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楼主: wolfgang

对dienekes世界人群主成分分析的截取和分析

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发表于 2010-12-22 12:59 | 显示全部楼层
美洲在北亚还有没有接近的?如果没有的话,这个分析也是有问题的。
 楼主| 发表于 2010-12-22 13:49 | 显示全部楼层
K=6时是北极--乌拉尔成分的出现:
旋转 ADMIXTURE_6-1.png
北极-乌拉尔成分即图中的浅蓝色
作为对比,还有K=4时相关人群图片一张:
旋转 ADMIXTURE_4-3.png
 楼主| 发表于 2010-12-22 14:03 | 显示全部楼层
以nganassan人为例,K=6时的浅蓝色其实是由K=4时东亚的浅蓝色融合部分美洲的绿色,或许还有欧洲(中东)的蓝色形成胡。这并不说明北极--乌拉尔成分是由东亚和美洲成分融合而成胡,而是说北极--乌拉尔成分的大部分和东亚成分近似,小部分和美洲近似。以布里亚特人为例,K=4时出现的美洲成分几乎都被整合到北极--乌拉尔成分里去了。事实上,北亚各族在K=4时出现的美洲成分都是如此。
 楼主| 发表于 2010-12-22 14:15 | 显示全部楼层
K=7 时是印度特色成分的出现,由于编排的原因,印度人群被分的七零八落,所以只好分别截图:
旋转 ADMIXTURE_7-1.png
旋转 ADMIXTURE_7-2.png
旋转 ADMIXTURE_7-3.png
 楼主| 发表于 2010-12-22 14:32 | 显示全部楼层
印度特色成分在印度次大陆普遍高频存在,尤其是在南印度,在世界各地也广泛低频存在。以在malayan(怀疑实际写错了)、cochin-jews,north-karnadi,sakilli,samaritians最高。
和K=5时的情况对比,可以看出印度成分基本上时巴布亚成分和欧洲(中东)的融合,以kalash 为例,这基本是一般对一半的融合,鉴于印度历史上人种由维达类型转变为以地中海高加索类型为主,我认为这是一种真实的融合。
 楼主| 发表于 2010-12-22 14:44 | 显示全部楼层
K=8时是中东成分的出现,中东成分和欧洲分离。作为世界人群采样的重点,欧洲和中东分离如此之迟,看来欧洲主要还是中东农人的后代,本土旧石器的血统遗留很少。
旋转 ADMIXTURE_8-1.png
 楼主| 发表于 2010-12-22 14:59 | 显示全部楼层
K=9的情况,dienekes是这样评论的:At K=9 the Mbuti, Biaka Pygmies, and San get their own cluster (Palaeofricans), with the Biaka showing some admixture with other Sub-Saharan Africans.

和东亚关系实在太少,不说了。
 楼主| 发表于 2010-12-22 15:16 | 显示全部楼层
K=10时是北极--乌拉尔成分分裂为北极成分和北亚成分,主要看以下一图:
旋转 ADMIXTURE_10-1.png
北极成分是浅绿色,北亚成分是深绿色。
至于这时东亚各族的情况,可见如下图:
旋转 ADMIXTURE_10-2.png
注意这时汉族和苗族都有一定程度的深绿色。
 楼主| 发表于 2010-12-22 15:18 | 显示全部楼层
At K=11, the isolated Kalash of Pakistan get their own cluster, and this occurs at a high level in their neighbors
其他不多说了。
 楼主| 发表于 2010-12-22 15:31 | 显示全部楼层
k=12的情况对东亚来说特别重要,因为这时远东成分和南亚成分要出现了。具体如下:
旋转 ADMIXTURE_12-1.png
 楼主| 发表于 2010-12-22 15:51 | 显示全部楼层
以汉族为例,浅红色代表远东成分,深红色代表南亚成分。但是,我们要注意,浅红色和深红色并不完全是由K=10时的浅红色分离出来的。深红色的南亚成分可以看做是K=10时的浅红色直接分离的,而浅红色的远东成分其实是以K=10时的浅红色为主,加上部分深绿色的北亚成分融合而成的。很明显,K=10时汉族的深绿色并没有完全转变为K=12时的深黄色北亚成分,大部分是被融合到远东成分里了。这样一来,以前的结论看起来是正确的,就是远东人种是南亚人种和北亚人种混血而成,不过比例远不是对等的,而是南亚因素明显超过北亚。那为什么我们以前不能从常染图的连线上得出这个结论呢?首先,现在已经没有纯粹的北亚民族,所有现存的北亚民族都已经严重被远东化。其次,现在也很少有纯粹的南亚民族,现在的南亚民族不但普遍被远东化,还经常伴有一定比例的印度成分。由于印度成分相对蒙古利亚成分的远距离,所以一点比例的印度成分就会带来很大的偏离。而曾经被作为南亚人种的标准的台湾泰雅族和印尼某岛民也正常不在常染图上出现。
发表于 2010-12-22 20:58 | 显示全部楼层
也说不通,如果所谓“k=10的粉红成分”是“东亚成分”,那么个子偏矮小的日本人就变成“最纯种的东亚人”了。

另外,彝族的橙色成分怎么解释?
发表于 2010-12-22 21:41 | 显示全部楼层
这张图更细分,31楼图的粉红色应该分化为本图的黄色、深蓝色。31楼图的深红色分化为本图的绿色和红色。
1012071931d94248bb645738ca.jpg
 楼主| 发表于 2010-12-22 22:51 | 显示全部楼层
33# Vietschlinger
日本人本来就是远东成分最高的民族,只不过它的远东成分主要来自古东北人种,而汉族的主要来自古西北人种罢了。
彝族带有一点北亚成分不奇怪,藏羌系基本都带有一点北亚成分。
发表于 2010-12-23 11:52 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2010-12-23 11:55 编辑
以汉族为例,浅红色代表远东成分,深红色代表南亚成分。但是,我们要注意,浅红色和深红色并不完全是由K=10时的浅红色分离出来的。深红色的南亚成分可以看做是K=10时的浅红色直接分离的,而浅红色的远东成分其实是以 ...
wolfgang 发表于 2010-12-22 15:51


我以前介绍过酒精相关基因,可能与农业扩张有关,其中,一个很显著的特点就是乌拉尔族群基本上没有这些疑似农业人群的遗传标记。

另外,远东人种是有南方磨制石器农业移民和北方细石器猎民的混合,且远东人种相对北亚人种,更近南亚马来人种。我相信,这个圈不管怎么画,最终还是画回到这个体质人类学的老结论的。
 楼主| 发表于 2010-12-23 16:47 | 显示全部楼层
38# Yungsiyebu
但是体质人类学的结论是北亚和南亚融合时是基本对等的,而实际上我们看到并不是对等的,南亚成分明显超过北亚。
发表于 2010-12-23 17:07 | 显示全部楼层
38# Yungsiyebu  
但是体质人类学的结论是北亚和南亚融合时是基本对等的,而实际上我们看到并不是对等的,南亚成分明显超过北亚。
wolfgang 发表于 2010-12-23 16:47


谁说的?传统体质人类学就是把远东和马来人种都归入海洋蒙古人种。
 楼主| 发表于 2010-12-23 18:09 | 显示全部楼层
40# Yungsiyebu
就是那个头骨理论,远东人种的指数正好在北亚和南亚的中间,所以....这显然是在以为双方是近似对等混合。
发表于 2010-12-23 18:13 | 显示全部楼层
40# Yungsiyebu  
就是那个头骨理论,远东人种的指数正好在北亚和南亚的中间,所以....这显然是在以为双方是近似对等混合。
wolfgang 发表于 2010-12-23 18:09


那是参照选的问题,类聚分析显然远东和东南亚彼此类聚的多。
发表于 2011-6-1 22:05 | 显示全部楼层
Below is a table of genetic distances between the 15 inferred ancestral components:
distance15.png
dendrogram15.png

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