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YFull JST002611共祖年代估算

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发表于 2015-2-6 14:57 | 显示全部楼层 |阅读模式
仍然以4.5万年前pre-[NO-X]和F666(假设Y-str估算的3300年前较为准确)之间的距离作为标尺,依据同样的突变速率。计算的002611的结果与M134相当,但F11要古老很多,1.1万年前,大约是复旦此前估算的接近2倍,三个主要支系的年代都在8,000-10,000年间,也就是略早于黄河中下游地区新石器文化(贾湖等)突然爆发的年代,而与更早出现的尚非常原始的、且极为零星的农业文化年代相当。

因此,F11表现出新石器时代扩张的强烈迹象,可能是黄河中下游地区,新石器时代农夫族群的核心成分之一。8,000年前贾湖的O3-M122,4000年前陶寺中晚期占3/4的O3(xM134),都很可能是F11。

O-M122~29,849
--- JST002611 ~15,570
-------- F238 ~13,499
-------- F11 ~11,101
------------- F11 F270 ~10,447
------------- F11 F539 ~8,267
------------- F11 F632 ~10,774
----------------------- F632 CTS7789 ~8,921
----------------------- F632 F793 ~9,902
 楼主| 发表于 2015-2-6 17:44 | 显示全部楼层
2# 无善
这个根据千人组数据,以Ust-Ishim和F666(假定y-str估算的3360较为接近事实)为标尺,计算的结果。

复旦的数据未公开,算法好像也没详细描述。
 楼主| 发表于 2015-2-6 20:49 | 显示全部楼层
3# Yungsiyebu
F666的年龄是否接近事实没关系,也可以看出相对年龄。
以这个为表尺,但是还是不知道你具体是怎么算的!!
无善 发表于 2015-2-6 20:25

选择你认为最可靠的两个时间节点后,根据yfull已公布的树,数一下突变数目,就可以估算了。
 楼主| 发表于 2015-2-7 13:58 | 显示全部楼层
6# Yungsiyebu
结合复旦的数据,这样算现在人,可能伽马和F238人群都是几千岁的了
无善 发表于 2015-2-7 13:45

依据Yfull当前的树观察,F11积累的private snp要比M1706少将近一半,如果后者在5000-6000年之间,F11当在1.1-1.2万年前,主要支系在0.8-1.0万年间,暗示在农业文化萌芽期分化,新石器时代进入爆发期。[size=13.63636302948px]M1706则表现为新石器时代晚期分化,青铜时代进入爆发期,在旧石器晚期到新石器时代中早期,经历了漫长的瓶颈期。[size=13.63636302948px]

[size=13.63636302948px]因为长江流域新石器时代古dna缺少M7以外的O3样本,暗示F11更似与北方新石器文化相关,如果如下估算准确,即F11在新石器文化时代爆发,在青铜时代之前未经历明显的瓶颈期,那么,F11显然更似与黄河中下游地区发达的农业文化明显相关。我的推测是,大汶口和贾湖都可能包含高比例的F11样本。
发表于 2015-2-7 14:13 | 显示全部楼层
Yfull当前的树上的SNP是很不全面的,老永用这个算的话就大错特错了。
发表于 2015-2-7 14:20 | 显示全部楼层
依据Yfull当前的树观察,F11积累的private snp要比M1706少将近一半,如果后者在5000-6000年之间,F11当在1.1-1.2万年前,主要支系在0.8-1.0万年间,
Yungsiyebu 发表于 2015-2-7 13:58
你是算法是不对的,全序的算法是看总的SNPs数,既要从前向后看,也要从后向前看。
就好比我和你做了全测,结果你的总计20个SNP,我的只有10个,要只从前面对比算,难道你说我的末端SNP还没走出非洲?
发表于 2015-2-7 14:27 | 显示全部楼层
复旦的三大簇研究中从M122开始,到F11总计79个SNP;到F5是71个SNP。要按照你这么算,那复旦的三大簇研究中应该是F11最年轻了。

但事实是F5下的支系平均有19个SNP,而F11下支系平均有23个SNP,所以F5比F11年轻。
 楼主| 发表于 2015-2-7 15:03 | 显示全部楼层
Yfull当前的树上的SNP是很不全面的,老永用这个算的话就大错特错了。
风虎云龙 发表于 2015-2-7 14:13

复旦的数据未公布,我对此了解不多,如果yfull筛出的snp不全,那就只能等后续更新的数据。
 楼主| 发表于 2015-2-8 14:29 | 显示全部楼层
复旦的三大簇研究中从M122开始,到F11总计79个SNP;到F5是71个SNP。要按照你这么算,那复旦的三大簇研究中应该是F11最年轻了。

但事实是F5下的支系平均有19个SNP,而F11下支系平均有23个SNP,所以F5比F11年轻。
风虎云龙 发表于 2015-2-7 14:27


根据Yfull当前的树,M122开始到三个支系分别出现星状扩张的年代:

F11的private snp 172 snp;
F46的private snp 179 snp;
M1706的private snp 224 snp;

我不太清楚技术问题,但从原理上讲,根据全基因组数据,筛选1K和yfull样本的private snp不是一个很复杂的技术问题,我想不出会有什么技术问题会造成遗漏大量private snp,除非yfull没有列出所有的private snp。


假设yfull的树没有问题,F11和F46星状扩张的年代相当,早于M1706星状扩张的年代,相当于50个上下的snp,大约相当于6000-7000年前的距离。问题在于yfull其实很乐衷于冠名各种新snp。

如果这个估算准确,事实上,刚好相当于新石器时代萌芽期(约1万年前)至青铜时代早期(4000年前)之间的距离。也就是F11和F46在农业萌芽期诞生,新石器繁荣阶段出现星状扩散,而M1706则在青铜时代早期诞生,在青铜时代开始星状扩散。
 楼主| 发表于 2015-2-8 16:05 | 显示全部楼层
仍然依据yfull当前的树,O到星状扩张:


F11的private snp 198 snp;
F46的private snp 205 snp;
M1706的private snp 250 snp;


扩展几个:


O2a-M95的private snp 214snp
O1a1-P203的private snp 188snp


除了M117到M1706大约多出50个snp,也即相当于有大约6000-7000年的瓶颈期外,其他四个可能与新石器时代农业文化相关的hg,大约都是离O有200个snp的距离。


如果M1706的年代在4000年前后,也即青铜时代之初,其他四个Hg当在1万年前后,也即新石器时代农业文化的萌芽期,因为长江中下游新石器时代农业文化古dna已经以M95和M119为主,因此大体可以判断他们的年代是相对可靠的,根据相对年代,推测F11和F46也是在新石器时代之初开始扩张的。
发表于 2015-2-8 16:39 | 显示全部楼层
M122的SNP演化树还在做,不过可以先告诉你YFULL由于很少有新的O系样本进入他们的分析,所以O系树上的SNP他们是很不全的。

下面是我搜集到的数据:
从M122开始到F5  总共是316SNPs
从M122开始到F46总共是326SNPs
从M122开始到F11总共是336SNPs

另外,再说一句,计算年龄不能只从前向后捋,还要从后向前捋。如果仅从前面看从M122开始到F11总共是336SNPs,还是三大簇中最年轻的的呢?实际则不然。

过几天做好整个M122的SNP演化树,就好给出更直观的答案。
发表于 2015-2-8 16:40 | 显示全部楼层
关于三大簇的相对扩张年代,复旦的文章和你的说法应该是对的,F11>F46>F5。Hallast的树状图也与证实这一点。但年龄相差不会那么悬殊,一个4,5000年,一个近万年。


数Yfull上的位点数估年代有两个问题。
第一是前面风虎网友指出的,YFull并没有完整分析和报道已有样本间共享的位点。
第二是YFull样本来源不一。有千人组的,也有BigY的。前者测序长度比后者大很多。比如我的样本和NA19805比较,得出F666有十几个等价位点。但是如果千人组还有另一个F666+,跟NA19805相比较时可能会得到好几十个等价位点。而测序长度不同,每个突变对应的时间长度也不同。
O3.jpg
 楼主| 发表于 2015-2-8 17:09 | 显示全部楼层
如果测序长度都不同的话,确实是个大问题,全基因组水平的大数据,我自己弄不了,存在局限性。
不过,说来,这事还得华大来弄,回头我找他们聊聊,他们受伤的全基因组数据最多。
 楼主| 发表于 2015-2-8 17:57 | 显示全部楼层
0.0025 30年/代,Y-str 17估算千人组F47,F11和M1706,TMRCA的年代分别是,5,400,5,100和4,400,F47和F11较为接近,二者略大于M1706。

与欧洲相对,很接近R1b U106,U152* 4500上下的年代,可比性很强。大约都是在新石器时代晚期诞生,其后1000-2000年间,也就是青铜时代,呈现出星状扩张的迹象,即开始进入爆发期。

欧洲的情况非常清晰了,R1b伴随战斧文化开始扩张,此前大约生活在农业边缘区域的欧亚草原地带,新石器时代晚期开始扩张,青铜时代进入持续的繁荣爆发期。
东方古dna证据虽然较少,但一些迹象还是已经出现了,夏家店文化上下两层的情况来看,仍然以O3(xM117)为主,只是上层开始出现M117,但仍未见占绝对主体,西北秦汉之际的陶家寨为O3(xM134,JST002611),可以推测在青铜时代结束之际,M117等主要支系仍然没有占据到此时O3的大头成分。这并不奇怪,M1707经历数千年瓶颈期之后,大约在4,500-5,500年前爆发,此期人口规模当以百万计,M1707等如今的O3主流支系,经过2000年上下的剧烈扩张后,才有可能成为O3的主流类型。
 楼主| 发表于 2015-2-8 18:43 | 显示全部楼层
目前的证据已经很清楚了,F5下的支系是非常零碎的(所谓阿尔法星占了F5的大部分),如果这是7000年前的事情,那么毫无疑问,这是新石器时期的农民扩散。即使我们取小值5400年,同样远在文明时期和历史时期以前,F5就 ...
sahaliyan 发表于 2015-2-8 18:26

F5基本上可以确定同时也是藏缅系族群的主体,其下各分支是在其后1000年甚至更晚才开始分化。

1)如果F5是7000年,那么,年代的确在仰韶文化中早期,是吻合的,问题在于,藏缅系族群的祖先起源于关中地区的仰韶文化?

2)如果F5的年代为5,400,那么,恰逢仰韶文化大衰败,为龙山文化取代的年代,F5在仰韶文化的大繁荣期处于严重的瓶颈阶段,反倒在农业文化没落后,开始分别在西北和中原地区扩张,你觉得有可能吗?
 楼主| 发表于 2015-2-8 18:56 | 显示全部楼层
藏缅的F5是什么支系不知道,但是东亚的F5绝大多数是阿尔法星,这一点毫无疑问,即使测全序,增加测试程度,目前依然绝大多数是阿尔法星。阿尔法星不代表内部关系没有远近,但是无疑都是些小支系,这是说明阿尔法首次 ...
sahaliyan 发表于 2015-2-8 18:48


如果你认为藏缅系族群起源于陕西关中地区,我就没什么可讨论的了。
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