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K=25时:Nganass、鄂温克、克利亚克、爱斯基摩、日本、华南汉族、马来。

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发表于 2013-10-1 21:38 | 显示全部楼层 |阅读模式
admixture,K=25时,程序自动区分如下几种成分:Nganass、鄂温克、克利亚克、爱斯基摩、日本、华南汉族、马来。

ref.bed可分析的原始文件,哪位熟悉这东西,帮忙拆分一下,把东方族群剥离一下做个新文件。


我运行了2次,耗时2天多,结果K超过30时都运行失败,太大了。


ref.csv是样本详情。

ref.25.Q文件时运算结果,任何一个样本都可以在上一个文件中找到具体详情,拿csv里的编号,还可以查到论文中的更详细样本信息。

k=25.xlsx

13.8 KB, 下载次数: 113

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发表于 2013-10-1 22:53 | 显示全部楼层
歐亞東部的常染越分越細了,但好像主要是北亞的區分比較具體。
 楼主| 发表于 2013-10-1 23:19 | 显示全部楼层
K值增大,西伯利亚极北部族群首先分化出4最复杂的成分,暗示西伯利亚北部地区的基因多态性,而因为地理位置较为遥远,人群之间缺乏较大规模的基因交流。

扣除澳美人种的影响,东南亚人群表现得非常单一,在K=25时,依然是单一成分。可见从前认为东南亚更高的常染色单体基因多态性是因为澳美人种混合所致。
发表于 2013-10-2 06:06 | 显示全部楼层
老永,可以帮忙看下我的17-str结果对比下你手里的数据吗,谢谢。(水了这里不好意思)
 楼主| 发表于 2013-10-2 13:27 | 显示全部楼层
老永,可以帮忙看下我的17-str结果对比下你手里的数据吗,谢谢。(水了这里不好意思)
Kunsito 发表于 2013-10-2 06:06

稍候,这里两天赶点活儿,还没看。
发表于 2013-10-2 20:14 | 显示全部楼层
稍候,这里两天赶点活儿,还没看。
Yungsiyebu 发表于 2013-10-2 13:27
没关系,谢谢老永。
 楼主| 发表于 2013-10-7 23:16 | 显示全部楼层
1# Yungsiyebu
Yungsiyebu这个我会做,告诉我你要谁
kenneth 发表于 2013-10-7 01:10

我是享有针对性的做几组Bed文件,根据具体情况定,常染色体信息量过大。能否请麻烦你帮忙写个小代码和guide,教一下大家切分bed文件的方法。

另外还有1k genome的cvf.gz文献如果转化为bed,也没弄清楚,能否一并帮忙?
 楼主| 发表于 2013-10-8 14:36 | 显示全部楼层
Bed文件
http://vdisk.weibo.com/s/sGVAon_lI__3   
样本详情,CSV文件
http://vdisk.weibo.com/s/sGVAon_lI-kz   

请帮忙看一下这种现成的的Bed文件如何切割?

Integrative Genomics Viewer

另外,我用IGV软件尝试打开Bed文件,失败,不知道如何浏览这种文件?
 楼主| 发表于 2013-10-8 14:45 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2013-10-8 15:07 编辑

另一个问题,这个是1k genome的y-dna vcf文件,这种文件如何浏览?我是想查每个样本的snp,能不能转化为可阅读的文件,比如txt,csv?
http://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/technical/working/20111123_chrY_snps/ALL.chrY.uniq.20101123.snps.genotypes.vcf.gz


http://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/phase1/analysis_results/integrated_call_sets/ALL.chrY.phase1_samtools_si.20101123.snps.low_coverage.genotypes.vcf.gz
发表于 2013-10-9 01:05 | 显示全部楼层
本帖最后由 natsuya 于 2013-10-9 01:07 编辑

Inter-relationships between Dodecad K7b and K12b components:http://dienekes.blogspot.tw/2012 ... en-dodecad-k7b.html

Dienekes比較K7b和K12b遺傳組成相互之間的關係:
第一張圖:以K7b遺傳組成分析K12b遺傳組成。
第二張圖:以K12b遺傳組成分析K7b遺傳組成。
_7.png
_12.png
 楼主| 发表于 2013-10-9 16:07 | 显示全部楼层
谢谢,不寄,慢慢学习,bed文件我找个其他网盘再存一下。
发表于 2013-10-9 17:06 | 显示全部楼层
不好意思,这个K是嘛意思?是指千年?还是指别的什么?分子人类学的初级学生请教。
 楼主| 发表于 2013-10-10 14:48 | 显示全部楼层
不好意思,这个K是嘛意思?是指千年?还是指别的什么?分子人类学的初级学生请教。
Bgbilim 发表于 2013-10-9 17:06

K值对应你所假定的始祖人群数量,如你假定东方人分为南北两种始祖成分,K值设置为7,就分出2种,如果你假定为三种始祖成分,K值调高到12,就出来三种成分。
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