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尼泊尔古DNA:Chokhopani C1 1.209x 样本Y-SNP分析

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发表于 2017-8-6 23:50 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2017-8-7 00:03 编辑

Long-term genetic stability and a high-altitude East Asian origin for the peoples of the high valleys of the Himalayan arc
Chokhopani C1 3150-2400 ybp样本,覆盖到1500万+ Y染色体位点,覆盖度1.2x。

还是把所有覆盖到的位点,包括质量较低的,也录入比对。在1000G有突变的位点中,C1样本有81个位点有突变(或者可能有突变),其中与下四个样本有46个共享突变。

Y HG01852 KHV 1 CTS7634 F2188 F317 O3a3b2
Y HG02371 CDX Dai 1 CTS1642* B O3a3b2
Y HG02379 CDX Dai 1 CTS1642 Y7080 O3a3b2
Y HG02391 CDX Dai 1 CTS1642 Y7080 O3a3b2

有差异的位点如下:

#CHROMYYY
POS8170496907334817030339
ID...
REFGCA
ALTACAC
QUAL100100100
FILTERPASSPASSPASS
FORMATGTGTGT
HG01852011
HG02371100
HG023791.1
HG02391100

[size=14.6667px]8170496G->A [size=14.6667px]Z25915是CTS1642的等价位点,样本测试结果如下,虽然只有一个reads,但质量还不错。
[size=14.6667px]chr    pos    ref   reads  results quality
[size=14.6667px]chrY 8170496 g 1 A k

[size=14.6667px]9073348C->CA,样本测试结果如下:
[size=14.6667px]
[size=14.6667px]chr    pos    ref   reads  results quality
[size=14.6667px]chrY 9073348 C 1 .+1A F


[size=14.6667px]17030339A->C FGC7501,[size=14.6667px]样本测试结果如下:

[size=14.6667px]chr    pos    ref   reads  results quality
[size=14.6667px]chrY 17030339 A 1 .+2AC 7


[size=14.6667px]这样看,可能与HG02379 CDX Dai1 CTS1642 Y7080更近,也不排除与HG01852 KHV 1 CTS7634 F2188 F317更近的可能,估计还是CTS1642+概率更高。


数据:http://pan.baidu.com/s/1qXSxJQG