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齐家磨沟F5样本分型:来自HGDP01225的信息

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发表于 2017-12-9 21:17 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2017-12-9 21:18 编辑

吉大两篇有测序数据的文献都无一例外的未公布测序数据,也是行业内罕见的举措。不知道是不是数据属于国家机密不能公开?

兴好研究者使用Beast工具用通用贝叶斯算法做了一棵树,结果表明齐家F5样本最近HGDP01225蒙古族F5样本。虽然Beast对于跑只有一两个甚至几个共享marker的样本做树的精度非常有限,但通常的经验,聚类关系是不太容易错,这样,HGDP01225蒙古族F5样本很可能是齐家F5样本最近的亲本。

这样,让我们看一下该样本的分型。刚刚从数据库把原始Bam文件下载,并用samtools工具跑出了一个sorted过的txt文档,不会直接看Bam数据的朋友,可以直接用ue等大文件读取工具查阅该样本信息。

链接: https://pan.baidu.com/s/1kU7asYF 密码: iv7k

分型还没做。先分享数据。

动辄数据作假辩友,请无视本人提供的该样本数据,避免没必要的争议。官方数据下载链接如下:

HGDP样本:Human paternal and maternal demographic histories: insights from high-resolution Y chromosome and mtDNA sequences https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJEB4417


这个古羌人样本到底是今天藏缅第一大簇cts1642,还是别的什么,拭目以待。
发表于 2017-12-9 21:49 | 显示全部楼层
吉大论文中引用的HGDP样本做的树形是错误的,所以不太清楚磨沟那个样本到底是M117下哪个支系的。论文的作者我也没有联系到,不太清楚Jiawei Li对应的汉字名字是什么,也没找到邮箱。
 楼主| 发表于 2017-12-9 21:57 | 显示全部楼层
吉大论文中引用的HGDP样本做的树形是错误的,所以不太清楚磨沟那个样本到底是M117下哪个支系的。论文的作者我也没有联系到,不太清楚Jiawei Li对应的汉字名字是什么,也没找到邮箱。
风虎云龙 发表于 2017-12-9 21:49

beast做树肯定价值有限,但做聚类,我觉得还是问题不大的,除非F5下,真的跟所有hgdp样本都没有几个共有的snp。
 楼主| 发表于 2017-12-9 21:58 | 显示全部楼层
不过,吉大没有给原始数据的习惯,自己的分析能力,坦诚的讲,还不如很多业务爱好者,的确很尴尬。
发表于 2017-12-9 22:34 | 显示全部楼层
2# 风虎云龙 李佳伟
 楼主| 发表于 2018-12-7 22:52 | 显示全部楼层
新文献提及,此古羌人样本的确非藏缅高频的cts1642+,而是汉人常见的F438+,另外,内蒙古山戎K12样本也是F438+。
Screenshot_2018-12-07-21-56-20-364_com.duokan.reader.png
发表于 2019-2-22 01:18 | 显示全部楼层
HGDP01225目前已经上YFULL树了。他是M117 α4的。

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发表于 2019-2-22 21:07 | 显示全部楼层
Yungsiyebu 发表于 2018-12-7 22:52
新文献提及,此古羌人样本的确非藏缅高频的cts1642+,而是汉人常见的F438+,另外,内蒙古山戎K12样本也是F4 ...

以前看过一篇文章,说西北方向的早期青铜文化沿半月地带向东北方向移动,看来有可能是人群的迁徙。
发表于 2019-2-25 09:18 | 显示全部楼层
william0509 发表于 2019-2-22 01:18
HGDP01225目前已经上YFULL树了。他是M117 α4的。

QQ图片20190224161849.png QQ图片20190224161842.png
按yfull的树形和isogg的树,那个蒙古族不是应该分到Oα4的上游吗?
发表于 2019-2-28 04:57 | 显示全部楼层
荆蛮汉子 发表于 2019-2-25 09:18
按yfull的树形和isogg的树,那个蒙古族不是应该分到Oα4的上游吗?

ISOGG阿尔法的4上下游一直还没调整,因此YFULL和ISOGG的树形对不上。
发表于 2019-2-28 09:15 | 显示全部楼层
据说尼泊尔也有早期的F438,不知道是不是和磨沟的这些样本接近?
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