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尼泊尔古DNA:Chokhopani C1 1.209x 样本Y-SNP分析

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发表于 2017-8-6 23:50 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2017-8-7 00:03 编辑

Long-term genetic stability and a high-altitude East Asian origin for the peoples of the high valleys of the Himalayan arc
Chokhopani C1 3150-2400 ybp样本,覆盖到1500万+ Y染色体位点,覆盖度1.2x。

还是把所有覆盖到的位点,包括质量较低的,也录入比对。在1000G有突变的位点中,C1样本有81个位点有突变(或者可能有突变),其中与下四个样本有46个共享突变。

Y HG01852 KHV 1 CTS7634 F2188 F317 O3a3b2
Y HG02371 CDX Dai 1 CTS1642* B O3a3b2
Y HG02379 CDX Dai 1 CTS1642 Y7080 O3a3b2
Y HG02391 CDX Dai 1 CTS1642 Y7080 O3a3b2

有差异的位点如下:

#CHROMYYY
POS8170496907334817030339
ID...
REFGCA
ALTACAC
QUAL100100100
FILTERPASSPASSPASS
FORMATGTGTGT
HG01852011
HG02371100
HG023791.1
HG02391100

[size=14.6667px]8170496G->A [size=14.6667px]Z25915是CTS1642的等价位点,样本测试结果如下,虽然只有一个reads,但质量还不错。
[size=14.6667px]chr    pos    ref   reads  results quality
[size=14.6667px]chrY 8170496 g 1 A k

[size=14.6667px]9073348C->CA,样本测试结果如下:
[size=14.6667px]
[size=14.6667px]chr    pos    ref   reads  results quality
[size=14.6667px]chrY 9073348 C 1 .+1A F


[size=14.6667px]17030339A->C FGC7501,[size=14.6667px]样本测试结果如下:

[size=14.6667px]chr    pos    ref   reads  results quality
[size=14.6667px]chrY 17030339 A 1 .+2AC 7


[size=14.6667px]这样看,可能与HG02379 CDX Dai1 CTS1642 Y7080更近,也不排除与HG01852 KHV 1 CTS7634 F2188 F317更近的可能,估计还是CTS1642+概率更高。


数据:http://pan.baidu.com/s/1qXSxJQG



 楼主| 发表于 2019-8-10 16:32 | 显示全部楼层
将M117所有支系定义位点全部提取出来,SRR3222686 Chokhopani C1样本进行比对。

O2a2b1a1a6这层,三个makers都有突变,但CTS9332的78次读取,只有1次阳性。
106        ..C....C..C....C........,,Cc,c..A$............C...G.C.C....$A...........a,,,,,,$,GCGGC....C.C....Cc,.........        sssssssjssassosssssssssssCssVssoJsssosssssssossVsssss`jfsVssskjsssRsssJJJAJ<=JssssssVjssssoossHJFMsosssssk        13643869        O2a2b1a1a6        CTS4658
11        a.,AA......        JjJssosss[e        11881505        O2a2b1a1a6        CTS1642
78        ...,,.,$,,$...,...,..$.........$..,....,.....,,,,,.......,.....................,,T        eoVJFfAAJJosJkM\FsjoddssossKssssssassssssss\sssssss`s9HosRssjssssssssjsMsssJJ0        16721023        O2a2b1a1a6        CTS9332


O2a2b1a1a6a这层,CTS5308的27次读取也只有1次阳性,所以,这个样本是不是CTS5308还不好说。
27        G..........................        ssssssossssossfssssssssssss        14087650        O2a2b1a1a6a        CTS5308


另外,O2a2b1a1a7的可能性也不能排除,也有多个markers是阳性。

TT.....T        sosssos9        6766291        O2a2b1a1a7        Z44052
AAAA.AAA,        sosjssssj        12356284        O2a2b1a1a7        Z44057
.T.,.T...        sssosJFFF        17132913        O2a2b1a1a7        Z44064
A..,,.$A..A..A...AAAAAAAAaa...A.........A......A.A..........,AAA^!.^;.^;.        sooAABsssssossssssssssosGGoossssssssssssssssssJs@sJsssolssoJ111O56        20378810        O2a2b1a1a7a        Z44068
t...$.$.$TTT.....$,,,,,,,,,,,.....$.$.$.,,t,..$.$..............$...$......$.$.$......$.....$..$..........T.....$,,,$,$,,,$,,$,,,,,.......$..$.......$....,,,............$.......,,,,,,,................$......$.$...g.......................,,,...$.....,.G.......G.............,,...T.......$.$...T.,....$...TT..$..........TTT..T...,...........................................................G.........,..................,,,,.........T.T.A........^1.^,.^1.^!.        JssBBdooossoo>sJsJooJJosJsosR;;;oJFFJj;;sVsososo_ssso;`>;Lsoss;;;jsfoo;sonV;s;osakssoogsossjs;JJ;;JA;J;JJFFFmsooss`s`sisooj;jssosFosshsaosssos;ossoVssFJJJFJJssjsssssoss\sss;sossj;;osjFossssosjsosFssoJosossssJJAjodRssssJ^esesjsssssojssssssssssJJssssssosjs;Esfoss<sss;jjssss;sssssssesssssssssojFsscsosssssssVsss^eVossosssosssososssssssRsosssssJssssJsssssssosssssssss`sosMsMs\ofssssoessfssssssRssJJsJsFoooooFj=;;;3        20030992        O2a2b1a1a7b        Z44087


SRR3222686.xlsx

51.45 KB, 下载次数: 5

 楼主| 发表于 2019-8-22 14:29 | 显示全部楼层
最新进展以这个帖子的持续报道为准。

数据太庞大,外网下载一时半会弄不全,先分析了一个run,经过手工分析,发现之前多数的读取都是错误的组装所致,最新的分析把组装的mismatch严格控制在1以内。新的分析结果如下贴。

http://www.ranhaer.com/forum.php?mod=viewthread&tid=39678
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