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楼主: 风虎云龙

O3-M122 SNPs演化树

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发表于 2015-3-12 19:38 | 显示全部楼层
189# 风虎云龙
推测F5诞生于湖南
隆攀gdzq 发表于 2015-3-12 19:17

广东肇庆的O2a莫姓也有可能是起源于湖南吗?湘南还是湘北?还是广东“莫”氏家谱所说的河北巨鹿呢?
发表于 2015-3-12 19:57 | 显示全部楼层
192# 无善
不是我定高的,都是人家统计学上的数据,有个置信区间在里面,总不能斩钉截铁地去看那一年吧。
发表于 2015-3-12 19:59 | 显示全部楼层
191# snelheid
要是哪个宗兄去测下与我通下结果就好了
发表于 2015-3-12 20:06 | 显示全部楼层
191# snelheid  
要是哪个宗兄去测下与我通下结果就好了
隆攀gdzq 发表于 2015-3-12 19:59

目前尚无同姓结果。就知道亚洲O2a根部起源于湖南的概率无限趋近于零;江西O2a虽多但也不大可能是原乡,只是有很大一部分跟吴城文化的剧烈扩张有关
发表于 2015-3-12 20:19 | 显示全部楼层
195# snelheid
我也是第一次从你这里听说O2a湖南起源。我主张O2起源于桂东北或附近,至于O2a则难以确定,估计在广西,北部湾北部也有可能,还是广西可能性大一点。
发表于 2015-3-12 20:30 | 显示全部楼层
195# snelheid  
我也是第一次从你这里听说O2a湖南起源。我主张O2起源于桂东北或附近,至于O2a则难以确定,估计在广西,北部湾北部也有可能,还是广西可能性大一点。
隆攀gdzq 发表于 2015-3-12 20:19

我没说O2a湖南起源 亚洲一级大群起源于何处,这种万年乃至数万年级别事件的推测我没资格发言,因为这都是非常久远的事情。我可以插上嘴的,大概也就是2、3ky内的一些晚近下游群的可能起源地点,因此F5(或者F46、F11等)起源于柬埔寨还是起源于乌兹别克斯坦在我看来没什么区别,都是还在云里雾里的事。除非现在有更多更精细的大人群高通测试结果。在此之前我对任何观点都是open的。只是认为现在还没到能讨论那个层级的老单倍群的时候,因为我认为目前这个分辨率条件下,这类猜测不make sense,尤其是对于没看过多少实际数据的人而言
发表于 2015-3-12 20:38 | 显示全部楼层
我在另一个帖子里说O1起源于川滇黔那也是戏谑的说法,而且我说的是它“连”起源于川滇黔的概率“都”大于起源于东南沿海,这本身就是开玩笑的,而不是说它真的就起源于川滇黔,因为目前没更多大数据,在此之前一切都是空对空,一切空说、空猜无益
发表于 2015-3-12 21:23 | 显示全部楼层
在YFull Experimental YTree当中,F5的年代为“formed 14300 ybp, TMRCA 7900 ybp”,前面14300年的置信区间是17300~11600年,后面7900年的置信区间是10100~5700年,前面的年代可能是F5发生突变的年代,后面的年代可能是所收集到的样品支系的共祖年代。


推测F5诞生于湖南,迁北方前CTS1642就已经诞生,河南最早的新石器年代大约是1万年前,迁北方前CTS1642就已诞生,所以就应早于1万年。可见,从时间上还是来得及的,至少11600年前F5已经诞生,至于共祖年龄稍小一点,可能与有部分支系被削掉、灭绝有关,但不影响CTS1642有更早年代。隆攀gdzq 发表于 2015-3-12 19:17


没搞懂形成年代和分离年代的概念。这两个年代不是你说的含义,也不是那样算出来的。YFull关于F5的相关估算完全是基于某人一个人的样本。而且对位点还有所取舍(虽然算法公开了,但位点取舍的原因和标准不知道)

复旦样本虽然测序长度低,但好歹F5下有十几个样本。虽然采用的突变速率是个问题,但要得到上万的年龄还是有些困难,要让下游支系的年龄超过上游扩张年代就更离奇了。
发表于 2015-3-12 21:40 | 显示全部楼层
复旦样本虽然测序长度低,但好歹F5下有十几个样本。虽然采用的突变速率是个问题,但要得到上万的年龄还是有些困难
Tocharian_2 发表于 2015-3-12 21:23

个人觉得F5年龄在8ky以上甚至上万(如YFULL估计的那样TMRCA=13.6kybp)有可能,印度东北的那些早期分出去的民族,他们的传说年代也是非常古老的,可靠性待证,但可备一说:

http://www.ranhaer.com/viewthread.php?tid=29353&page=1#pid398968

另外我不认为当前复旦内部在估年上有什么统一结论,他们内部也是各执己见,并不一致。而且我们知道,YFULL上的估年算法有Adamov (2015)等人的参与,并不是阿猫阿狗随便什么人算出来的年龄。即使中和一下,TMRCA也不会到复旦算的那么年轻
发表于 2015-3-12 21:41 | 显示全部楼层
个人觉得F5年龄在8ky以上甚至上万(如YFULL估计的那样TMRCA=13.6kybp)

http://www.ranhaer.com/viewthread.php?tid=29353&page=1#pi ...
snelheid 发表于 2015-3-12 21:36


13.6 k是什么?目前估计的95% CI上限不是10100么?
发表于 2015-3-12 21:42 | 显示全部楼层
Hello XXXX,

Yes, we estimated TRMCA of O3a2c1a by data of YF02640 only. 1000-genomes samples were used for create structure of Y-Tree only. By this reason 95% confidence intervals of our estimates are wide very much. For example, TRMCA of O-M1706 is from 10100 ybp to 5700 ybp.

。。。略去***字。。。


We are counted not all SNPs from the Y-Tree. In same time we are counting some SNPs have not been shown on the Y-Tree. More detail explanation you will see in our article.
发表于 2015-3-12 21:50 | 显示全部楼层
199# Tocharian_2

有些东西看起来不一定很复杂,你说别的地方还有可能,但是讲中原北方,9000-7000年前的前仰韶文化遗址很多,7000-5000年前的仰韶文化遗址更是不计其数,作为最主要的高频单倍群,如果算得它的突变年代不能覆盖考古年龄,如只有5000年,这是很难让人接受的,也是不可能的事,其本质是要求早于5000年的北方古人都没有后代,这真是不太可能。

再比如,在盛冰期低海平面迁往台湾的后代-台湾原住民当中有M95及M88,也有P201*,如果你算得M95的年代只有12000年,这可能吗?问题肯定出在计算方法上而不会是其它考古问题。再加上计算方法本身都还有不确定因素在里面,这种可疑就更大了。
发表于 2015-3-12 21:56 | 显示全部楼层
Hello XXXX,

Yes, we estimated TRMCA of O3a2c1a by data of YF02640 only. 1000-genomes samples were used for create structure of Y-Tree only. By this reason 95% confidence intervals of our estimates  ...
Tocharian_2 发表于 2015-3-12 21:42

这个是谁写的?反正不是Gareth,我很难相信他的英文水平能糟糕到这种程度
 楼主| 发表于 2015-3-12 21:56 | 显示全部楼层
而且对位点还有所取舍(虽然算法公开了,但位点取舍的原因和标准不知道)
...
Tocharian_2 发表于 2015-3-12 21:23
YFull对年龄估算的研究中,他们位点取舍的原因和标准:选取相同的区段进行SNPs计数(不同区段的突变率不同,所以他们先对研究样本进行相同区段的截取,然后才能计算总和,这个在文章附件中有详细列示)。

YFull年龄估算比复旦可信之处是加入了古DNA的校正。
发表于 2015-3-12 22:03 | 显示全部楼层
By this reason 95% confidence intervals of our estimates are wide very much. For example, TRMCA of O-M1706 is from 10100 ybp to 5700 ybp.
----------
不是我哈欧,这种水平的英文几乎不可能是中等文化层次以上的西方人写的(因为介词也有严密的对应关系,一个法国人不可能把pour cette raison说成by this reason,德国人同样不会把aus diesem Grund说成by this reason),逻辑都成问题。你的这篇回复是否来自正规渠道的专业人士,很成问题,这种中专不及格水平的英文即使国内的三流研究者也没法去SCI、EI投稿
发表于 2015-3-12 22:09 | 显示全部楼层
。。。难道会写信去随便问一个不相关的人?当然是给YFull的官方邮箱写信,也收到同一邮箱的回复。

回复是有署名的,不过把人名公开出来并不妥。是一个俄国人名就是了。

我不觉得文中的文法错误值得那么惊讶。毕竟对方回复一个客户的邮件也不需那么谨慎。
 楼主| 发表于 2015-3-12 22:15 | 显示全部楼层
。。。难道会写信去随便问一个不相关的人?当然是给YFull的官方邮箱写信,也收到同一邮箱的回复。

回复是有署名的,不过把人名公开出来并不妥。是一个俄国人名就是了。

我不觉得文中的文法错误值得那么惊讶。毕 ...
Tocharian_2 发表于 2015-3-12 22:09
这些客户来信应该是他们客服人员进行回复的(脑补下YFull公司前台的俄罗斯妹子)。
发表于 2015-3-12 22:23 | 显示全部楼层
本帖最后由 Tocharian_2 于 2015-3-12 22:28 编辑

呵呵。我真服了你们了。是你贴出来那篇文章的作者之一。想知道名字就私下问吧。除了语法外,回信内容难道有你们感到难以置信,以至于怀疑其可靠性的地方?
发表于 2015-3-12 22:34 | 显示全部楼层
。。。难道会写信去随便问一个不相关的人?当然是给YFull的官方邮箱写信,也收到同一邮箱的回复。

回复是有署名的,不过把人名公开出来并不妥。是一个俄国人名就是了。

我不觉得文中的文法错误值得那么惊讶。毕 ...
Tocharian_2 发表于 2015-3-12 22:09

你还是直接给Adamov他们写信吧。我很难相信这篇东西是那些核心团队里的俄国人回的,尽管我认识好几个英文离谱到奇怪程度的,但科研圈子里的很少(你不要低估毛子的英文水平,有些人确实很差,但差不到那个程度。上面这篇东西里数不清的错误已经不是文法错误的级别,而是逻辑错误),国内基本都要求英文六级吧。说是YFULL的人回的,但是又说不出是否为在该团队里有分量的人写的,这就意义不大了
 楼主| 发表于 2015-3-12 22:34 | 显示全部楼层
另外,想要得到准确年龄古人DNA的检测是不二法门。因为即使选择再多的现代人样本也无法获得一个贴近真实的突变率。不同时期、不同阶段、甚至是不同支系、不同地域的选择压必然是不尽相同的,所以人类出非洲后到现在的突变率肯定不是均质的。
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