于 2018-1-15 09:32
欧洲那边的研究结果来看似乎是这个样子,那你有什么证据证明马来人是从长江南下的呢?是不是是信口胡说?拿出点关键性的证据,不然我也可以反推印第安人比欧洲人黑,是长江流域北上?
 楼主| 发表于 2018-1-15 11:51 | 显示全部楼层
欧洲那边的研究结果来看似乎是这个样子,那你有什么证据证明马来人是从长江南下的呢?是不是是信口胡说?拿出点关键性的证据,不然我也可以反推印第安人比欧洲人黑,是长江流域北上?
wanhuatong 发表于 2018-1-15 11:42


什么叫看似,所谓种系的基础也就是这些各种相关表型基因的合并效果,根本不是什么谁先谁后的事情。

至于为什么马来人不是东南亚土著,有多个证据在以往几年时间多次讨论。比如mtdna,东南亚古dna类澳美人种,而与南岛语系南亚语系族群不同,再如更多的人骨头证据,东南亚旧石器人群均为类澳美人种,也就是接近尼格利陀。再如,新证据,基因组水平,扣除欧罗巴和尼格利陀种系干扰,蒙古人种内部遗传多态性由北向南递减,马来人种遗传多态性非常低。
发表于 2018-1-15 16:00 | 显示全部楼层
本帖最后由 大昊 于 2018-1-15 16:26 编辑
还有一个重要原因,这篇新论文基本就是在炒冷饭,了无新意。之前2011年之前日本的多篇论文早已经论述了OCA2上的这两个变异与东亚人的肤色色素调节密切相关,以及Ala481Thr起源于东北亚的观点,而这篇2015‘新’论文基本就没有什么新观点,更没有提供更有说服力的数据,基本上就是炒冷饭,根本不知道nature这帮蠢货是如何审稿的?!
imvivi001 发表于 2018-1-15 07:50
nature会发表,无非是两个原因:
1,关系户,熟人。
2,那论文有个标新立异的地方(或者说是噱头),是之前日本资料没有做的,那就是把东亚的OCA2变异体类型频率和同样是HGDP-CEPH的样本的各族群常染做对比,然后得出一个再明显不过的结论,认为二者大体有对应关系。(即使这方面的研究深度,实质都没超过我在38楼的简单论述)

其实,那论文最大的问题就是样本量。
HGDP-CEPH所谓1050个样本,除去非洲和西亚欧还有美洲和太平洋,真正属于东亚欧的样本量才几百个。几百个东亚欧样本平均到约20个东亚民族头上,每个民族才十几二十个样本量。
以北亚型的OCA2-481thr为例,在大数据的情况下,
日本韩国和沈阳有约6%的频率(约1/20),
而华北的北京和西安也有3%以上的频率(约1/30),
南北汉族混合组应该也有至少2.5%的出现频率(约1/40)。
可是,在HGDP-CEPH的小样本量的情况下,日本居然没检测到OCA2-481thr,汉族也没检测到OCA2-481thr。
但是,当知道HGDP-CEPH每个民族的样本量才约20个时,一切都不奇怪了

虽然在日本人里OCA2-481thr的频率是1/20,但只测20个样本时,出现一个或一个都不出现,这两种情况都是大概率。(类似猜两次硬币正反面,两次连续不中也是大概率)

日本人都这样,汉族组自然不必说。1/30~1/40的出现概率,只测20个样本的话,没出现再正常不过。

只有土家族出现了1例OCA2-481thr(长城以南唯一的1例,连蒙古语族的土族都没测到)。其实这也正常。假设土家族OCA2-481thr频率类似华北的北京西安,也是1/30的概率。测20个样本出现1例也是有很大概率的。

在只有约20个样本的情况下,日本和汉族没出现北亚型的OCA2-481thr,土家族出现1例,这就好比连猜两次硬币正反面,连对两次,或连错两次,或只对一次,三种情况都是大概率事件(出现都不奇怪),这就是样本量不足时的随机性。

但每个族群当样本量增加到几百个时,情况就清晰明了了:
日本和汉族都是有小比例的OCA2-481thr,日韩沈阳—北京西安—南方,逐渐减少。
180113141412eee89279691428_副本_副本_副本.jpg
日本韩国沈阳,约有6%的OCA2-481thr
如首尔样本量139个,携带“半个OCA2-481thr”的19个,总频率0.0683(携带半个的表中按0.5个计算)
如光州样本量141个,携带“半个OCA2-481thr”的19个,携带“整个OCA2-481thr”的1个,总频率0.0745.(携带半个的表中按0.5个计算,携带整个的表中按1个计算。)
日本和沈阳的情况和韩国类似。

再如,
西安109个样本,携带“半个OCA2-481thr”的8个,总频率0.0367(携带半个的表中按0.5个计算)
长沙107个样本,携带“半个OCA2-481thr”的5个,总频率0.0234(携带半个的表中按0.5个计算)
当然,因为OCA2-481thr在“非北亚族群”里很低频,所以即使样本量增加到一个地区100个以上,也还是有偶然性(比如无锡。若样本数增加,无锡的OCA2-481thr频率应该不会比长沙莆田低。同理,样本量增加,惠州也应该可以测到。)
发表于 2018-1-15 18:03 | 显示全部楼层
要不然,这快十年了,让你时间胡说的空,花1/10时间学会一两个生信工具呢,最简单的即可。admixture最基本的功能就是把有没有“混了其它人种血统”的问题分析清楚。我已经说的很清楚,是扣除了高加索和尼格利陀后, ...
Yungsiyebu 发表于 2018-1-15 09:22
别逗了,你的分析方法分析出西伯利亚和北美的ANE了么?分析出东南亚的ASE什么性质了么?分析出汉和傣分离七千多年现在还敢坚持了么?
 楼主| 发表于 2018-1-15 18:12 | 显示全部楼层
用现代人数据分析出古dna成分,你也真能搞笑,浪费口舌没用,学会用工具,用结果讲话。
发表于 2018-1-15 18:22 | 显示全部楼层
用现代人数据分析出古dna成分,你也真能搞笑,浪费口舌没用,学会用工具,用结果讲话。
Yungsiyebu 发表于 2018-1-15 18:12
是谁浪费口舌呢?我就是说你没分析出啊。所以你也没排除西伯利亚的异种影响。
发表于 2018-1-15 18:25 | 显示全部楼层
你好好看帖,admixture运算的多态性不用多说,这个肤色基因,两个突变也是北亚间距,越往南越单一。
Yungsiyebu 发表于 2018-1-15 09:02
我认真看了你52#的图,可不支持你的结论。A481T分支像是从H561R分支里产生的。
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