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蓝海人类学在线 Ryan WEI's Forum of Anthropology

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4.0-4.5万年前的C1-V20、NO-X和MP

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发表于 2015-2-6 18:10 | 显示全部楼层 |阅读模式
根据Ust’-Ishim的位置的估算:

1)日本C1和欧洲C6的最近共祖年代大约在~42,602;澳大利亚M347、南太平洋M38与日本/欧洲、印度的TMRCA约在~44,128;
2)东方NO和印度X的TMRCA约在~44,346;
3)南太平洋地区M/S和欧亚美P的TMRCA约在~44,673。

从以上计算结果来看,欧亚、大洋洲主要父系单倍体群的分离年代不会早于4.0-4.5万年前,这样,如下一些传统的假说就都不太可能成立了。

1)大洋洲的C和M/S等,在出非洲不久便通过沿海路线迁徙到澳大利亚,年代远至5-6万年前。--- 其实,此前的古DNA,4-6万年前的蒙戈湖不属于现代人世系,已经提供了佐证。

2)C是老亚洲人,早在5-6万年前就先于NO迁徙到东亚。--- 如果欧洲的旧石器土著C6不是最早起源于东亚甚至日本的话,C1和C6的共同祖先至多在4.26万年前才开始分家,事实上,NO和X分家的年代可能还要略早一点。

3)NO起源华南甚至东南亚。--- 东南亚旧石器时代古DNA,已经很早就证明旧石器古人更接近澳大利亚人种而不是蒙古人,与此前的人骨证据吻合,即马来种系出现在东南亚是旧石器时代以后的事情,此前一直属于类澳大利亚人种。那么,NO有没有可能起源于华南。最新的发现证实,欧洲甚至存在一支Y6503,早在N南支和北支分离之前,就更早的分离,再加上pre-[NO-X]出现在西伯利亚,让N的欧亚大陆北方起源证据链更为结实。而NO的分离年代在3.9万年前,NO的北方起源开始变得更加可信。


具体的年代估算:

Ust’-Ishim ~45,000
---NO-X ~44,346
    ---NO ~39,114      
        --- O ~32,683


CF 66,364
--- C 204snp ~44,128
--------- C-Z1426/F3393 4snp ~43,692
----------------- Z1426/F3393 CTS3454 日本、欧洲 10snp ~42,602
--------------------------------- K665 319snp 日本 7,831
----------------------------------V20 33snp 欧洲 39,005
----------------- K176 印度 234snp 18,186
----------------- M38 印尼、美拉尼西亚等 1snp 43,583
----------------- M347 澳大利亚 2snp 43,474

D 55,573
---D-F1612 日本 东亚(D3)35snp ~51,758
    ---D-M55 60snp ~45,218

K(xLT) 45,218
--- MP-M1205 5snp 44,673
---------- P397(含S/M)南太平洋 2snp ~44,455
-----------P 137snp 欧亚、美洲 ~29,740
---------------- R 22snp ~ 27,342
---------------- Q 12snp ~ 28,432
发表于 2015-2-6 21:12 | 显示全部楼层
请问云老师,依你之见,Y-K2b2起源于哪里?
发表于 2015-2-7 10:43 | 显示全部楼层
1# Yungsiyebu
To Yungsiyebu,

我赞同你的观点,NO的早期起源还需要再次用更多的数据来验证。并且很可能,K/LT/M/S/P/NO在南亚西北部就已经分化,然后各自网不同的方向迁徙。Hammer虽然在东南亚找到了很多P的亲缘支系,但他很有必要对哪些样本进行测序,以得到准确的分化年代。

Hallast 2014和Poly的Y 全序文章用的速率都是1x10e-9。但按照Qiaomei Fu at al 2014根据古DNA校正的速率是0.761x10e-9.  由于测到的样本很多并且序列质量达标,Hallast 2014和Poly计算得到的各个上游分化节点的时间都是可信的,但是需要相应地乘上一定倍数。 O3下的分化也一样。
不过,Y的速率问题,可能还是有需要再修正的必要。不过也比较难实现。
发表于 2015-2-7 11:34 | 显示全部楼层
  Hallast 2014和Poly的Y 全序文章用的速率都是1x10e-9。但按照Qiaomei Fu at al 2014根据古DNA校正的速率是0.761x10e-9. ...
Ryan 发表于 2015-2-7 10:43


按这个速率,Oα扩张年代要修正为7100年,Oα2a(F624+)为4800年。


不知道还有没有扩张年代3000年左右,具有一定人口规模(人群中频率>1%)的单倍群。
 楼主| 发表于 2015-2-7 12:27 | 显示全部楼层
y-snp估算TMRCA,基于罕见突变,浮动非常大,精度极低。

以Ust’-Ishim(4.5万年)和Malta(2.4万年)为标尺,大约相当于130年一个突变,比较接近通常应用的140;以此估算,F666值为负。

但如果以[size=14.2857151031494px]Ust’-Ishim(4.5万年)和Otzi(0.53万年)为标尺,速率则快得多,大约相当于89年。以此估算,F666的共祖年代则超过1万年。


[size=14.2857151031494px]估算近1万年以内的TMRCA,还是Y-str更为靠谱一些,特别是111 Y-STR。
 楼主| 发表于 2015-2-7 13:18 | 显示全部楼层
Ust’-Ishim ~45,000
---NO-X ~44,346
    ---NO ~39,114      
        --- O ~32,683

就考古证据而言,这个年代估算应当较为可靠的。

大约4.5年前,石叶工业扩散到西伯利亚,也就是[size=14.2857151031494px]Ust’-Ishim的年代。

[size=14.2857151031494px]大约4万年前后,石叶工业开始扩散到东西伯利亚、蒙古等地,与NO的最近共祖年代相当;

[size=14.2857151031494px]大约3-3.5年前后,扩散到东亚地区,与O的年代相当。

[size=14.2857151031494px]F75[O1-O2]和M122[O3]是在3-3.2万年之间。这个时期,北方工业传统是与南方砾石工业传统有一定交流。
[size=14.2857151031494px]
[size=14.2857151031494px]D方面,傣族的D*是一支,大陆[D1/D3]和日本D2组成另一支D-F1612。共祖年代相对较远,大约追溯到5.5万年前,F1612大约在5.2万年;日本D2大约追溯到4.5万年前。
[size=14.2857151031494px]

[size=14.2857151031494px]根据最新绳纹人古DNA,日本独特的血统成分(当继承于旧石器时代土著)分离年代早于大陆蒙古人种南北分化年代。这样,D可能与南方砾石工业传统相关,在早于O-F75向南扩张的年代[size=14.2857151031494px](约在3.2万年之后),D2应当已经迁徙到了日本列岛。日本最古老的Yamashita Cave man,年代在3.2万年前。

[size=14.2857151031494px]另外,田园洞就更方面迹象而言,与山顶洞应当是一致的,4万年的估算不可靠,更似2万年前后。
[size=14.2857151031494px]

[size=14.2857151031494px]
发表于 2015-2-7 14:05 | 显示全部楼层
首先,真实速率,无论是纵向的还是横向的都没有匀速这种状态。同一支系的不同时期,不同支系的同一时期都应该是有差异的。现在只不过为了研究的需要,只能通过现在的测序对比,推算出来一个速率来,并假设此为匀速的状态,以作为计算年龄的一个标尺。
即使是现在用的基于SNPs画出来的演化树,也只是能推算单倍群的相对年龄,绝对年龄必须用古DNA来校正。

至于M117和F444下的两大簇的年龄,在没有古DNA校正的情况下,通过现代人的Y全序测试,可以看出在M134分化为M117和F444以后,都经历了50SNPs+的瓶颈期,然后才有各有2个二叉短暂扩张,接着又都经历了60 SNPs+的瓶颈期,才进入F5和F46急速扩张的前夜。

对比M117和F444下的演化树,惊人的发现这两兄弟的扩张之路如此的接近,尤其是从M134到F5和F46急速扩张的前的这一段,几乎是使用同一个模板走下来的,我想这意味着什么,不言而喻。
M134.png

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 楼主| 发表于 2015-2-7 14:24 | 显示全部楼层
首先,真实速率,无论是纵向的还是横向的都没有匀速这种状态。同一支系的不同时期,不同支系的同一时期都应该是有差异的。现在只不过为了研究的需要,只能通过现在的测序对比,推算出来一个速率来,并假设此为匀速的 ...
风虎云龙 发表于 2015-2-7 14:05

可以结合考古证据,F444和M117的短暂扩张,应当与F11年代相当,而后者则强烈得多。这个时期最可能是新石器时代初始阶段。其后,F11进入爆发期,当处于北方新石器时代农业文明的中心区域,而F444和M117则经历了漫长的瓶颈期,当于发达农业文化的边缘区域;F444和M117的爆发期当于青铜文化兴起的年代相当,情况很可能与欧洲两支战斧文化的扩张相似,当于青铜文化快速武装的某些军事化族群相关。

结合F444和M117现代地理分布格局推测,M117可能处于相对偏西的区域,甘宁青等农牧交界区域最为理想;F444可能处于华北和蒙古草原交接的农牧交界区域,也即内蒙古中南部、晋北、陕北和冀北等区域最为理想。
 楼主| 发表于 2015-2-7 14:56 | 显示全部楼层
6000-7000年前,黄河中下游地区气温高于现代,环境相当温湿,农业文化空前发达;社会结构方面,尚处于均平富的部族公社阶段,大量考古证据表明贫民贵族界限极为不清晰。如果F5和F46的TMRCA年代追溯到这个时期,是不合乎逻辑的。

1)全新世以来,黄河中下游地区的新石器文化一出现就表现得相当发达,如贾湖等,而更重要的是,此后从未出现明显的间断哪怕是明显衰败的迹象,一直处于不断攀升的状态中,如果F5和F46诞生之初,处于这样一个农业文明高度发达的区域,如何解释此前数千年如此漫长的瓶颈期?

2)如上所述,6000-7000年前的黄河中下游地区,正是一个相对殷实、未出现明显贫富差距的阶段,理论上,此期,如果存在一些人口高速膨胀的家族,今天看到的局面应当是有数十个甚至数百个可以追溯到6000-7000共祖的Hg,但事实上,只有F5和F46极少数的几个。
SNP基于罕见突变的TMRCA估算,精度几乎没法保证,基于Y-str估算,不管是F5还是F46,是无论如何也算不到6000-7000年的,5000年前后,仍然是一个较为理想的估算。
 楼主| 发表于 2015-2-7 15:10 | 显示全部楼层
7000年与汉藏语系的年代比较吻合。而且F5下支系离散,大多数F5突变不久就分散开了。
sahaliyan 发表于 2015-2-7 15:04

基于现代人语言估算汉藏语系分离年代,原理上就谈不上任何靠谱东西。

关于汉语支和藏缅语支的分离,我还是老调重弹,甲骨文形音字与现代汉语有大量共享不错,但我一直也没有看到有研究将甲骨文形音字同藏缅语支建立关联的研究,相反,周人金文中的形音字则可以同藏缅语支词汇建立广泛的关联。

藏缅和汉语族共享的M117各分支,17 Y-str TMRCA追溯到3000-3500,是合理的估算。
 楼主| 发表于 2015-2-7 15:34 | 显示全部楼层
按照复旦的计算结果乘以一定倍数还是可靠的,因为复旦的计算结果是相同的,我们也只能靠目前的结果来推,即F5为6500-7000年,F46为7300-7800年之间
sahaliyan 发表于 2015-2-7 15:30

估算万年以内的共祖,snp这种基于罕见突变的算法本身,就没有可靠性而言。
你放心,这种可考古证据根本不贴边的估算,根本没什么价值,新石器时代中早期,一种均贫富,环境相当温湿的大环境下,黄河中下游地区保守估计百万以上的人口规模,如果如今主要的单倍体群都在这个区域诞生,结果如今能追溯到这个年代的hg,屈指可数,这是不合乎基本逻辑的。
别的不说,先把爆发前的瓶颈期问题解释通了再说别的。
 楼主| 发表于 2015-2-7 15:42 | 显示全部楼层
[size=13.63636302948px]哈哈,Yungsiyebu从古蒙古高原类型到古华北再到现在的古西北……风格一贯还是未变,M117有你宇宙无敌!
无善 发表于 2015-2-7 15:28

举报造谣~
 楼主| 发表于 2015-2-7 15:47 | 显示全部楼层
[size=13.63636302948px]当然我承认对于开始青铜文明的文化较早的还是北方地区的,但是这个地区刚一接触青铜人群有哪些单倍群还不知道呢,但是推测N、Q或是C可不能少啊。


[size=13.63636302948px]就当前考古证据而言,N-s,Q-M120不是青铜时代出现在中原地区的吗?我从来没有说过,西北和长城沿线区域没有这些类型的话。
 楼主| 发表于 2015-2-7 15:54 | 显示全部楼层
17# Yungsiyebu
,都是老会员后面一句就是跟你开玩笑的,就是怕你受不了,所以删了!!
再说了,哪句是引用你的啊!
无善 发表于 2015-2-7 15:45

就事论事,我最讨厌别人肆意引申我的原话,我说我推测M117在甘宁青等农牧交错地带诞生,并在青铜文化之后开始自此扩张,总有人东扯西扯就给拉到蒙古高原。。。

回到主题,我不觉得复旦对三大簇的估算有什么问题(如果基于yfull当前的树,F11要更古老,但如果yfull的private snp不全,那就另当别论),我质疑在于解释,如F5估算在5,400年前,新石器文化邻近晚期的年代,那么,F5真是农夫族群,且在黄河中下游农业文化最发达的区域诞生并发展壮大,如何解释此前数千年的极端瓶颈期?这个时期,不要说农业文化中断,就是明显的衰落期也不存在,一直处于一个非常繁盛的持续发展阶段。人骨证据同样支持此期中原种系的延续性,明显的变化出现在青铜时代以后。

问题不在年代,而是对考古知识缺乏基本的常识。
 楼主| 发表于 2015-2-7 16:03 | 显示全部楼层
此期,西北和长城沿线地带,在经历全新世的温湿气候之后,一直处于不断的干冷化阶段,文化经常突然间断或者大范围萎缩,但在青铜时代,却成为了最早为青铜文化武装的军事化族群,与欧洲两支战斧文化的扩张有很强的可比性。
发表于 2015-2-7 16:08 | 显示全部楼层
20# Yungsiyebu
你显然对考古极不在行。在仰韶文化和大汶口文化的繁荣期后,5000年前全球气候有一个大变化,仰韶文化,大汶口文化,还有良渚文化急剧衰落,原地址居民规模剧减,人口大量向南方迁徙,这个过程显然会出现显著的瓶颈效应。三大支在这个时候或稍早出现可能性很大。
 楼主| 发表于 2015-2-7 16:11 | 显示全部楼层
复旦估算的P的年龄和马尔他对不上,过小了
sahaliyan 发表于 2015-2-7 16:00

如果以复旦估算的F5 5,400(或者F666 3,000-3,500)和UTS‘ 54,000为标尺,然后根据yfull当前的树估算,R年代大约在27,000,P年代大约在30,000,还是比较理想的。
 楼主| 发表于 2015-2-7 16:17 | 显示全部楼层
20# Yungsiyebu  
你显然对考古极不在行。在仰韶文化和大汶口文化的繁荣期后,5000年前全球气候有一个大变化,仰韶文化,大汶口文化,还有良渚文化急剧衰落,原地址居民规模剧减,人口大量向南方迁徙,这个过程显然 ...
wolfgang 发表于 2015-2-7 16:08

仰韶文化到龙山文化不是衰落,而是更繁荣,文明程度明显增高,如果仰韶文化晚期有一些山东龙山文化因素注入的话,大汶口到龙山几乎是一种文化自然的演化。

即使按你说的5000年前之后经历了明显的瓶颈期,但你要注意,F5等的瓶颈期,发生在5,400年前至旧石器晚期这个阶段,正是仰韶文化空前大繁荣的时代。如果F5等诞生在这个大繁荣时期,且尚未出现明显阶级分化的阶段,为什么会经历如此强烈的瓶颈期呢?
发表于 2015-2-7 16:23 | 显示全部楼层
25# Yungsiyebu
龙山文化比仰韶文化更繁荣是没有问题的,但是这中间有一个衰落期也是肯定的。这个衰落期肯定会造成显著的瓶颈效应,还有长江中下游的文化在同时期也发生了显著的人口大衰减和向南方迁徙。汉藏语系经藏彝走廊南下和南岛人南下是同一个时间段的事。所以说你的猜想从头到尾都是瞎猜。至于F5的年龄,我相信以后肯定可以和考古对上号的。现在的问题是两方面的年龄都不准。
 楼主| 发表于 2015-2-7 16:25 | 显示全部楼层
这个我不太清楚,按理说,当前的样本足够多,理论上不应当漏掉private snp,而且,估算的结果似乎都比较合理。比如上边提到的对P、R的估算。

当然,我一直强调,y-snp,基于罕见突变的TMRCA估算,本身你就不要期望他有多精确,理论上就不可能,估算近几千年的TMRCA,还是以111 y-str最佳,没有数据的前提下,17 y-str效果也不会太差,特别是已经经snp确定过下游snp的样本。17 y-str估算的F5 TMRCA事实上,年代还要再略低一点。不管怎样,依据同样的突变速率,如果U106等欧洲样本的年代估算准确,F5像算出超出6000年的值,是不太可能的,除非U106等欧洲111 y-str估算的结果就是错的。
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