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南阳古氏 C3南支 F845+K511- 1.3X全基因组

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发表于 2016-7-5 12:55 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 阳春巴人 于 2017-6-26 15:27 编辑

我是南阳唐河古氏
前段时间在老永那里测了1.3X全基因组,分析出来父系为C3南F845+K511-

母系是D5b1a1
73, 150, 263, 309+C, 310, 456, 489, 681, 750, 1048, 1107, 1438, 2706, 3105d, 4769, 4883, 5153, 5178, 5301, 6253, 7028, 8701, 8860, 9180, 9540, 9708, 10397, 10398, 10400, 10873, 11719, 12705, 13437, 14766, 14783, 15043, 15301, 15326, 15724, 16167, 16182+C, 16183, 16189, 16223, 16362, 16519

在此分享我的1.3X全基因组BAM数据文件,希望各位大哥帮我分析下游

链接:http://pan.baidu.com/s/1mizurzy 密码:tjah

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发表于 2016-7-5 16:32 | 显示全部楼层
C-CTS9611 * CTS3151 * CTS1384+240 SNP-
C-F3393K30 * F1171 * K35+8 SNP-
C-M217CTS10628 * Z3952/FGC16191 * Z1451/CTS8325+181 SNP-
C-F1067F1067 * F8075/Y12941/Z12210 * F6500/Y12938+11 SNP-
C-F2613Z1318/F1506 * F1970 * Z1306/CTS336+297 SNP-
C-F845CTS10923 * F5480/Z12273 * Z12263+40 SNP-
C-K511K536 * K538 * K540+31 SNPs
id:HG02381CDX
id:HG02373CDX
发表于 2016-7-5 16:33 | 显示全部楼层
发现的类型少
发表于 2016-7-5 20:43 | 显示全部楼层
我的近亲,在F845下面你和我一支,太难得。
发表于 2016-7-5 20:45 | 显示全部楼层
8093405
14594423
15871744
19466191
22755217
发表于 2016-7-5 20:46 | 显示全部楼层
建议再测BIGY或FGC
发表于 2016-7-6 10:04 | 显示全部楼层
如果对比样本可以列出private snp,~1.3x全基因组数据,进行非常细的亲缘关系对比已经基本够用。

低覆盖率数据,扣私有突变,最近我们的设计思路也大致有了个眉目,应当程序很快可以设计出来。
发表于 2016-7-6 10:05 | 显示全部楼层
8093405
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19466191
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ccdk 发表于 2016-7-5 20:45

列出的私有位点,均覆盖到了,且均有突变,很巧,可以定义一个新的下游分支了。
 楼主| 发表于 2016-7-6 18:22 | 显示全部楼层
与NA19079 JPT和HG02141 KHV的私有位点做了一下对比
  
NA19079 JPT
  
  
Gu
  
  

  
  
7707409
  
  
TT
  
  
无突变
  
  
8886122
  
  
TT
  
  
无突变
  
  
9109635
  
  
TTTT
  
  
无突变
  
  
15558479
  
  
T
  
  
无突变
  
  
16215735
  
  
A
  
  
无突变
  
  
17301267
  
  
GG
  
  
无突变
  
  
17703291
  
  
GGGGGGGG
  
  
无突变
  
  
18157486
  
  
GGGG
  
  
无突变
  
  
21276649
  
  
CC
  
  
无突变
  
  
21966323
  
  
CC
  
  
无突变
  
  
22180855
  
  
TT
  
  
无突变
  
  
23425395
  
  
*
  
  
?
  
  
23602581
  
  
CC
  
  
无突变
  
 楼主| 发表于 2016-7-6 18:23 | 显示全部楼层
  
HG02141  KHV
  
  
GU
  
  

  
  
7681708
  
  
CC
  
  
无突变
  
  
7844468
  
  
T
  
  
无突变
  
  
9817747
  
  
G
  
  
无突变
  
  
18038905
  
  
GGG
  
  
无突变
  
  
18101964
  
  
T
  
  
无突变
  
  
19263386
  
  
GGG
  
  
无突变
  
  
21507523
  
  
TTTT
  
  
无突变
  
  
28716069
  
  
AA
  
  
无突变
  
发表于 2016-7-6 19:41 | 显示全部楼层
列出的私有位点,均覆盖到了,且均有突变,很巧,可以定义一个新的下游分支了。
Yungsiyebu 发表于 2016-7-6 10:05
应该是他的40多个私有位点中,现在可以对比的共享点有5个。
发表于 2016-7-7 12:11 | 显示全部楼层
这位朋友的私有突变方便公布一下吗?最近两批样本,好几个F845+
发表于 2016-7-7 13:49 | 显示全部楼层
13# Yungsiyebu
已通过楼主转发。
 楼主| 发表于 2016-7-7 14:19 | 显示全部楼层
14# ccdk
非常感谢
发表于 2016-7-7 14:51 | 显示全部楼层
谢谢!我把手上的几例样本对比一下。
 楼主| 发表于 2016-7-7 18:50 | 显示全部楼层
本帖最后由 阳春巴人 于 2016-7-17 19:46 编辑

与论坛ccdk    YF04095的私有位点做了一下对比,他的私有位点我只能找到13个,其中有5个共享位点
  
YF04095

  
  
GU

  
  


  
  
7031433

  
  


  
  
无突变

  
  
8093405

  
  
AA

  
  
突变

  
  
8264092

  
  


  
  
无突变

  
  
8646818

  
  


  
  
无突变

  
  
14236506

  
  


  
  
无突变

  
  
14594423

  
  
TTTT

  
  
突变

  
  
15871744

  
  
GG

  
  
突变

  
  
16361508

  
  


  
  
无突变

  
  
17533902

  
  


  
  
无突变

  
  
17953570

  
  


  
  
无突变

  
  
18958136

  
  


  
  
无突变

  
  
19466191

  
  
TTT

  
  
突变

  
  
22755217

  
  
TTT

  
  
突变

  
发表于 2016-7-7 19:26 | 显示全部楼层

标题

17# 阳春巴人
恭喜你,进步很大,分析的和Owen大师之前发给我的一样。
发表于 2016-7-8 08:48 | 显示全部楼层
约~3800年前共祖。
发表于 2016-7-8 11:36 | 显示全部楼层
约~3800年前共祖。
Yungsiyebu 发表于 2016-7-8 08:48

我想问一下永老师,我认为不管是C3南支还是北支都是北方起源的,请问这样说有依据吗?而且C3似乎和其他南方的C系也分离了很久,这是否说明C3的祖先也是走北线来到东亚的?
发表于 2016-7-9 00:31 | 显示全部楼层
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