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瑞典人的Y单倍群分布和全基因组数据

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发表于 2017-8-28 14:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 cpan0256 于 2017-8-28 14:01 编辑

瑞典的一个研究项目对反映瑞典国度人群分布的一千人做了全基因组测序。其中有506个男性的数据。有人据此统计了瑞典人的Y单倍群分布:

E 1%
G 2%
I 48%
J 2%
N 11%
Q 3%
R 34%

这个项目有公开发表的数据。有兴趣的人可以核对上面的数,也可以细分下游。数据库链接: https://swefreq.nbis.se

研究项目报告题目:
SweGen: a whole-genome data resource of genetic variability in a cross-section of the Swedish population

研究项目报告的全文链接:http://www.nature.com/ejhg/journal/vaop/ncurrent/full/ejhg2017130a.html

按这个统计,I最多,其次是R和N。这三种加起来过90%了。其余E、G、J、Q各有一点。
发表于 2017-8-28 23:52 | 显示全部楼层
北欧-中欧-南欧-PCA-2017.jpg

图中欧洲各地人群差别还是比较明显,不过总的来说, 芬兰人与其他日耳曼系北欧人相对接近一些,而以tuscani为代表的南欧人与其他欧洲人相差比较明显~
发表于 2017-8-29 00:40 | 显示全部楼层
不断提高的全基因组测序WGS真的类似显微镜的发明,可以看出许多信息,比如屁股大的瑞典,其主体民族居然也明显分为南北两大类,同样的还有芬兰人,说明二者都是典型的混血民族,这一点,可能令阿道夫会比较郁闷,呵呵
发表于 2017-8-29 00:52 | 显示全部楼层
文中说:Through the SweGen project described here, we make available a population-based genetic variant data set for the Swedish population. The undertakings of this project were to identify a control cohort that reflects the genetic structure of the Swedish population, ...----------------------------

基本可以回答国内某些专业人士关于“无法通过基因结构区分不同族群”的困惑,呵呵~
发表于 2017-8-29 07:19 | 显示全部楼层
123# white2k

   未必如此。有差异就必然有特异的snp标记或频度,只是目前我们了解的还不够暂时无法标识而已。
当然,我承认中国同一地区许多的不同族裔人群的确难以区分,但是这只是就局部区域性而言。如果泛泛谈论跨区域的不同族裔,用简单的一句无法区分来概述,我认为是不够专业的,起码很不适合一位专业人士在一个影响力较大的公众论坛上给广大爱好者做科普时使用~
imvivi001 发表于 2017-8-23 21:06
.
本文给出的解决方法是:
Structural variation analyses
Manta 1.0.023 was used to call structural variants using the sample-specific, preprocessed BAM files as input. The output VCF files were then converted to BED, treating heterozygous and non-reference homozygous variants identically. Statistics reported here were computed with the help of these files. The 1000 BED files were merged into a single one with summarized variant frequencies, where SVs were considered identical when their type (DEL/DUP/INS/INV) and position (chromosome, start, end) are identical. The resulting file is available for download (see Data availability). To evaluate the efficiency of the SweGen SV data for filtering, the SV variant frequency BED file was recomputed excluding one individual, and the Manta VCF file from that individual was filtered with all events in the recomputed BED file above a given frequency threshold (0.1, 0.5, 1 or 5%), using reciprocal overlaps (100, 95, 75 or 50%) between events as implemented in BEDTools.24 This computation was permuted for all 1000 individuals in the cohort. For insertions, BEDTools only considers the exact insertion site as a definition of event, and hence the reciprocal overlap between events cannot be defined for insertions. SV calling and SV filtering tools are available from the WGS-structvar workflow (https://github.com/NBISweden/wgs-structvar).
发表于 2017-8-30 18:30 | 显示全部楼层
不断提高的全基因组测序WGS真的类似显微镜的发明,可以看出许多信息,比如屁股大的瑞典,其主体民族居然也明显分为南北两大类,同样的还有芬兰人,说明二者都是典型的混血民族,这一点,可能令阿道夫会比较郁闷,呵呵 ...
imvivi001 发表于 2017-8-29 00:40

阿道夫按照今天就是个标准的民科。在这里估计和历史的天空有的一战
发表于 2017-8-30 20:35 | 显示全部楼层
本帖最后由 Manaus 于 2017-8-30 21:24 编辑
阿道夫按照今天就是个标准的民科。在这里估计和历史的天空有的一战
puppymax2 发表于 2017-8-30 18:30
imvivi001说的是Gustav Adolf,瑞典国王古斯塔夫,不是Adolf Hitler

当年纳粹的观点还是很符合现实的,当时考古学发现古代很多伟大的文明遗留下的国王的石像,眼睛被涂上蓝色的颜料,甚至用蓝宝石代替眼睛,说明当时的伟大的古文明的人群(起码上层人士)是浅色素的雅利安人

IMG_3782.jpg

在英语维基百科被称为:Statue of Ebih-Il,ebih-il的石像

The Statue of Ebih-II is a 25th-century BC statue of the praying figure of Ebih-II, superintendent of the ancient city-state of Mari in eastern Syria.

superintendent是总督,提到了praying,是在祈求些什么。是在现今敘利亚东部出土,古代是苏美尔城邦Mari的范围




这个是Buddha:
blue eyes Buddha 06.jpg
发表于 2017-8-30 23:27 | 显示全部楼层

标题

imvivi001说的是Gustav Adolf,瑞典国王古斯塔夫,不是Adolf Hitler
当年纳粹的观点还是很符合现实的,当时考古学发现古代很多伟大的文明遗留下的国王的石像,眼睛被涂上蓝色的颜料,甚至用蓝宝石代替眼睛,说明当 ...
Manaus 发表于 2017-8-30 20:35

除了眼珠,哪一点Nordic了?
发表于 2017-8-30 23:39 | 显示全部楼层
本帖最后由 Manaus 于 2017-8-30 23:48 编辑

记得几年前看某冒险小说,里面提到冒险家去某国的古文明地下神殿,发现石像的眼睛是蓝宝石,然后引起争夺,云云

俺不支持纳粹主义,也不是替纳粹辩护,只是,如果你是1930年左右的德国人,当时考古学发现伟大的古文明的创造者很有可能是蓝眼睛,自然会产生金发蓝眼的优越感。纳粹主义把民族分为三类:文明的创造者、文明的守护者、文明的破坏者,雅利安人是文明的创造者和文明的守护者,而劣等民族则是文明的破坏者。劣等民族的女性和优秀民族男性性交,产下混血,血统被败坏的下一代,令优秀民族血统劣化。或是劣等民族的男性和优秀民族女性性交,例如富有的犹太男性用金钱引诱德国金发女性等

实际上雅利安人同时是文明的创造者、守护者和破坏者,例如毀灭近东、印度、欧洲的古文明
发表于 2017-8-31 17:48 | 显示全部楼层
imvivi001说的是Gustav Adolf,瑞典国王古斯塔夫,不是Adolf Hitler

当年纳粹的观点还是很符合现实的,当时考古学发现古代很多伟大的文明遗留下的国王的石像,眼睛被涂上蓝色的颜料,甚至用蓝宝石代替眼睛,说明当 ...
Manaus 发表于 2017-8-30 20:35

凭眼睛识人种,你比纳粹还民科

咋解释作为纳粹人种最底层的斯拉夫人的蓝眼睛?
发表于 2017-8-31 17:51 | 显示全部楼层
记得几年前看某冒险小说,里面提到冒险家去某国的古文明地下神殿,发现石像的眼睛是蓝宝石,然后引起争夺,云云

俺不支持纳粹主义,也不是替纳粹辩护,只是,如果你是1930年左右的德国人,当时考古学发现伟大的古 ...
Manaus 发表于 2017-8-30 23:39

劣等民族的女性和优秀民族男性性交,产下混血,血统被败坏的下一代,令优秀民族血统劣化。或是劣等民族的男性和优秀民族女性性交,例如富有的犹太男性用金钱引诱德国金发女性等

和爱因斯坦和奥本海默比,哪个德国人算是优秀民族了?民科无处不在啊。伙计你不是历史的天空的小号把?
发表于 2017-8-31 17:55 | 显示全部楼层
本帖最后由 Manaus 于 2017-8-31 18:09 编辑

11# puppymax2

一开始就说了,这是纳粹的观点,不是我的观点,而且一开始就表达俺的个人立场:俺不支持纳粹主义,也不是替纳粹辩护

在纳粹的观点里面,所有雅利安人的古老文明都是因为血统劣化而灭亡,所以说劣等民族是文明的破坏者

纳粹把矛头对准犹太人,新纳粹把矛头对准穆斯林,都是浅色素基督教人群对深色素异教徒的排挤:





发表于 2017-8-31 19:40 | 显示全部楼层
11# puppymax2

一开始就说了,这是纳粹的观点,不是我的观点,而且一开始就表达俺的个人立场:俺不支持纳粹主义,也不是替纳粹辩护

在纳粹的观点里面,所有雅利安人的古老文明都是因为血统劣化而灭亡,所以说 ...
Manaus 发表于 2017-8-31 17:55

哦,那是我误解了不好意思。

所谓纳粹,其实就是民科而已。我是真没见过几个“白人”比奥本海默和爱因斯坦牛逼的。犹太人对科学的贡献不计其数。所谓的低等斯拉夫人也贡献了一大堆科技艺术的天才。
前段时间看了个研究,说罗马对文明的贡献很多是从巴比伦人那里拿的。

民科掌握了权利就成了纳粹。还专门给自己起个名字。就是民科呗
发表于 2017-8-31 20:21 | 显示全部楼层
13# puppymax2


感谢你的回应,感谢你热烈的参与讨论,但注意不要歪楼,楼主的帖子好可怜
发表于 2017-9-17 22:33 | 显示全部楼层
本帖最后由 lindberg 于 2017-9-17 22:34 编辑

欧美人确实对蓝眼睛有一种崇拜情节,就像金发一样,因为纯色的确实不多,大多数人的眼睛即使是偏蓝也还是灰蓝色的。

二战结束时,巴顿将军在写给家人的信中描述了朱可夫元帅,“这个俄国人粗鲁,缺乏教养,身材矮胖,不过他有一双非常迷人的蓝眼睛”。

以前看过一个短篇,讲的是苏俄国内战争的时候,一位红军女战士和一位白俄军官暧昧的故事,那位白俄军官就长着一双蓝眼睛,后来红军女战士大义灭亲击毙那位白俄军官时,还心痛地喊着“我的蓝眼睛”。

无独有偶,在希腊人的历史里,古代希腊或者波斯的旅行者们在和斯基泰人接触时,发现东北边(可能是西西伯利亚和阿尔泰一带)的斯基泰人和黑海及里海附近的斯基泰人体貌不相同,身材矮壮,面部相对较平,但蓝眼隆鼻多须。
发表于 2017-9-17 22:43 | 显示全部楼层
美国黑人女作家有一部小说:The Bluest Eye,讲述黑人女主角渴望拥有蓝眼睛。不知为何书名用的是单数eye而不是复数eyes
发表于 2017-9-17 23:02 | 显示全部楼层
本帖最后由 lindberg 于 2017-9-18 10:22 编辑

北欧国家的I1都比较高,R1b也很高(大多数都应该是U106吧,冰岛的R1b占比最高,应该有相当一部分不是U106,因为冰岛历史上有不少的爱尔兰移民),R1a不低只能排老三,下面的表格数据来自Eupedia,包括北欧国家和波罗的海三国。
Region/
Haplogroup
I1I2*/I2aI2bR1aR1bGJ2J*/J1E1b1bTQN
Denmark3425.515332.5302.5011
Iceland290423420000011
Norway31.504.525.53210.501012.5
Sweden371.53.51621.512.50302.57
     Gotland5005.514.517.50001247.5
Finland2800.553.50000.50061.5
             
Estonia1530.53280102.53.50.534
Latvia611401200.500.50.50.538
Lithuania66138500010.50.542
发表于 2017-9-17 23:07 | 显示全部楼层
本帖最后由 lindberg 于 2017-9-18 00:20 编辑

16# Manaus
可能和前面的形容词最高级有关,也有可能表示眼睛这种器官。
没看过,瞎猜的。
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