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这个单倍群好像是M117最大簇的核心。

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发表于 2010-11-22 09:27 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 wolfgang 于 2010-11-22 11:05 编辑

我最近粗粗看了一下一些已公布的M117的数据,感觉一下单倍群可能是M117最大簇的核心。
DYS388 DYS19/394 DYS389AB DYS389CD DYS390 DYS391 DYS392  DYS393
  10            14               12             29           24          10             14        12
改、该单倍群本身数量不少,而且与它仅一步突变的单倍群更是数量庞大,譬如在DYS389CD上一步突变为
DYS388 DYS19/394 DYS389AB DYS389CD DYS390 DYS391 DYS392  DYS393
  10            14               12             28           24          10             14        12

DYS388 DYS19/394 DYS389AB DYS389CD DYS390 DYS391 DYS392  DYS393
  10            14               12             30        24          10             14        12
再譬如在DYS390上一步突变为
DYS388 DYS19/394 DYS389AB DYS389CD DYS390 DYS391 DYS392  DYS393
  10            14               12             29           23         10             14        12
或DYS388 DYS19/394 DYS389AB DYS389CD DYS390 DYS391 DYS392  DYS393
  10            14               12             29           25        10             14        12
再或者在DYS389AB上一步突变为
DYS388 DYS19/394 DYS389AB DYS389CD DYS390 DYS391 DYS392  DYS393
  10            14               13            29           24          10             14        12
感觉以上类型已经占了M117已公布类型的大部分。不过在DYS389CD上有点不确定,因为这个点经常不测,有好像这个点实际上绝大多数是16,
DYS388 DYS19/394 DYS389AB DYS389CD DYS390 DYS391 DYS392  DYS393
  10            14               12             16         24          10             14        12
也许这是另外一个大簇。
------------------------------------------------------------------------------------------------------------
经过讨论,确认
DYS388 DYS19/394 DYS389AB DYS389CD DYS390 DYS391 DYS392  DYS393
  10            14               12             16         24          10             14        12
就是这个大簇的核心。
发表于 2010-11-22 09:54 | 显示全部楼层
本帖最后由 鲜于叔明 于 2010-11-22 10:02 编辑

楼主列了一大堆DYS389II=29。至少在M117中,DYS389II的中心值都是28,没听说过29是中心值的。30更不可能是。
 楼主| 发表于 2010-11-22 10:01 | 显示全部楼层
2# 鲜于叔明
我现在唯一不能确定的就是DYS389CD这个点,因为这个点经常不测。如果有足够的证据说明这个点实际是28占绝对优势,其他单倍群也是如此,改一下没什么不可以。
发表于 2010-11-22 10:14 | 显示全部楼层
2# 鲜于叔明
我现在唯一不能确定的就是DYS389CD这个点,因为这个点经常不测。如果有足够的证据说明这个点实际是28占绝对优势,其他单倍群也是如此,改一下没什么不可以。
wolfgang 发表于 2010-11-22 10:01

不存在“绝对优势”的值。只有相对优势。M117的DYS389II主频值都是在27~29之间浮动,中心值28,这个是很明确的事情,置顶数据库里的样本、《Northern Route》一帖里的各人群数据,如果你看过,并且在YHRD上做过测试,就不会说29是中心值。数据库中给出过各单倍群的推测原始值,绝大部分的O3下游单倍群的DYS389AB、DYS389CD的中心值显然都是12、16,换句话说DYS389II的中心值是28。

另,DYS389CD=DYS389II-DYS389I,DYS389CD是不可能有26、27、28、29、30这样的值的,DYS389II才是。楼顶全部写错了。
发表于 2010-11-22 10:15 | 显示全部楼层
M117+的DYS389b中心值基本上是16,平均值還略低於16。
 楼主| 发表于 2010-11-22 10:29 | 显示全部楼层
4# 鲜于叔明
我把DYS389的意思理解错了,难怪有问题。28-16=12,那确实应该是28占绝对优势。
那这个最大簇的核心确实应该是
DYS388 DYS19/394 DYS389AB DYS389CD DYS390 DYS391 DYS392  DYS393
  10            14               12             16      24          10             14        12
发表于 2010-11-22 10:38 | 显示全部楼层
4# 鲜于叔明
我把DYS389的意思理解错了,难怪有问题。28-16=12,那确实应该是28占绝对优势。
那这个最大簇的核心确实应该是
DYS388 DYS19/394 DYS389AB DYS389CD DYS390 DYS391 DYS392  DYS393
  10           ...
wolfgang 发表于 2010-11-22 10:29

是的,而且最大簇就是一个由中心值构成的簇。另外DYS390=23/24同样都有不小的比例,其次是25。但是DYS19的平均值可能比14要高些,可能接近15但不到15。因DYS19的15、16都有不小的频度,而13相对不高。不过,14仍是总频度最高的一个值,而且位于推测的中心值位置上。只是可能比平均值略低。
 楼主| 发表于 2010-11-22 10:40 | 显示全部楼层
7# 鲜于叔明
如果一个大的单倍群中有个簇占明显优势,那么这个簇就会与中心值很接近,显然M117就是如此。如果有两到三个簇规模和最大簇差距不大,那么中心值和最大簇就不会接近。
DYS388 DYS19/394 DYS389AB DYS389CD DYS390 DYS391 DYS392  DYS393
  10            14               12             16          24          10             14        12
以这个点位为核心,离它仅一步突变的样本确实可以占到M117的大部分。
发表于 2010-11-22 10:43 | 显示全部楼层
另外我想在考虑中心值的时候不能把DYS389II(也就是27、28、29这类值)作为衡量基准来算,而应把DYS389CD(也就是15、16、17这类值)作为衡量基准来算,因为算一步突变的时候你考虑的是DYS389CD的值。

而DYS389II=DYS389AB+DYS389CD,所以比如{DYS389I,DYS389II}={12, 28}和{DYS389I,DYS389II}={13, 29}只能算一步突变,而不能算作两步突变。
发表于 2010-11-22 10:44 | 显示全部楼层
7# 鲜于叔明
以这个点位为核心,离它仅一步突变的样本确实可以占到M117的大部分。wolfgang 发表于 2010-11-22 10:40

可能超过半数,但可能还占不到“绝对多数”。
 楼主| 发表于 2010-11-22 10:54 | 显示全部楼层
7# 鲜于叔明
DYS14/294点位上15,16值也很多,可能这个点位上一步突变后形成的
DYS388 DYS19/394 DYS389AB DYS389CD DYS390 DYS391 DYS392  DYS393
  10            15              12             29           24          10             14        12
也是一个大的分簇。
我仅仅是粗看了一下很少的M117的数据。你说的置顶数据库里的样本、《Northern Route》一帖里的各人群数据,我确实没有看过。您能否给我个连接,让我再仔细看一下?
 楼主| 发表于 2010-11-22 10:57 | 显示全部楼层
10# 鲜于叔明
现有的样本少数民族测的多,而中部东部汉族测的少,而从人口的角度而沿,中东部汉族对少数民族有绝对优势。这样一来,可能稀有类型测的多,优势类型测的少。所以,从现有样本的角度而眼,可能不到绝对优势的程度,但是从实际人口比例,可能有绝对优势。
发表于 2010-11-22 11:15 | 显示全部楼层
7# 鲜于叔明
我仅仅是粗看了一下很少的M117的数据。你说的置顶数据库里的样本、《Northern Route》一帖里的各人群数据,我确实没有看过。您能否给我个连接,让我再仔细看一下?
wolfgang 发表于 2010-11-22 10:54

狼兄请不要用“您”字,这让我感觉很局促。:lol

不过有些晕,下面这两个如此耳熟能详的帖子,你怎么会没看过呢?

贺新年:Y-SNP匹配程序及使用说明
Northern Route: Y-SNP hg P and Q
发表于 2010-11-22 11:21 | 显示全部楼层
10# 鲜于叔明
现有的样本少数民族测的多,而中部东部汉族测的少,而从人口的角度而沿,中东部汉族对少数民族有绝对优势。这样一来,可能稀有类型测的多,优势类型测的少。所以,从现有样本的角度而眼,可能不到绝 ...
wolfgang 发表于 2010-11-22 10:57

中部汉族我不清楚,但东部汉族的话,至少浙江已经测了不少了(浙江还算东部吧,尽管在东部里靠南)。吴薇薇的4451例浙江样本也够用了吧我想。YHRD上每个账号一天最多能做20次查询(支持模糊匹配,也就是不需要填满所有位点的值),你如果注册两个账号也就是一天能用40次,以此类推。

另外注意,YHRD上有不少地区的数据中DYS437的值是n.a.的也就是“-”值,所以如果你想找到尽可能多的那些未测DYS437值样本地区的匹配的话最好留空(尽管DYS437很重要,但对那些地区的数据,不得不这样做,否则将找不到任何匹配)。至于DYS448之后的那些值更是有很多数据不测的点,如果想找到那些不测DYS448之后的点的地区数据匹配的话最好也留空。
 楼主| 发表于 2010-11-22 11:22 | 显示全部楼层
13# 鲜于叔明
其实都看过。后面一个可能下载过,现在却怎么也找不到了。多谢老鲜了。
发表于 2010-11-22 11:26 | 显示全部楼层
我最近粗粗看了一下一些已公布的M117的数据,感觉一下单倍群可能是M117最大簇的核心。
DYS388 DYS19/394 DYS389AB DYS389CD DYS390 DYS391 DYS392  DYS393
  10            14               12             29    ...
wolfgang 发表于 2010-11-22 09:27


这一组STR,我去年的时候已经总结在我的《匹配程序》里了。
 楼主| 发表于 2010-11-22 11:27 | 显示全部楼层
13# 鲜于叔明
太不好意思了,那里几个连接我现在都下载不了了。能否麻烦你直接把数据雅俗共赏一下放上来?
 楼主| 发表于 2010-11-22 11:38 | 显示全部楼层
16# ranhaer
看到了,多谢。
发表于 2010-11-22 11:40 | 显示全部楼层
13# 鲜于叔明
太不好意思了,那里几个连接我现在都下载不了了。能否麻烦你直接把数据雅俗共赏一下放上来?
wolfgang 发表于 2010-11-22 11:27

怪了,这两个链接,特别是后一个POLY在5楼明明给了啊?而且都是有效链接,你也下载不了?

http://www.brsbox.com/filebox/do ... 451/rand/1593694193
http://www.brsbox.com/filebox/do ... 00cd43ab27fe438c048

本想直接贴上来,但附件大小都“超过论坛限制”,没法上传,所以要么你打开这两个链接下载,不行的话只好让人用邮箱或QQ等传给你了。
 楼主| 发表于 2010-11-22 12:19 | 显示全部楼层
19# 鲜于叔明
现在可以下载了,可是怎么没有DYS的数据呢?我只找到各大单倍群的数据。
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