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Dienekes, 世界人群常染色体主成分分析

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发表于 2010-12-16 10:17 | 显示全部楼层 |阅读模式
http://dienekes.blogspot.com/2010/12/human-genetic-variation-first.html

Dienekes发布了更大人群比对的常染色体主成分分析图,但东欧亚人群的并不多。与以往的研究类似。

图片尺寸超标,大家自己翻墙。
发表于 2010-12-16 12:49 | 显示全部楼层
我翻墙把图片下载下来给大家分享一下,以下是K=3的常染分析:
旋转 ADMIXTURE_3.png
我看的也不清楚不太清楚,也就是欧亚非三大族群分离开了。
 楼主| 发表于 2010-12-16 12:57 | 显示全部楼层
可讨论的内容特别多,我把我族三组数据的情况解读一下:

Dienekes发布了更大人群比对的常染色体主成分分析图,东欧亚人群的并不多,但包含Mongol(蒙古国组)、Buryat(布里亚特组)、Mongola(呼伦贝尔组)三个蒙古族人群。通过此图我可以观察到:


1)#15浅灰色成分为蒙古族主成分之一,布里亚特组此成分比例略高于蒙古组,前者在40%以上,而蒙古组不足40%,呼伦贝尔组在20-30%之间。#15浅灰色成分在西伯利亚隔绝族群Nganasan中高达90%左右,2002年俄罗斯人口普查仅834人,语言上属于乌拉尔语族的Samoyedic语支。


2)#2深灰色成分为蒙古族主成分之一,呼伦贝尔组在60-70%之间,蒙古组此成分比例略高于布里亚特组,前者接近50%,而布里亚特组略高于40%。#2深灰色成分在东亚人群中普遍存在,以日本组等最高,超过90%。



3)#5浅绿色成分少量存在于蒙古族人群,比例均低于10%,且以蒙古组高于布里亚特组,呼伦贝尔组比例低于5%。此成分普遍存在于高加索人种族群中,且在考察人群中,以东欧立陶宛组(Lithuanians)比例最高,达90%上下。

4)#11浅紫色成分少量存在于蒙古族人群,比例均低于10%,且以蒙古组高于布里亚特组,呼伦贝尔组比例低于5%。此成分普遍存在于西亚和高加索地区族群中,比如西亚伊朗、亚美尼亚和高加索地区格鲁吉亚比例相对较高,接近60%。

5)#10橘黄色成分少量存在于蒙古族人群,呼伦贝尔组比例在5%上下,蒙古组和布里亚特组基本不见此成分,或非常微少。此成分普遍存在于东南亚和华南人群,其中以柬埔寨组和新加坡马来组比例相对最高,约80%上下。

8)#8深红色成分少量存在于蒙古族人群,以蒙古组比例略高,但也低于5%,布里亚特组和呼伦贝尔组更低。此成分普遍存在于南部欧洲、北非、中东、中亚等地人群,其中以撒丁岛组(Sardinian)、摩洛哥犹太人等比例相对较高,约70%上下。

9)#4深蓝色成分少量存在于蒙古族人群,以蒙古组略多,布里亚特组和呼伦贝尔组相对更少,三者均低于5%。此成分普遍存在于西伯利亚东北部人群,其中以北极人种族群Koryak等比例最高,约80%上下。

10)#14深棕色成分少量存在于蒙古族人群,三组蒙古族均低于5%。此成分普遍存在于美洲原著民族群,其中以Surui接近100%比例最高。

11)#3浅蓝色成分少量存在于蒙古族人群,三组蒙古族均低于5%。此成分高比例见于巴基斯坦西北的伊朗语族卡拉什组(Kalash),比例超过90%。

12)#12深紫色成分少量存在于蒙古族人群,三组蒙古族均低于5%。此成分高比例见于南亚次大陆人群,其中以印度达罗毗萘族群的Kannada组比例最高,达90%上下。
发表于 2010-12-16 13:00 | 显示全部楼层
很不爽,能看清楚的都超过在这里发出来的长度。
 楼主| 发表于 2010-12-16 13:01 | 显示全部楼层
另外,注意,这个图谱比较清晰,终于注意到日本却有一些与美拉尼西亚人群共享的#13浅黄色成分,虽然比例很低,但意义重大,应当日本旧石器土著和新石器时代部分非渡来系绳纹人的遗留。另外,这种浅黄色成分还少量见于印度次大陆人群,以达罗毗萘族群更多,应当为中石器时代类澳-美人种土著的遗留。
发表于 2010-12-16 13:40 | 显示全部楼层
K=4 时美洲成分和亚洲成分分离;
K=5时澳洲成分和亚洲成分分离,值得注意的是,这时印度人群中普遍出现比例不低的澳洲成分。
发表于 2010-12-16 13:46 | 显示全部楼层
K=6时,北极--乌拉尔成分和东亚成分分离,此种成分在Nganasan中比例最高。
 楼主| 发表于 2010-12-16 13:57 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2010-12-16 14:00 编辑
K=6时,北极--乌拉尔成分和东亚成分分离,此种成分在Nganasan中比例最高。
wolfgang 发表于 2010-12-16 13:46


这部分成分还应当是古西伯利亚成分,也就是乌拉尔族群\北极族群的原始成分。非阿尔泰,至少这部分成分不太可能对应C3。

阿尔泰成分还是应当藏于与东亚的共享成分之中。
发表于 2010-12-16 14:15 | 显示全部楼层
8# Yungsiyebu
以buryat为例,这曾经被当做北亚人群的代表。在尼泊尔人的那张常染图上,我们看到占压倒优势的北亚成分。而在这里,我们却看不到这种成分,这种成分的位置被两种颜色分别占据了,分别是东亚的深灰色和北极--乌拉尔的浅灰色,可见所谓的阿尔泰成分其实是两种成分等同的融合
 楼主| 发表于 2010-12-16 14:23 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2010-12-16 14:25 编辑
8# Yungsiyebu  
以buryat为例,这曾经被当做北亚人群的代表。在尼泊尔人的那张常染图上,我们看到占压倒优势的北亚成分。而在这里,我们却看不到这种成分,这种成分的位置被两种颜色分别占据了,分别是东亚的深灰 ...
wolfgang 发表于 2010-12-16 14:15


是参照组仍然不全,或者K值依然不够大,这个东西还是关键如何选参照。这里有些族群近于100%单一成分,但事实上是不可能的,比如日本的90%的这种成分显然也是混合而成的。


基于以往文献的看法。

总结起来,蒙古与其他族群共享的成分中:

1)东亚族群中,与藏-羌(Khamis、Qiang、Baima)人群共享的相对比例最高,与中-日-韩等其他东亚族群相对较少共享因素。这些共享成分是蒙古人群的第一血统主成分(特别是对标记为Mongola这一组样本而言)。

2)西伯利亚族群中,与雅库特-布里亚特-鄂温克-图瓦-阿尔泰-Dolgans等森林阿尔泰族群的共享比例相对最高,而与Ket-Selkups-Yukaghir-Nganasan-Khanty等乌拉尔语族相关族群共享因素较少,而与爱斯基摩-楚克奇-美洲人群的共享因素则非常微弱或者缺失。

3)西欧亚族群中,与欧洲诺尔迪克人种一系共享成分相对较多,而与中东地中海人种一系共享成分相对较少,而与南亚印巴一系共享成分则非常微弱或者缺失。西欧亚混合因素整体较低,一般不超过10%。


另一方面,蒙古人内部差异较大,首帖文献包含两组蒙古样本,其中标记为Mongola一组,与东亚人群的共享成分比例较多,而与西伯利亚和西欧亚的共享成分较少;而标记为Mongolian的一组,与东亚和西伯利亚族群的共享因素比例相当,而西欧亚的混合因素也相对较多一些。


另外,体质人类学上,典型的北亚中亚细亚类型代表是外蒙古人群,布里亚特很大比例要归入贝加尔类型,与鄂温克等族群一致,这一点基本与常染色体上的分析吻合。
 楼主| 发表于 2010-12-16 14:29 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2010-12-16 14:30 编辑

换句话说,也就是对于混合严重的大族群,这种常染色体主成分分析,很难深入到遥远的旧石器时代。如果将来将长城沿线人群测一下,可能是比日本更单纯的远东成分,但事实上,我们从线粒体古代DNA上看,这批人是典型的南北混合种系。
发表于 2010-12-16 14:31 | 显示全部楼层
10# Yungsiyebu
参照组不全就免了吧。如果K值够大的话,我相信buryat的两种颜色会混合成一种新的颜色,就像在尼泊尔人的那张常染图一样。K值变大的时候,不仅有原有成分的分离,还有融合。
 楼主| 发表于 2010-12-16 14:37 | 显示全部楼层
10# Yungsiyebu  
参照组不全就免了吧。如果K值够大的话,我相信buryat的两种颜色会混合成一种新的颜色,就像在尼泊尔人的那张常染图一样。K值变大的时候,不仅有原有成分的分离,还有融合。
wolfgang 发表于 2010-12-16 14:31


简单说,就是一个参照选择的问题,而很难找到与假设中的旧石器晚期南北相遇的比对,还是要等待古代DNA证据。
发表于 2010-12-16 14:46 | 显示全部楼层
K=12的时候,东亚内部开始产生分化,分为南北两种不同的颜色,其中南方的这种颜色柬埔寨人,新加坡马来人,傣族是同时出现的。而且柬埔寨人的样本中来自南印度的比例远大于澳洲成分的比例,可见柬埔寨人和东亚主流人群在遗传距离上的差异主要来自印度而不是本身固有的孟高棉血统。
发表于 2010-12-16 15:36 | 显示全部楼层
11# Yungsiyebu
你有那些古代人群的线粒体证明他们是南北混合的产物,我第一次听说。
发表于 2010-12-16 15:37 | 显示全部楼层
下面是dienekes自己的评论:
At K=3, Sub-Saharan Africans, West, and East Eurasians are distinguished
At K=4, Native Americans get their own cluster (dark green)
At K=5, Australoids (Papuans and Melanesians) get their own cluster (pink) which shows some affinity with populations from South Asia.
At K=6, the East Eurasian cluster is split into a North Eurasian/Central Asian (light blue) one and an East Asian (pink) one.
At K=7, a South Asian (light blue) cluster emerges.
At K=8, the Caucasoid cluster is split into European-centered (orange) and West Asian-centered (light blue) components
At K=9 the Mbuti, Biaka Pygmies, and San get their own cluster (Palaeofricans), with the Biaka showing some admixture with other Sub-Saharan Africans.

At K=10, a cluster (light green) centered on Koryak, Chukchi, Greenland emerges. Notice that this is also represented strongly among Athabask, much less in Pima and Maya from Mexico, and none at all in Karitiana and Surui, the southernmost Amerindian groups. This component is probably related to Y-haplogroup C3b-P39
It would be interesting to consider this in the light of the theory of a separate migration of Na Dene speakers (of which Athapaskans are a part) into North America and their inferred relationship with Kets. The absence of the "dark green" component which is present in Kets in Athabask does not really invalidate this hypothesis, as the "dark green" component may postdate the expansion of Na Dene speakers into the New World; however, the presence of the "light green" component in Athabask and its absence in other Amerindian groups is quite consistent with the two-migration model. No specific genetic relationship can be detected with Kets, however.
At K=11, the isolated Kalash of Pakistan get their own cluster, and this occurs at a high level in their neighbors
At K=12, a Southeast Asian cluster (red) emerges, highest in Malay and Cambodians, and well-represented in Chinese ethnic minorities such as Dai and Lahu. Notice also that the East Asian component in Melanesians also becomes "red", linking them to the Austronesians.
At K=13, a blue and a purple cluster supplant the previous West Asian cluster, with the blue one spilling to East Africa and the purple one to South Asia.
At K=14, the Karitiana, an Amerindian group from Brazil get their own cluster (pink), which spills into other Amerindian groups, but not substantially to the more northern Pima and Athabask.
At K=15 the Papuans and Melanesians are split into beige (?) and yellow population-specific clusters. Hence, the Melanesians, or at least the Nasioi from Bougainville where the HGDP sample is from, revealed in previous K to be associated with both Southeast Asians and Papuans, have actually acquired a genetic distinctiveness of their own.


Notice also that the Karitiana component that appeared at K=14 has "folded back" to the Amerindian component, while a "West Asian" and "Red Sea" component has appeared, the latter appearing on both Arabians and East Africans. As I've mentioned before, as K increases, ADMIXTURE has many roughly equiprobable choices in trying to represent the data.


At K=15 we are far from exhausting the available structure in modern humans.
发表于 2010-12-16 15:45 | 显示全部楼层
值得注意的是,印度特有的成分是在澳洲成分的基础上,融合部分欧洲(中东)成分形成的,比例大约是3:2,澳洲成分占优势。
K=8的时候高加索成分其实是分为中东和欧洲成分。
发表于 2010-12-16 19:16 | 显示全部楼层
18# 疁殇1958
如果你只看K细化的最后一步,是可以这么说。事实上,K变多的每一步都是有意义的。大多是原有成分的拆分,但也有融合,即原先的两种或更多的成分融合为一种新的成分。在这次的常染图上,K=7时,印度的特有成分就是欧洲成分和欧洲(中东)成分融合后的结果。
发表于 2010-12-16 19:18 | 显示全部楼层
19# 疁殇1958
看图不仔细,是两个不同地方的俾格米人。另外,K值的多少和分离时间并无关系。
 楼主| 发表于 2010-12-16 19:41 | 显示全部楼层
11# Yungsiyebu  
你有那些古代人群的线粒体证明他们是南北混合的产物,我第一次听说。
wolfgang 发表于 2010-12-16 15:36


如长城沿线的若干古代DNA
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