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汉藏分离年代:M117+ F5+ M1706+ CTS1624+

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发表于 2015-2-28 13:45 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2015-2-28 14:03 编辑

Yfull当前的细分树有问题,比如HG02355傣族样本被yfull划为最早分离的样本,但事实上,该样本携带Y7080等标记。修正的树及突变标记如图二。
Yfull当前给出的M1706最近共祖年代为7,900年前,复旦给出的上游F5的年代为5,400年前,M1706未给出,我们假设非常接近5,400年前。这样,估算几个分支的最近共祖年代。

M117+ F5+ M1706+ CTS1624+
--- 第一支【傣族、北京汉族】:[size=13.63636302948px]M117+ F5+ M1706+ CTS1624+ CTS9713+,TMRCA为5,600年前或者3,800年前。
[size=13.63636302948px]--- 第二支【傣族、越南、汉族】:[size=13.63636302948px]M117+  F5+  M1706+  CTS1624+  [size=13.63636302948px]Z2593+,[size=13.63636302948px]TMRCA为5,700年前或者3,900年前。
[size=13.63636302948px]     --- 第二支分支【傣族、越南】[size=13.63636302948px]M117+  F5+  M1706+  CTS1624+ [size=13.63636302948px]Z2593+, Y7080+,[size=13.63636302948px]TMRCA为2,700年前或者2,100年前。

[size=13.63636302948px]另外,HGDP汉族样本一例,数据尚未录入,但也携带Y7080等突变。
M1706+ CTS1624+ Yfull.jpg
M1706+ CTS1624+.jpg
发表于 2015-2-28 14:37 | 显示全部楼层
老师帮我看看  我是什么细分类型   
位点序号 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
位点名称 DYS19 DYS385a DYS385b DYS388 DYS389I DYS389II DYS390 DYS391 DYS392 DYS393
结果数据 14  12  19  10  12  29  25  10  14  12  
  位点序号 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
位点名称 DYS426 DYS437 DYS438 DYS439 DYS447 DYS448 DYS460 H4TAGA YCAIIa YCAIIb
结果数据 11  15  11  12  23  20  9  12  15  16  

(注:我们的数据标准主要依据NIST,其中DYS439和H4位点与FTDNA是一致的。)
发表于 2015-2-28 14:44 | 显示全部楼层
我没怎么看懂,是下图的意思吗? SSSDD.gif
 楼主| 发表于 2015-2-28 14:45 | 显示全部楼层
根据韩国2015年最新发布论文估算的17 y-str突变率,锁定突变率低于0.0027的位点,筛选疑似Y7080+样本。具体匹配如下:


Haplotype and mutation analysis for newly suggested Y-STRs in Korean father–son pairs



refNo.Populationlocation,fre
41844Hanzhejiang1
46Tib36TibetTibet1
10834TibetanTibet1
HGDPHGDP00778HanChina1



19385a385b389AB389CD390391392393437438439448456458635H4
1413171216251114121511142015182012
1413171316251114121511122015182012
1413171316251114121511122015182012
1413171216251114121511132015192112
发表于 2015-2-28 14:51 | 显示全部楼层
O3a2c1a应该是M117吧?“formed 16800 ybp, TMRCA 14300 ybp”,两个年代是什么年代?前面是突变发生年代、后面是样品所测得的共祖年代?

O-Y23那团黑色团块里面有F5(“F5/M1514”),所以O-Y23应该就是F5?
发表于 2015-2-28 14:52 | 显示全部楼层
4# Yungsiyebu    
老师,是回复的我吗,看不懂啊。我这类型是大簇吗,和谁同宗啊,谢谢
 楼主| 发表于 2015-2-28 14:52 | 显示全部楼层
我没怎么看懂,是下图的意思吗?41647
隆攀gdzq 发表于 2015-2-28 14:44

还没有F5+, M1706-样本报道,暂时可以假定二者等价,根据复旦的估算,判断M1706共祖年代约为5,400年前。
发表于 2015-2-28 15:21 | 显示全部楼层
本帖最后由 隆攀gdzq 于 2015-2-28 15:25 编辑

7# Yungsiyebu O-Y23的黑色团块里面有F5(“F5/M1514”)。

黑色团块里面所表示是好像是世界各地不同测试单位所使用的标记?或者是指
O-Y23包含有黑色团块中的突变类型?

既然O-Y23当中已有F5,不管是否为M1706-,但F5在“formed 16800 ybp, TMRCA 14300 ybp”这个时间段应该已经诞生了。复旦估算、判断的是M1706的共祖年代约为5,400年前,通过对比看出,复旦得到的共祖年代似乎都偏小,如F46等,都相差有一大截,可能与所收集的样品局限性有关?
发表于 2015-2-28 15:29 | 显示全部楼层
复旦计算F46 TMRCA的年龄是6500,YFull计算为6600,相差倒不大。差距大的是F11和F5的。
 楼主| 发表于 2015-2-28 15:41 | 显示全部楼层
7# Yungsiyebu O-Y23的黑色团块里面有F5(“F5/M1514”)。

黑色团块里面所表示是好像是世界各地不同测试单位所使用的标记?或者是指
O-Y23包含有黑色团块中的突变类型?

既然O-Y23当中已有F5,不管是否为M1 ...
隆攀gdzq 发表于 2015-2-28 15:21

算的是共祖年代,千人组样本全部都是F5+,M1706+,估计复旦的样本也是如此,否则不会讲F5直接呈现星状扩散的特征了。因此,基本上可以说,当前样本,F5和M1706可能是等价的突变。
发表于 2015-2-28 15:48 | 显示全部楼层
本帖最后由 Tocharian_2 于 2015-2-28 15:59 编辑

YFull关于O3a2c1a的年龄以及相关下游的年龄完全是根据YF2460一个样本算出来的。千人组样本没有参与估算。同样,Y-20及其特定下游,JST-002611及特定下游的年龄也都是由一个样本算出来的。

而我不明白7900年与5300(Y8387)MRCA年龄是怎么算出来的。假定O3a2c1的分离年代确为16800年;按照YF2460Y-report(只数绿色即positive SNP);并假设每个SNP对算年龄有同样的权重,得不到这两个年龄。

Admin的回复We are counted notall SNPs from the Y-Tree. In same time we are counting some SNPs have not beenshown on the Y-Tree.” 不知道其挑选的标准如何。只有文章发出来才会知道。而且后半句话,我感觉YFull对Big-Y样本每个层次的SNP报道得还是比较全的(千人组的是很不全)。
YF2460.jpg
 楼主| 发表于 2015-2-28 17:52 | 显示全部楼层
找了半天一直没看到HGDP的数据是怎么查的?官网给的数据,Page23 rs34893929都没有检索到。
 楼主| 发表于 2015-3-4 13:23 | 显示全部楼层
算的是共祖年代,千人组样本全部都是F5+,M1706+,估计复旦的样本也是如此,否则不会讲F5直接呈现星状扩散的特征了。因此,基本上可以说,当前样本,F5和M1706可能是等价的突变。
Yungsiyebu 发表于 2015-2-28 15:41

刚说完没多久,yfull已经更改了树,将F5和M1706划为等价的snp了。

http://www.yfull.com/tree/O-M1706/
 楼主| 发表于 2015-3-8 02:23 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2015-3-8 02:44 编辑

http://evolbio.ut.ee/chrY/
M117+,F8+,F5+,CTS1642+:  GS000027457, GS000027458, GS000027461, GS000027464

缅甸样本果真包括CTS1642+,汉-藏缅分离历史的谜底离解开不远了。。。

raw data已经公开,稍后具体看一下。
 楼主| 发表于 2015-8-1 16:40 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2015-8-1 16:42 编辑

Y7080筛出来的疑似样本。在千人组Y7080样本中间值附近浮动,没有筛到藏族样本。
Y7080 samples.png
 楼主| 发表于 2015-8-16 10:44 | 显示全部楼层
补充,以HGDP00778样本筛选到的疑似Y7080+样本。
QQ图片20150816104142.png
 楼主| 发表于 2015-8-16 19:33 | 显示全部楼层
HG00881CDX 17 y-str筛选的样本。
QQ图片20150816192626.png
发表于 2016-12-10 00:51 | 显示全部楼层
回头看一下,一年前云老师关于共祖时间的判断误差颇大,看来难以支持他之前一直期盼的南方M117青铜时期北方南下论的观点。
我的判断是:F5+主要支系,大约在3000年前后,也即商周交替之际,才开始在藏缅和汉语族之间陆续分化,这个时期的F5是从中原前往西北,并由西北迁徙到东南亚和南亚,还是从西北出发,分别向中原和西南迁徙,我想考古和人骨证据已经很清晰了。...
Yungsiyebu 发表于 2015-3-9 00:40
发表于 2016-12-10 01:23 | 显示全部楼层
目前来看,汉藏分离基本就是一个伪命题,尽管二者的确在语言方面共享不少底层词汇,而这种同源性,极有可能与CTS1624以及其语言高度相似的兄弟支系的大扩散有关。而这个大规模的扩散,如不出意外,应该与新石器时期的某个或某几个关系密切的强势文化扩散密切相关~
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