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古东北类型Y-DNA,哈拉海沟&牛河梁&姜家梁

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发表于 2017-7-10 13:28 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2017-7-10 15:05 编辑

根据吉林大学古DNA实验室Y-SNP测试结果,绝大多数的古东北类型古代人骨测试结果都携带N-M231标记,但因为吉大测试结果频频出现问题,所有,有必要对其Y-str分型做重新分析,以判断古东北类型Y-DNA的可能组成。

4500-5000年前的哈拉海沟遗址,年代介于红山文化和夏家店下层文化之间。

s1Halahaigou,XiaoheyanInner Mongolia1N231M231N-North
s2Halahaigou,XiaoheyanInner Mongolia1N231M217C3-South
s3Halahaigou,XiaoheyanInner Mongolia1N231M198R1a1
s4Halahaigou,XiaoheyanInner Mongolia1N231M217C3-South
s5Halahaigou,XiaoheyanInner Mongolia1N231M198R1a1


S1号样本,东方匹配样本应当是N为主,不过,更似N北支,不似南支。

No.Populationlocation,fre
N1c1MongolXilin gol Inner Mongolia1
He,內蒙古正鑲白旗MongolMongolia1
s1Halahaigou,XiaoheyanInner Mongolia1
Han     guangxi
Han     guangxi
512UzbekXorezm Region


19385a385b389AB389CD390391392
1311131416241114
1311131416241114
141515241114
1511121415241115
1512161415241115
1511121416241113


393437438439448456458635H4
141410101915172212
141410101915172212
1410161713
131410111915162112
131410111915161912
131411111816172312


哈拉海沟S2和S4样本,匹配样本除了少量西欧亚类型外,基本都是C3,我认为C3南支可能性最大。这组样本要忽略DYS19这个值,因为超出了几乎所有的单倍体群的正常值。

No.Populationlocation,freSNPHalpogroup
2036Hanzhejiang1
2095Hanzhejiang1
2164Hanzhejiang1
2461Hanzhejiang1
2463Hanzhejiang1
2465Hanzhejiang1
2496Hanzhejiang1
3006Hanzhejiang1
3026Hanzhejiang1
NplK36Kathmau1M216C*-M216
H200HanHenan1
Kozha1KazakKazakhstan1E1b1b1
44UighurXinjiang1
HuynhUnknown Origin1C3
HuynhUnknown Origin1C3
ID 25Ningxia Province, China [Hui]Ningxia Province, China [Hui]1
ID 103Ningxia Province, China [Hui]Ningxia Province, China [Hui]1
463JapaneseJapan1
496CampobassoItaly1E1b1b1c-M123
ht65MongolGobi1
s2Halahaigou,XiaoheyanInner Mongolia1N231
s4Halahaigou,XiaoheyanInner Mongolia1N231
44UigurXinjiang1
H527HanHenan1
1111HanHenan1
H147HanJilin1
316KazakhKazaly DistrictM48C2b1a2


19385a385b389AB389CD390391392393
151116131823101114
151122131523101114
151117131723101114
151121141523101114
151122141523101114
151123141523101114
151119141723101114
161117131623101114
161116131723101114
161415141823101113
161121141623101114
151517141823101114
141018131623101113
151111131623101114
151111131623101114
161117131623101114
151111131723101114
151119141623101114
141617131823101113
141011131723101113
101323111113
231113
141018131623101113
151119131723101114
151218141723101114
161117131623101114
161212141623101113


437438439448456458635H4
1410112014172111
1410112015152111
1410112015172211
1410112015152111
1410112015152111
1410112015152111
1410112015152111
1410112015172111
1410112015172111
1410112015172510
14101120141511
14111120151710
1410112015162111
14101120151511
14101120151511
1410112015162111
1410112015162211
1410112015152111
1410112015162311
1410112014172311
1020141610
141020141610
1410112015162111
1410112015152111
1410112015162110
1410112015162011
1410112015172310


S3号样本,扣除DYS19这个超出正常值的值外,基本上都是匹配R1a1样本,其中,阿尔泰Sagsai文化样本,除DYS19外,完全匹配。

No.Populationlocation,fre
NplK70KathmauNepal1
s3Halahaigou,XiaoheyanInner Mongolia1
441UzbekTashkent
480UzbekTashkent
481UzbekTashkent
Sagsai 1400-1100 Ta4Sagsai Altai Mongolie1
Sagsai 1400-1100 Ta10Sagsai Altai Mongolie1

19385a385b389AB389CD390391392393
161214131724111113
101424111113
161115131724111113
161114131824111113
161114131824111113
161114141824111113
161114141824111113


437438439448456458635H4
1411102016162313
1410161612
1411102016162412
1411102016162512
1411102016162512
1411102016162312
1411102016162312


S5匹配样本,也主要是R1a1。
No.Populationlocation,freSNPHalpogroup
GhazniPashtunafghanistan1M17(xM458)R1a1a
NA21095GIH1R1a1
HGDP00302KalashPakistan1
HGDP00307KalashPakistan1
125BresciaItaly1R1a1a-M17(x M458)
273LaSpezia/MassaItaly1R1a1a-M17(x M458)
421MacerataItaly1R1a1a-M17(x M458)
s5Halahaigou,XiaoheyanInner Mongolia1N231
ID0729Hanhenan1
650UzbekFergana RegionM198(xM458)R1a1a(xR1a1a1b1a1)


19385a385b389AB389CD390391392393
151114131726111114
171114131825111113
171114131624111113
171114131624111113
151215131826111114
161114131624111113
161114131725111113
19141214
161115141824111113
171114141725111113


437438439448456458635H4
1411102017162312
1411102017162313
1411102017172412
1411102017172412
1411102017172313
1411102017162313
1411102017162312
92118169
1411102017162413
1411102017162313
 楼主| 发表于 2017-7-10 13:47 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2017-7-10 14:11 编辑

红山文化牛河梁样本1号,吉大SNP定性为C,但从残缺YSTR匹配来看,主要两个匹配类型,东方样本的Q和西方样本G,推测为Q,且不太像M120+。

No.Populationlocation,freSNPHalpogroupSNP excepted
Balkh, Mazar-e SharifHazaraafghanistan1M378Q1b1M242
Balkh, Mazar-e SharifHazaraafghanistan1M378Q1b1M242
Balkh, Mazar-e SharifHazaraafghanistan1M186M1M242
UZ8_61Uzbek-Jawzjan1Q-M242M242
UZ3_4Uzbek-Sar-e-Pol1Q-M242M242
ID63Afghanistan1M242
KH95KazaksAltai Prefecture, Xinjiang1GM201
KH96KazaksAltai Prefecture, Xinjiang1GM201
581MateraItaly1G1-M285M201
KH95KazaksAltai Prefecture, Xinjiang1M201
KH96KazaksAltai Prefecture, Xinjiang1M201
1Niuheliang,HongshanLiaoning1N231M242
302HanHenan1M242

19385a385b389AB389CD390391392393
131416131722101513
131416131722101513
131416131722101513
131416141722101513
131416141722101513
131416131722101513
151414141823101213
151414141823101213
141414121623101313
151414141823101213
151414141823101213
14.21013
131418141722101513

437438439448456458635H4
1413122015162210
1413122015162210
1413122015162210
1413122115162310
1413122115162210
1413122015162210
1610112016162210
1610112016162210
1610122115162110
1610112016162210
1610112016162210
21151610
1413122015162210
 楼主| 发表于 2017-7-10 13:52 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2017-7-10 15:09 编辑

夏家店上层,大前山组:

6daqianshan,xiajiadianInner Mongolia1M117M117O3
8daqianshan,xiajiadianInner Mongolia1M324(xP201)SRY465O2b
1daqianshan,xiajiadianInner Mongolia1CM231N-south
4daqianshan,xiajiadianInner Mongolia1N1cM217C3-South
5daqianshan,xiajiadianInner Mongolia1N1*SRY465O2b



夏家店上层大前山组1号样本,SNP定性为C,但Y-str是典型的N-South,且与姜家梁2个样本比较吻合。

No.Populationlocation,fre
153KoreanKorean1
1daqianshan,xiajiadianInner Mongolia1
JJL40JiangjialiangHebei1
JJL63zJiangjialiangHebei1

19385a385b389AB389CD390391392393
141112141723111413
141114231113
null111214162311null13
null111214162311null13


437438439448456458635H4
1410101814182011
14101814182011
1410101814182011
14null101814182011

夏家店上层大前山组4号样本,SNP定性为N1c,但Y-str更似C3南支,至少更N1c差距较大。

No.Populationlocation,fre
901KoreanKorean1
4daqianshan,xiajiadianInner Mongolia1
H680HanShandong1

19385a385b389AB389CD390391392393
17121313162491114
17121313162491115
17121313162491115

437438439448456458635H4
1410132016162111
1410122115152212
1410122015162211

夏家店上层大前山组5号和8号样本,分别判断为O3*和N1*,匹配结果看,应当是比较典型的O2b。

No.Populationlocation,freSNPHalpogroup
292KoreanKorean1
513KoreanKorean1
532JapaneseJapan1
8daqianshan,xiajiadianInner Mongolia1M324(xP201)
5daqianshan,xiajiadianInner Mongolia1N1*


19385a385b389AB389CD390391392393
15918131523101313
15920141723101313
1599141623101313
15918924239,101313
15231013


437438439448456458635H4
1413121715172012
1413121815182012
1413121715182012
14121714162012
141215182012
 楼主| 发表于 2017-7-10 13:59 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2017-7-10 15:32 编辑

姜家梁Y-DNA:
JJL3JiangjialiangHebei1N1(×N1a,N1c)M231N-south
JJL6JiangjialiangHebei1N1(×N1a,N1c)M231N-south
JJL25JiangjialiangHebei1N1(×N1a,N1c)M231N-south
JJL40JiangjialiangHebei1N1(×N1a,N1c)M231N-south
JJL63zJiangjialiangHebei1N1(×N1a,N1c)M231N-south
JJL9JiangjialiangHebei1N1(×N1a,N1c)M231N-south
JJL10JiangjialiangHebei1N1(×N1a,N1c)M231N-south
JJL11JiangjialiangHebei1N1(×N1a,N1c)M231N-south
JJL16JiangjialiangHebei1N1(×N1a,N1c)M231N-south
JJL29JiangjialiangHebei1N1(×N1a,N1c)M231N-south
JJL36JiangjialiangHebei1N1cM231N-south
JJL37JiangjialiangHebei1N1cM217C3-South
JJL57JiangjialiangHebei1N1cM231N-South
JJL69JiangjialiangHebei1N1cTatN1c
JJL20dJiangjialiangHebei1N1cTatN1c
JJL13JiangjialiangHebei1N1cTatN1c
JJL27JiangjialiangHebei1N1cM231N-south



JJL37 snp定性为N1c,y-str匹配是非常把握的C3。

No.Populationlocation,freSNP
2106Hanzhejiang1
687KoreanKorean1
Ht73XibeLiaoning1
H865HanHenan1
H638HanShandong1
BR576BuryatSiberia1
ID0657Hanhenan1
ID0658Hanhenan1
4KazakhShymkent1M217(xM48)
34KazakhArys1M217(xM48)
38KazakhArys1M217(xM48)
107KazakhArys1M217(xM48)
JJL371N1c


19385a385b389AB389CD390391392
1512191315231011
1612191415231011
1612191415231011
1712201415231011
1612191515231011
1512191315231011
1512191415231011
1512191415231011
1612201315231011
1512201415231011
1612191415231011
1612201415231011
null122414152310null


393437438439448456458635H4
141410142115182110
141410122115172111
141410132115182111
141410132115182110
141410122116172111
141410122115182211
141410132015182011
141410132015182011
141410132115182111
141410122115182111
141410122116172111
141410122116172111
141410122116172111

姜家梁组JJL57,SNP定性为N1c,但从匹配结果看,主要是N-South支。

No.Populationlocation,freSNPHalpogroup
JapaneseJapan1
TJ7_34Tajik-Takhar1N-M231
HGDP01101TujiaChina1
Ht86MongolLiaoning1
H224HanHenan1
ID0340Hanhenan1
H43HanJilin1
Han     guangxi
Han     guangxi
543UzbekXorezm RegionLLY22g(xM178,xM128)N1(xN1c1a,xN1c2a)
JJL57JiangjialiangHebei1N1c

19385a385b389AB389CD390391392393
141112131623101513
151112141923101413
141112131623101413
151112141623101413
141112141723101413
141112141623101313
141112141723101513
151112121623101413
151112121623101413
141112151623101413
null111213172310null13

437438439448456458635H4
1410122014152311
1410121915142412
1410121915142312
1410121914142412
1410122015152411
1410121915142412
1410122015152411
1410121815142312
1410121815142312
1410121915142312
14null12191414null12


JJL69样本确实是比较典型的N1c,应当是对的。

No.Populationlocation,freSNPHalpogroup
khoshuudMongolKalmykia1N1c-Tat
khoshuudMongolKalmykia1N1c-Tat
khoshuudMongolKalmykia1N1c-Tat
khoshuudMongolKalmykia1N1c-Tat
JJL69JiangjialiangHebei1N1c

19385a385b389AB389CD390391392
1411131315231014
1411131315231014
1411131315231014
1411131315231014
null111313152311null

393437438439448456458635H4
131411111914172012
131411111914172012
131411111914172012
131411111914172012
131410101915162112


JJL27样本SNP定性为N1c,Y-str推测更似N-south支。


No.Populationlocation,freSNPHalpogroup
2021Hanzhejiang1
H123HanHenan1
153KoreanKorean1
189KoreanKorea1
KorYH89KoreanSeoul, Korea1M231N
142442John Robert Thomas, Jan 03,  1860, Yokohama, JapanJapan1N
1daqianshan,xiajiadianInner Mongolia1C
H172HanShandong1
JJL40JiangjialiangHebei1N1(×N1a,N1c)
JJL63zJiangjialiangHebei1N1(×N1a,N1c)
JJL27JiangjialiangHebei1N1c


19385a385b389AB389CD390391392393
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发表于 2017-7-10 14:27 | 显示全部楼层
是不是有些西方的R1a与东方的C3的STR很接近?
 楼主| 发表于 2017-7-10 14:31 | 显示全部楼层
是不是有些西方的R1a与东方的C3的STR很接近?
hercules 发表于 2017-7-10 14:27

主要是star cluster那一支。
发表于 2017-7-10 14:38 | 显示全部楼层
吉大尴尬不?不过东北地区古代测出R1a也不敢想象,可能要颠覆某些人的认知了,但有可能str也是错的。
发表于 2017-7-10 15:04 | 显示全部楼层
吉大数据里面有DYS447标记,楼主比较数据时为何没有使用这个标记?
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 楼主| 发表于 2017-7-10 15:10 | 显示全部楼层
吉大数据里面有DYS447标记,楼主比较数据时为何没有使用这个标记?
geoanth 发表于 2017-7-10 15:04

会看一下这个值,但因为数据库中标准yfiler的DYS447是没有的,很少有文献样本测,未加入比对。
 楼主| 发表于 2017-7-10 15:34 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2017-7-10 15:37 编辑

从Y-str匹配结果来看,古东北类型种系,以N南支为主应当问题不大,同时,有部分N1c,以及可能还有一些C3南和Q,甚至还可能有R1a1。
青铜时代夏家店文化下层,应当包括1例M117和2例O2b。河北魏县三关组,Y-str全部失败,O3的把握多高,不确定。
发表于 2017-7-10 15:52 | 显示全部楼层
会看一下这个值,但因为数据库中标准yfiler的DYS447是没有的,很少有文献样本测,未加入比对。
Yungsiyebu 发表于 2017-7-10 15:10

你看这个湖北公安系统用的数据库里就有这个数据。也就算是说你用的数据库跟国内很多机构用的数据库是不同的?你只能获取部分数据?
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 楼主| 发表于 2017-7-10 15:54 | 显示全部楼层
你看这个湖北公安系统用的数据库里就有这个数据。也就算是说你用的数据库跟国内很多机构用的数据库是不同的?你只能获取部分数据?
geoanth 发表于 2017-7-10 15:52

没有用17以外,文献用的试剂不一样,基因坐差异很大,无法统一比较,只有17str各家是统一的。
发表于 2017-7-10 20:04 | 显示全部楼层
没有用17以外,文献用的试剂不一样,基因坐差异很大,无法统一比较,只有17str各家是统一的。
Yungsiyebu 发表于 2017-7-10 15:54

既然你说17str和24str无法直接比较,那么吉大的18str(多一个DYS447)数据跟17str数据库直接比较是不是也没有太大意义?
 楼主| 发表于 2017-7-11 08:15 | 显示全部楼层
既然你说17str和24str无法直接比较,那么吉大的18str(多一个DYS447)数据跟17str数据库直接比较是不是也没有太大意义?
geoanth 发表于 2017-7-10 20:04

通用的17个当然可以,否则ystr就没用了。
发表于 2017-7-11 10:11 | 显示全部楼层
通用的17个当然可以,否则ystr就没用了。
Yungsiyebu 发表于 2017-7-11 08:15


吉大的数据比17str多了一个基因座,湖北公安的24str比吉大数据又多了6个基因座。从数据覆盖的角度说,湖北公安的数据库覆盖了吉大的数据。不过你说吉大数据不能跟湖北公安的数据库比较,因为二者用的试剂不一样。我的理解是吉大用的试剂跟一般人测17str的试剂也不一样,因为吉大多测了一个DYS447. 是不是吉大的试剂虽然跟别人测17str的试剂不一样,但是兼容?
 楼主| 发表于 2017-7-11 10:18 | 显示全部楼层
吉大的数据比17str多了一个基因座,湖北公安的24str比吉大数据又多了6个基因座。从数据覆盖的角度说,湖北公安的数据库覆盖了吉大的数据。不过你说吉大数据不能跟湖北公安的数据库比较,因为二者用的试剂不一样。 ...
geoanth 发表于 2017-7-11 10:11

原因很简单,如果你只匹配两篇文献的数据,你觉得有意义吗?我上边的比对数据有几万个文献样本,其中多数只有17str的标准基因坐。
发表于 2017-7-11 10:39 | 显示全部楼层
原因很简单,如果你只匹配两篇文献的数据,你觉得有意义吗?我上边的比对数据有几万个文献样本,其中多数只有17str的标准基因坐。
Yungsiyebu 发表于 2017-7-11 10:18

搞了半天,你的数据库只有几万样本?是不是这几万样本大多数还是外国人?国内公安部门用的数据库大多了吧?
发表于 2017-7-11 10:45 | 显示全部楼层
搞了半天,你的数据库只有几万样本?是不是这几万样本大多数还是外国人?国内公安部门用的数据库大多了吧?
geoanth 发表于 2017-7-11 10:39
你能搞到公安部门的样本吗?听说法医数据零零总总的加起来有几百万份了。
发表于 2017-7-11 10:51 | 显示全部楼层
你能搞到公安部门的样本吗?听说法医数据零零总总的加起来有几百万份了。
wanhuatong 发表于 2017-7-11 10:45

我是分子人类学外行,我搞不到。我觉得专业人士应该去搞,现在搞不到也要在政协人大每次都提建议。
 楼主| 发表于 2017-7-11 10:57 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2017-7-11 10:58 编辑
搞了半天,你的数据库只有几万样本?是不是这几万样本大多数还是外国人?国内公安部门用的数据库大多了吧?
geoanth 发表于 2017-7-11 10:39

我只东方样本,文献公布的有几万分。

公安部未公布的数据有上百万,但无法授权进入。
但这与主贴没什么关系,几万样本也足够分型了,更何况法医样本只有str没有snp,对分型没什么帮助。
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