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回族 J2-PF5116*(xZ6065,L558) 1.3x全基因组

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发表于 2016-1-6 11:33 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2016-1-8 22:45 编辑

暂时未得到授权公布个人信息,仅公布籍贯民族, 青海省门源回族自治县,回族。
Ref Hg19就是R1b,逻辑没理顺清楚,错误分型。待细分一下。谢严博更正。

先看数据,结果很出乎意料,R1b-S116*,除了DF99这支因为只有一个marker,碰巧没有覆盖到这个位点(但下游两个主要分支突变均为阴性)之外,其他目前yfull列出的主流S116分支,结果均为阴性,因此,暂时归入极为罕见的R1b-S116*。

Refresult
RM79522934109G
M73418066156TC突变
P28519267344A
CTS362215078469C
P2298050994C
M20715581983GA突变
M79222818334TCC突变
M76421263029A
F476868118A
P22417285993TCC突变
R1bM3432887824AC突变
PF62467948701TG突变
L8227960019A
CTS861218109555ACC突变
R1b-M73M7321888874G
M47823444054TT无突变
R1b-M269M26922739367C
CTS1146823124367TGGG突变
PF649520828795A
PF64379392948TC突变
R1b-Z2103Z21037186135G
Z210515747432C
M1214914629851GGG无突变
Z813018383837C
Z210717428984TT无突变
R1b-L51L518502236AGG突变
PF65355465148A
PF64146032961GA突变
R1b-L151L15116492547T
P31018907236CAAA突变
R1b-U106U1068796078CC无突变
R1b-S116S11622157311ACCCCC突变
R1b-U152U15215333149CC无突变
R1b-DF27DF2721380200GG无突变
R1b-L21L2115654428CC无突变
R1b-L238L23821253443A
Z22443270481CCC无突变
R1b-DF19DF1914301499GGG无突变
R1b-DF99DF998829491C
R1b-DF99-Y2832Y28327757479CG无突变
Y28344199952T
Y283314008320G
R1b-DF99-Y5047Y504721501541GGGGG无突变
R1b-Y17221Y172216876987GGGGG无突变
R1b-Y18209Y182092873649G
Y1821322102457GG无突变
发表于 2016-1-6 11:46 | 显示全部楼层
当年来的传教士好几千,差不多占当时青壮年男子总数的万分之一了,出现个例不稀奇
 楼主| 发表于 2016-1-6 11:56 | 显示全部楼层
S116是意大利-凯尔特系族群的主要标记,大约5000年共祖,很年轻。但这例样本基本上不属于任何一个已知的S116支系,这个很出乎意料,需要检索一下相关近东、西亚和中亚族群的S116情况。
发表于 2016-1-6 12:45 | 显示全部楼层
暂时未得到授权公布个人信息,仅公布籍贯民族, 青海省门源回族自治县,回族。先看数据,结果很出乎意料,R1b-S116*,除了DF99这支因为只有一个marker,碰巧没有覆盖到这个位点(但下游两个主要分支突变均为阴性)之 ...
Yungsiyebu 发表于 2016-1-6 11:33
老永,你完全解讀錯了。。。

M207、M343都是在hg19那個ref樣本的那支上,ref樣本就是R1b的,
比如M207在ref是G,是A>G的突變,M343在ref是A,是C>A的突變。
因此這個樣本實際是M207-, M343-,根本不是R。
 楼主| 发表于 2016-1-6 13:00 | 显示全部楼层
老永,你完全解讀錯了。。。

M207、M343都是在hg19那個ref樣本的那支上,ref樣本就是R1b的,
比如M207在ref是G,是A>G的突變,M343在ref是A,是C>A的突變。
因此這個樣本實際是M207-, M343-,根本不是R。
polyhedron 发表于 2016-1-6 12:45


谢严博,ref Hg19
R1b,这回弄清楚逻辑了。
发表于 2016-1-6 14:16 | 显示全部楼层
還有,hg19並不是完全的R1b,還有一小部分G2a3拼的。
 楼主| 发表于 2016-1-6 19:53 | 显示全部楼层
還有,hg19並不是完全的R1b,還有一小部分G2a3拼的。
polyhedron 发表于 2016-1-6 14:16

受教了,真没认真看过hg 19的资料。
发表于 2016-1-7 08:45 | 显示全部楼层
6# Yungsiyebu 你可以繼續call一下到底是什麼吧?
 楼主| 发表于 2016-1-7 09:59 | 显示全部楼层
6# Yungsiyebu 你可以繼續call一下到底是什麼吧?
polyhedron 发表于 2016-1-7 08:45

东方常见类型以外的marker信息还没录入系统,手工粗查了几个点,应当是J2,稍候验证一下。
 楼主| 发表于 2016-1-8 22:18 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2016-1-8 22:22 编辑

手工分型的结果是:J2-PF5116*(xZ6065,L558)

MakersPOSRefResultMutation
J2PF492018978214CGGGGyes
M102M10221926112GGNo
M401M4012751678AGGGGGGyes
M401 PF5008PF50087691561T
PF503917887537T
PF505022007097CCCCCCNo
M401 PF4610PF461022757708G
CTS440315632637GTyes
M401 PF4610 Z6046Z604614634126A
S2376121951018TTTTNo
M401 PF4610 L26L2622942897T
CTS1071122715995CTTTyes
M401 PF4610 L26 Z6064Z606421260216
Y701422443909
Z2785217262712
Z2789322129106
Y1896817731951G
Z2852818153350TTNo
M401 PF4610 L26 PF5087PF50877284302CGGYes
PF50888107430TCCYes
M401 PF4610 L26 PF5087 PF5160PF51608265737G?
Z22202687198G
Z22218265737G
Z222223141753A
Z22375505240G
M401 PF4610 L26 PF5087 PF5116PF51164065584GAYes
M401 PF4610 L26 PF5087 PF5116  PF5119PF51197825861C
PF51228584780ATTYes
Z22243311554CTYes
Z222821607985T
PF51197825861C
Z222922107312T
PF51279814308C
PF51238595006T
M401 PF4610 L26 PF5087 PF5116  PF5119 Z6065Z606518182306GGNo
Z606622236103CCNo
M401 PF4610 L26 PF5087 PF5116  PF5119 L558L55810008614CCNo
CTS480015830461G
Z223123535766CCCCCNo
J-PF5116.jpg
Marker.jpg
发表于 2016-1-15 18:29 | 显示全部楼层
就个人感觉而言,想要测出回族的独特性,还是挑选一些姓氏测,比如马、哈、纳、摆、喇等姓氏。如果测回族的张、王、李、赵、刘等姓氏,绝对与汉族无大的区别。
发表于 2016-1-15 21:39 | 显示全部楼层
就个人感觉而言,想要测出回族的独特性,还是挑选一些姓氏测,比如马、哈、纳、摆、喇等姓氏。如果测回族的张、王、李、赵、刘等姓氏,绝对与汉族无大的区别。
鹧鸪天 发表于 2016-1-15 18:29

马在北方汉人里也是大姓,你知道的
发表于 2016-1-16 02:23 | 显示全部楼层
"手工分型的结果是:J2-PF5116*(xZ6065,L558)"
测出星就麻烦了,停留在16000年前的共祖阶段。不过,对一般人来说可能够用了。
 楼主| 发表于 2016-1-16 11:29 | 显示全部楼层
就是因为没有更多的比对样本,其实,家族私有突变还是覆盖的不错的,不过,也有技术问题,因为二代测序读长太短,可以call出来的snp数量极为庞大,其中绝大多数应当是x的同源序列,几乎无法用一个可以规范的算法机器判断哪些真正是ydna的突变,而不是x的突变。
发表于 2017-9-14 15:27 | 显示全部楼层
我是回族啊,在WeGene测的结果是R1b1a1a1,看这个贴
http://www.ranhaer.com/thread-35894-1-1.html
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