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F5+ CTS1642+ CTS5308+样本一例,~1.3x全基因组数据

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发表于 2016-3-19 21:10 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2017-7-19 10:31 编辑

CTS1642+ CTS9713+,目前,千人基因组样本一例是北京汉族CHB,一例是西双版纳傣族。根据千人基因组2013.5月公布的一组VCF格式的y-dna数据,分别将两例样本的private snp筛选出来进行比对,结果,覆盖到的位点,两个样本均未见共享的突变,因此,可以归入第三支CTS1642+ CTS9713+ C。

~1.3x全基因组数据,y-dna平均的覆盖率大约在20-30%,不知道为什么要比常染色体、X染色体的覆盖率低不少,但即使如此,还是很提供非常丰富的信息,毕竟5900+万位点,20-30%覆盖率也是庞大的信息。具体到CTS1642+这个样本,覆盖到的情况如下,其中字母如AAAA表示该位点读取到的碱基序列和次数,AAAA代表四个读取数据都是A,后一格代表是否有突变,Yes表示有突变,No表示没有突变。

14573108位点读到CCC,即3次读取都为C,未见突变,这个要核对一下,是否这个点并非CTS1642的等价点。

因为覆盖率低,按标准的科研工具call snp,call出来的snp比例非常低,目前又没有找到一个较好的工具可以把所有reads到的碱基序列全部call出来,所以,还是笨方法,用可视化工具直接检索Bam文件。
一个点一个点的检索。有好的解决办法的朋友,欢迎多多指教。


7732673CTS1642
8170496AYes
14002211CYes
14145633
14341149
14573108IndelYes
15755749CYes
16969079AYes
17592629
17778675AYes
18819797
18832903
23030542
23088633


7270537CTS1642  CTS9713
13929725TTTyes
16199530Gyes
19034307


7184906CTS1642 CTS9713 ANA18530 CHB
8280767GNo
8362273TTTTNo
8460259
8546184
9441044
14141255
15008843
16030679
16189299
16296265
16344743
17581966ANo
17719192GGNo
21200258GGNo
21206718
21277714
22734885TNo
23040316GGNo
23630235GGNo


7167418CTS1642 CTS9713 BHG00881 CDX
7765756
8261193
8416957CCNo
8589195GGNo
13894399ANo
14425862AAAANo
15041307
15431623
15551145ANo
15758975
15762873TNo
15895588GNo
17117032AANo
17778821
17908184
18122206
18914713
18952185TNo
19104641GGGNo
21187844
21587913CCNo
21631063
21684356
22006130
22555500AANo
22815719
22957617
23122071CCNo
23498316CNo
 楼主| 发表于 2016-3-19 21:27 | 显示全部楼层
CTS1642+,如之前所述,目前的str推测情况看,应当是藏族和缅甸的主流类型,藏族和傣族的应当主要或者至少包括较高比例的CTS1642+ Y7080+,缅族则主要是CTS1642+ Y7080-,具体细分类型,我还没有看BAM文件,哪位分析过,请分享一下结果。

汉族偶见CTS1642+样本,但因为样本量过少,也很难讲某些区域CTS1642+的汉族F5样本可能也很多,这个要等待更多证据。

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 楼主| 发表于 2016-3-19 22:20 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2016-3-19 22:30 编辑

千人基因组只有傣族样本有str数据,另一例北京汉族的还没有放出来,以这例傣族样本的str,仅查看相差一部突变的样本,所得样本如附图。

藏族,孟加拉garo,马拉西亚和韩国样本,但未见相差一步的汉族样本。三个韩国样本在DYS390和DYS635这个2个低突变率位点有不同,所有,把握性略低,其他藏缅系族群,把握性还是非常大的。

衡量了一下,去除韩国样本,把握性很低,不录入了。

另一例CHB的str,千人组公布的数据还没有更新str信息,哪位已经找到或者自己分出来了str,麻烦分享一下。

本帖朋友是汇泽的str数据,很多位点很有问题,判断M117+尚可,细分类型参考价值就非常小了。
cts1642 2.png
 楼主| 发表于 2016-3-19 22:49 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2016-3-19 22:55 编辑

更新一下信息,原来这个14573108位点是一个INDEL,3个reads中,的确有一个indel,另外,两个是不是不同区域的碱基片段map进来的,看bam没什么经验,大家一起分析下。
Y14573108.CTCTCTTC100PASSAA=CTCTCTT;AC=13;AF=0.0105434;AN=1233;DP=3982;NS=1233;AMR_AF=0;AFR_AF=0;EUR_AF=0;SAS_AF=0.0077;EAS_AF=0.0451;VT=INDELGT
Indel.jpg
发表于 2016-3-20 17:30 | 显示全部楼层
测试者是哪里人?
 楼主| 发表于 2016-3-20 23:38 | 显示全部楼层
测试者是哪里人?
风虎云龙 发表于 2016-3-20 17:30

授权公布,这位就是本坛的我不在线网友,世居山东,王氏。
发表于 2016-3-21 10:06 | 显示全部楼层
授权公布,这位就是本坛的我不在线网友,世居山东,王氏。
Yungsiyebu 发表于 2016-3-20 23:38
折腾了大半年,王兄终于测出下游了。可惜现在YFull里还没有对CTS1642的共祖年间推算数据,略带点遗憾。
发表于 2016-3-21 10:19 | 显示全部楼层
可惜没有可信的STR数据
发表于 2016-3-21 22:21 | 显示全部楼层
7# william0509 [/b   是啊,很兴奋的感觉。不知道我这类型汉族乃至全世界人数有多少啊

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发表于 2016-3-21 22:23 | 显示全部楼层
7# william0509 是啊,很兴奋啊,不知道和我一样的类型有多少人啊,我这是新发现的类型
发表于 2016-3-21 22:24 | 显示全部楼层
8# 风虎云龙
发表于 2016-3-21 22:25 | 显示全部楼层
8# 风虎云龙 [/b这个应该比str更详细啊
发表于 2017-2-27 09:21 | 显示全部楼层
7# william0509 是啊,很兴奋啊,不知道和我一样的类型有多少人啊,我这是新发现的类型
我不在线 发表于 2016-3-21 22:23

CTS1642在中国乃至整个东亚(主要是偏南区域)人数颇为可观。至于 CTS9713,在整个东亚也有一定的频度~
 楼主| 发表于 2017-2-27 21:38 | 显示全部楼层
如果微基因的芯片错误率不足以造成大规模分型预判错误,无疑,藏缅高频的cts1642也是汉族最主要的F5分支之一。

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发表于 2017-2-27 22:09 | 显示全部楼层
9# 我不在线 家住山东哪个县?有家谱吗?从何处迁来?明初山西大槐树吗?
发表于 2017-8-21 18:15 | 显示全部楼层
如果能对比出同藏缅5308共祖,就可得出汉藏分离的一个时间区间

5308有个重要特点,产生后一部分向东走成汉族,而一部分向西南走成藏缅,东西5308最后共祖时间当最接近汉藏分离时间
(东西3000年前想混的概率不大)

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发表于 2017-9-7 00:41 | 显示全部楼层
15# wzclone 山东聊城东阿县,我爷爷自曲阜迁来,曲阜王氏同宗2百年前自德州庆云县王皇村迁来,王皇村始祖王文义明朝永乐年间自寿光河南头王村迁来(现在叫东河村了),德州那边还有家谱。按家谱来看是山东老土著,对了我老爷爷亲兄弟闯关东自曲阜去了东北,后代就没有联系了。
发表于 2017-9-7 05:42 | 显示全部楼层
王兄这次没有参加高通是有点可惜啊,说不定你和潍坊李兄更近呢.
 楼主| 发表于 2017-9-7 16:25 | 显示全部楼层
王兄这次没有参加高通是有点可惜啊,说不定你和潍坊李兄更近呢.
william0509 发表于 2017-9-7 05:42
潍坊的private snp公开就可以比对,1.5x也覆盖了很高比例的private snp。
发表于 2017-9-7 20:35 | 显示全部楼层
17# 我不在线 测下高通呗,咱们不知多少年共祖。3千年以内很正常,如果3千年以上那就有意思了。
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